[日本語] English
万見
- PDB-3iuv: The structure of a member of TetR family (SCO1917) from Streptomy... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iuv
タイトルThe structure of a member of TetR family (SCO1917) from Streptomyces coelicolor A3
要素uncharacterized TetR family protein
キーワードstructural genomics (構造ゲノミクス) / unknown function / APC6223 / TetR / Streptomyces coelicolor A3 / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / DNA-binding / Transcription (転写 (生物学)) / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Tetracyclin repressor-like, C-terminal, group 31 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor A3
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.554 Å
データ登録者Tan, K. / Cuff, M. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The structure of a member of TetR family (SCO1917) from Streptomyces coelicolor A3
著者: Tan, K. / Cuff, M. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: uncharacterized TetR family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5281
ポリマ－21,5281
非ポリマー00
水0
1
A: uncharacterized TetR family protein

A: uncharacterized TetR family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0562
ポリマ－43,0562
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+2/31
Buried area2650 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area16080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.577, 58.577, 109.226
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細authors state that the biological unit is experimentally unknown. According to crystal contact, the chain A and its symmetry-related molecule (X-Y, -Y, -Z+2/3) form a dimer.

-
要素

#1: タンパク質 uncharacterized TetR family protein


分子量: 21528.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
株: A3 / 遺伝子: SCI7.35c, SCO1917, Streptomyces coelicolor / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9X9V5

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 0.1M Na(CAc), 3.5M Naformate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97948, 0.97959
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月13日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979481
20.979591
反射解像度: 2.55→46 Å / Num. all: 7324 / Num. obs: 7324 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 59.6
反射 シェル解像度: 2.55→2.61 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.565 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 401 / % possible all: 85.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
RESOLVEモデル構築
HKL-3000位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.554→46 Å / SU ML: 0.48 / σ(F): 1.34 / σ(I): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2882 340 4.65 %random
Rwork0.2407 ---
obs0.2431 7315 98.08 %-
all-7315 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 96.218 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.554→46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1259 0 0 0 1259
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091279
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3481750
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.518443
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079212
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006231
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5538-3.21750.33141630.27163377X-RAY DIFFRACTION97
3.2175-46.01650.27841770.23383598X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9333-0.9717-0.32860.3399-0.40991.3333-0.4962-1.10990.1957-0.0253-0.0708-0.23280.0139-0.03880.51320.5144-0.08230.10721.0586-0.04950.742117.158736.969626.8419
22.5858-0.3266-1.38341.67030.73292.9710.1436-0.4376-0.2142-0.1020.2002-0.2730.55950.6414-0.2710.57720.07550.01360.7295-0.02120.6637-8.03143.003530.5486
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 7:50A7 - 50
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 51:179A51 - 179

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る