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- PDB-6vkd: Crystal Structure of Inhibitor JNJ-36689282 in Complex with Prefu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vkd
タイトルCrystal Structure of Inhibitor JNJ-36689282 in Complex with Prefusion RSV F Glycoprotein
要素Prefusion RSV F (DS-Cav1)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Inhibitor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of syncytium formation by virus / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-R0P / Envelope glycoprotein / Fusion glycoprotein F0 / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Human respiratory syncytial virus (RSウイルス)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者McLellan, J.S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of 3-({5-Chloro-1-[3-(methylsulfonyl)propyl]-1H-indol-2-yl}methyl)-1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1,3-dihydro-2H-imidazo[4,5-c]pyridin-2-one (JNJ-53718678), a Potent and Orally ...タイトル: Discovery of 3-({5-Chloro-1-[3-(methylsulfonyl)propyl]-1H-indol-2-yl}methyl)-1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1,3-dihydro-2H-imidazo[4,5-c]pyridin-2-one (JNJ-53718678), a Potent and Orally Bioavailable Fusion Inhibitor of Respiratory Syncytial Virus.
著者: Vendeville, S. / Tahri, A. / Hu, L. / Demin, S. / Cooymans, L. / Vos, A. / Kwanten, L. / Van den Berg, J. / Battles, M.B. / McLellan, J.S. / Koul, A. / Raboisson, P. / Roymans, D. / Jonckers, T.H.M.
履歴
登録2020年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Prefusion RSV F (DS-Cav1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2569
ポリマ－63,2181
非ポリマー1,0378
水1,54986
1
F: Prefusion RSV F (DS-Cav1)
ヘテロ分子

F: Prefusion RSV F (DS-Cav1)
ヘテロ分子

F: Prefusion RSV F (DS-Cav1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,76727
ポリマ－189,6553
非ポリマー3,11224
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area17330 Å2
ΔGint-318 kcal/mol
Surface area49000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.610, 168.610, 168.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-782-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Prefusion RSV F (DS-Cav1)


分子量: 63218.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus (RSウイルス), (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: W8RJF9, UniProt: M1E1E4, UniProt: P03420*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-R0P / 1-cyclopropyl-3-({1-[3-(methylsulfonyl)propyl]-1H-pyrrolo[3,2-c]pyridin-2-yl}methyl)-1,3-dihydro-2H-imidazo[4,5-c]pyridin-2-one


分子量: 425.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H23N5O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 1.64M K/Na tartrate, 0.2M LiSO4, 0.1M CHES pH 9.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→45.063 Å / Num. obs: 28955 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.3 % / Biso Wilson estimate: 53.33 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.5-2.621.42.0826830131880.50.4582.1331.9100
9.01-45.0616.40.041120607360.9990.010.04347.499.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.27データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EA3

5ea3


解像度: 2.5→45.063 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2291 1447 5.01 %
Rwork0.1971 --
obs0.1987 28896 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 179.21 Å2 / Biso mean: 65.1879 Å2 / Biso min: 27.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→45.063 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3411 0 61 86 3558
Biso mean--113.91 51.04 -
残基数----441
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.5005-2.58980.33771450.29892679
2.5898-2.69350.33781420.28082677
2.6935-2.81610.30361600.27052692
2.8161-2.96450.27861520.25492670
2.9645-3.15020.25321440.22582715
3.1502-3.39340.24941380.22122730
3.3934-3.73470.25661390.1872734
3.7347-4.27480.21931290.17232774
4.2748-5.38430.16251420.15072805
5.3843-45.0630.20341560.18462973
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0572-0.4265-0.34712.7942.60365.7566-0.06170.2344-0.3623-0.2444-0.02920.13440.3662-0.25170.1420.3225-0.09470.01010.42780.03880.48643.4761-8.79445.5107
21.81141.84011.2286.70046.18746.8849-0.00940.4188-0.5351-1.16180.7035-0.91180.01740.5333-0.62070.7210.06860.02090.43530.01930.577218.093-12.94437.188
35.7789-0.32330.70724.4344-1.19663.90410.19220.515-1.0321-0.6063-0.18090.24351.2572-0.4309-0.0970.905-0.1119-0.03610.5144-0.18250.88560.4571-23.4396-7.3811
41.54970.0841-0.19683.10992.40524.3708-0.0951-0.034-0.35-0.15050.01920.33510.4655-0.25470.14560.2966-0.0184-0.04630.38250.0740.44464.9065-6.142715.421
50.75440.7290.32988.50041.15392.1482-0.1985-0.1681-0.028-0.40750.16640.31320.0578-0.20290.06360.3558-0.0067-0.02310.45110.09580.40217.7513.045326.2406
63.0862-0.99120.4563.2822-0.28421.8312-0.0165-0.40470.21720.3368-0.0397-0.0931-0.2053-0.08520.02810.41620.03130.03880.4217-0.01090.24214.890320.001832.3789
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'F' and (resid 26 through 98 )F26 - 98
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'F' and (resid 99 through 170 )F99 - 170
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'F' and (resid 171 through 238 )F171 - 238
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'F' and (resid 239 through 332 )F239 - 332
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'F' and (resid 333 through 371 )F333 - 371
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 372 through 506 )F372 - 506

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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