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- PDB-6vjn: Structure of NHP D11A.B5Fab in complex with 16055 V2b peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vjn
タイトルStructure of NHP D11A.B5Fab in complex with 16055 V2b peptide
要素
  • D11A.B5 Fab Heavy chain
  • D11A.B5 Fab Light chain
  • V2b peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Fragment binding antigen and peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Singh, S. / Liban, T.J. / Pancera, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI104722 米国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2021
タイトル: Structurally related but genetically unrelated antibody lineages converge on an immunodominant HIV-1 Env neutralizing determinant following trimer immunization.
著者: Aljedani, S.S. / Liban, T.J. / Tran, K. / Phad, G. / Singh, S. / Dubrovskaya, V. / Pushparaj, P. / Martinez-Murillo, P. / Rodarte, J. / Mileant, A. / Mangala Prasad, V. / Kinzelman, R. / ...著者: Aljedani, S.S. / Liban, T.J. / Tran, K. / Phad, G. / Singh, S. / Dubrovskaya, V. / Pushparaj, P. / Martinez-Murillo, P. / Rodarte, J. / Mileant, A. / Mangala Prasad, V. / Kinzelman, R. / O'Dell, S. / Mascola, J.R. / Lee, K.K. / Karlsson Hedestam, G.B. / Wyatt, R.T. / Pancera, M.
履歴
登録2020年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: D11A.B5 Fab Heavy chain
L: D11A.B5 Fab Light chain
G: V2b peptide
F: V2b peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,49210
ポリマ－55,3544
非ポリマー1386
水5,296294
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6540 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area19810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.780, 74.780, 101.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: 抗体 D11A.B5 Fab Heavy chain


分子量: 25610.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 D11A.B5 Fab Light chain


分子量: 25241.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド V2b peptide


分子量: 2250.552 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A1EAI1*PLUS
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris, pH 8.0, 1.32 M sodium/potasssium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月17日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.96 Å / Num. obs: 33842 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 26.93 Å2 / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Num. unique obs: 2389 / CC1/2: 0.863

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6RCS

6rcs


解像度: 2→41.98 Å / SU ML: 0.2293 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.3829
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2364 1707 5.05 %
Rwork0.1801 --
obs0.1829 33780 99.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 40.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→41.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3359 0 6 294 3659
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113471
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10724758
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0652548
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0077607
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.43993031
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.060.3291140.26122569X-RAY DIFFRACTION96.41
2.06-2.130.24031440.23452568X-RAY DIFFRACTION97.59
2.13-2.20.26781530.21462629X-RAY DIFFRACTION98.97
2.2-2.290.29351390.20372648X-RAY DIFFRACTION99.57
2.29-2.390.28721450.20352640X-RAY DIFFRACTION99.96
2.39-2.520.2731360.20722680X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.680.30991490.20132681X-RAY DIFFRACTION99.93
2.68-2.880.23641470.18812652X-RAY DIFFRACTION100
2.88-3.170.24181360.18252697X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.630.24091480.15872712X-RAY DIFFRACTION100
3.63-4.580.17791440.14942734X-RAY DIFFRACTION100
4.58-41.980.20691520.16342863X-RAY DIFFRACTION99.7
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.639019689 Å / Origin y: -8.09372828333 Å / Origin z: -7.49368639999 Å
111213212223313233
T0.137690491581 Å2-0.0081813381749 Å2-0.00101809848743 Å2-0.327212537669 Å2-0.00139613830094 Å2--0.159093089141 Å2
L0.62498223736 °20.087259816208 °20.119232733182 °2-1.25307312636 °2-0.420890267844 °2--1.90192589418 °2
S-0.00929275056618 Å °0.0805001993077 Å °-0.00521219927897 Å °-0.000720412325753 Å °-0.00622383175866 Å °0.0146451282576 Å °-0.277219920619 Å °-0.0257054848569 Å °0.0149556746955 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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