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- PDB-6xnk: Crystal structure of dimeric K72A human cytochrome c alkaline con... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xnk
タイトルCrystal structure of dimeric K72A human cytochrome c alkaline conformer
要素Cytochrome cシトクロムc
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / cytochrome c (シトクロムc) / cardiolipin / heme protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of apoptosome / アポトソーム / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Respiratory electron transport / Regulation of the apoptosome activity / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / 細胞呼吸 ...Formation of apoptosome / アポトソーム / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Respiratory electron transport / Regulation of the apoptosome activity / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / 細胞呼吸 / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / Detoxification of Reactive Oxygen Species / respirasome / Pyroptosis / intrinsic apoptotic signaling pathway / TP53 Regulates Metabolic Genes / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / ミトコンドリア / Cytoprotection by HMOX1 / ミトコンドリア内膜 / electron transfer activity / heme binding / ミトコンドリア / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / シトクロムc / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / シトクロムc
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Lei, H. / Bowler, B.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1609720 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Alkaline State of the Domain-Swapped Dimer of Human Cytochrome c : A Conformational Switch for Apoptotic Peroxidase Activity.
著者: Lei, H. / Kelly, A.D. / Bowler, B.E.
履歴
登録2020年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c
C: Cytochrome c
E: Cytochrome c
G: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8048
ポリマ－46,3304
非ポリマー2,4744
水1,964109
1
A: Cytochrome c
C: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4024
ポリマ－23,1652
非ポリマー1,2372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6610 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area10990 Å2
手法PISA
2
E: Cytochrome c
G: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4024
ポリマ－23,1652
非ポリマー1,2372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6700 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area10880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.660, 49.595, 61.556
Angle α, β, γ (deg.)77.967, 79.015, 90.189
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 1 - 104 / Label seq-ID: 1 - 104

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain 'A'AA
2chain 'C'CB
3chain 'E'EC
4chain 'G'GD

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要素

#1: タンパク質
Cytochrome c / シトクロムc


分子量: 11582.479 Da / 分子数: 4 / 変異: K72A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYCS, CYC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P99999
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C / Heme C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.9 / 詳細: 30% MPD, 0.1 M CHES pH 9.9 / PH範囲: 9-9.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→42.12 Å / Num. obs: 22075 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 28.4888322735 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 3.05
反射 シェル解像度: 2.08→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 1757 / % possible all: 72.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
PHENIX1.11.1_2575精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ty3

5ty3


解像度: 2.08→42.11 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2335 1999 9.1 %
Rwork0.1763 --
obs0.1815 22029 90.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 42.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→42.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3244 0 172 109 3525
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01556359476753524
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.405316468064744
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0601754552352460
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00783535417458580
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.90010869072036
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0804-2.13230.30031120.21821115X-RAY DIFFRACTION71.0069444444
2.1323-2.190.2710707466171340.2111400399161349X-RAY DIFFRACTION85.2298850575
2.19-2.25440.3093085286971460.2159435184221438X-RAY DIFFRACTION90.1023890785
2.2544-2.32720.2903292901561440.2004232665211455X-RAY DIFFRACTION93.5087719298
2.3272-2.41040.2608172582011490.1812678133231485X-RAY DIFFRACTION93.5317687464
2.4104-2.50680.2604290350421450.1861144483321464X-RAY DIFFRACTION93.3294663573
2.5068-2.62090.2405383858891480.1678313170091489X-RAY DIFFRACTION93.5428571429
2.6209-2.75910.2313996408211440.1748634282391433X-RAY DIFFRACTION91.2615740741
2.7591-2.93190.2272345662141450.1645133713031462X-RAY DIFFRACTION91.566951567
2.9319-3.15820.2121111090671470.1733848075611466X-RAY DIFFRACTION95.6702253855
3.1582-3.47590.2095905219621500.1590939446031519X-RAY DIFFRACTION94.8834565094
3.4759-3.97850.2354524458071450.1670421623911444X-RAY DIFFRACTION91.6378316032
3.9785-5.01120.1986510026281460.150331716431472X-RAY DIFFRACTION92.4043403769
5.0112-42.110.2348223134771440.2011439294491439X-RAY DIFFRACTION91.8746372606

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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