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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vke | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Inhibitor JNJ-40012665 in Complex with Prefusion RSV F Glycoprotein | ||||||
要素 | Prefusion RSV F (DS-Cav1) | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Inhibitor / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of syncytium formation by virus / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human respiratory syncytial virus (RSウイルス) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | McLellan, J.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020 タイトル: Discovery of 3-({5-Chloro-1-[3-(methylsulfonyl)propyl]-1H-indol-2-yl}methyl)-1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1,3-dihydro-2H-imidazo[4,5-c]pyridin-2-one (JNJ-53718678), a Potent and Orally ...タイトル: Discovery of 3-({5-Chloro-1-[3-(methylsulfonyl)propyl]-1H-indol-2-yl}methyl)-1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1,3-dihydro-2H-imidazo[4,5-c]pyridin-2-one (JNJ-53718678), a Potent and Orally Bioavailable Fusion Inhibitor of Respiratory Syncytial Virus. 著者: Vendeville, S. / Tahri, A. / Hu, L. / Demin, S. / Cooymans, L. / Vos, A. / Kwanten, L. / Van den Berg, J. / Battles, M.B. / McLellan, J.S. / Koul, A. / Raboisson, P. / Roymans, D. / Jonckers, T.H.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vke.cif.gz | 198.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6vke.ent.gz | 153.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6vke.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/6vke ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/6vke | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 F
#1: タンパク質 | 分子量: 63218.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus (RSウイルス), (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: W8RJF9, UniProt: M1E1E4, UniProt: P03420*PLUS |
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-非ポリマー , 5種, 341分子
#2: 化合物 | ChemComp-NHE / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-R0S / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.18 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 1.64M K/Na tartrate, 0.2M LiSO4, 0.1M CHES pH 9.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月20日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97926 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→45.11 Å / Num. obs: 48387 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.5 % / Biso Wilson estimate: 32.67 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.186 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.191 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 945480 / Scaling rejects: 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5EA4 解像度: 2.1→40.933 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.26
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 130.35 Å2 / Biso mean: 45.139 Å2 / Biso min: 9.34 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→40.933 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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