PDB-6u1v: Crystal structure of acyl-ACP/acyl-CoA dehydrogenase from allylma...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6u1v

タイトル

Crystal structure of acyl-ACP/acyl-CoA dehydrogenase from allylmalonyl-CoA and FK506 biosynthesis, TcsD

要素

Acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ACAD /

FK506 (タクロリムス) / allylmalonyl-CoA

機能・相同性

機能・相同性情報

acyl-CoA dehydrogenase activity /

flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces tsukubensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Blake-Hedges, J.M. / Pereira, J.H. / Barajas, J.F. / Adams, P.D. / Keasling, J.D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Structural Mechanism of Regioselectivity in an Unusual Bacterial Acyl-CoA Dehydrogenase.
著者: Blake-Hedges, J.M. / Pereira, J.H. / Cruz-Morales, P. / Thompson, M.G. / Barajas, J.F. / Chen, J. / Krishna, R.N. / Chan, L.J.G. / Nimlos, D. / Alonso-Martinez, C. / Baidoo, E.E.K. / Chen, Y. ...

#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.

#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010
タイトル: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution.
著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy ...
要旨: Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many ...

履歴

登録	2019年8月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年1月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6u1v.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6u1v.ent.gz	743.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6u1v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/6u1v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/6u1v	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1ukwS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3x0y-1 5xde-d 5xdc-d 5xdb-d 3x0x-2 6u76-1 2jbs-d 3x0y-2 4p13-d 3pfd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein

B: Acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein

C: Acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein

D: Acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein

ヘテロ分子

172 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.520, 100.060, 148.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.310, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein / acyl-CoA dehydrogenase TcsD 分子量: 42318.406 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces tsukubensis (strain DSM 42081 / NBRC 108919 / NRRL 18488 / 9993) (バクテリア) 株: DSM 42081 / NBRC 108919 / NRRL 18488 / 9993 / 遺伝子: STSU_32075 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I2MTW3, 酸化還元酵素
#2: 化合物	ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH₂ 分子量: 787.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₅N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1459 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.71 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.0, 10% PEG6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月4日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→68.4 Å / Num. obs: 196484 / % possible obs: 97.65 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 19.7 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.1119 / R_pim(I) all: 0.06086 / R_rim(I) all: 0.1277 / Net I/σ(I): 8.99
反射シェル	解像度: 1.75→1.813 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 1.063 / Mean I/σ(I) obs: 1.39 / Num. unique obs: 19281 / CC_1/2: 0.524 / R_pim(I) all: 0.5664 / % possible all: 96.41

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1UKW

1ukw

解像度: 1.75→68.4 Å / SU ML: 0.2006 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.9074

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1787	9864	5.02 %
R_work	0.1462	-	-
obs	0.1478	196467	97.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→68.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11965	0	0	1459	13424

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0123	12213
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0437	16562
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0647	1870
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0066	2119
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.917	9203

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.77	0.3206	329		6120	X-RAY DIFFRACTION	96.31
1.77-1.79	0.3287	323		6164	X-RAY DIFFRACTION	96.48
1.79-1.81	0.2906	351		5994	X-RAY DIFFRACTION	96.43
1.81-1.84	0.2994	340		6155	X-RAY DIFFRACTION	96.59
1.84-1.86	0.2521	318		6119	X-RAY DIFFRACTION	96.56
1.86-1.89	0.2847	331		6154	X-RAY DIFFRACTION	96.79
1.89-1.91	0.253	353		6096	X-RAY DIFFRACTION	96.9
1.91-1.94	0.2425	320		6181	X-RAY DIFFRACTION	96.78
1.94-1.97	0.2459	355		6110	X-RAY DIFFRACTION	97.01
1.97-2	0.2311	335		6179	X-RAY DIFFRACTION	97.22
2-2.04	0.2094	355		6154	X-RAY DIFFRACTION	97.11
2.04-2.07	0.2049	304		6141	X-RAY DIFFRACTION	97.21
2.07-2.11	0.2051	312		6238	X-RAY DIFFRACTION	97.4
2.11-2.16	0.1802	306		6197	X-RAY DIFFRACTION	97.55
2.16-2.2	0.164	327		6219	X-RAY DIFFRACTION	97.67
2.2-2.26	0.1876	339		6214	X-RAY DIFFRACTION	97.67
2.26-2.31	0.1597	321		6227	X-RAY DIFFRACTION	97.83
2.31-2.38	0.1628	340		6213	X-RAY DIFFRACTION	97.89
2.38-2.44	0.1724	367		6200	X-RAY DIFFRACTION	98.07
2.44-2.52	0.1657	298		6263	X-RAY DIFFRACTION	98.04
2.52-2.61	0.1517	336		6240	X-RAY DIFFRACTION	98.16
2.61-2.72	0.1692	310		6292	X-RAY DIFFRACTION	98.2
2.72-2.84	0.1657	356		6256	X-RAY DIFFRACTION	98.44
2.84-2.99	0.1635	326	0.1303	6292	X-RAY DIFFRACTION	98.63
2.99-3.18	0.1611	371	0.1261	6259	X-RAY DIFFRACTION	98.53
3.18-3.43	0.1657	333	0.1294	6289	X-RAY DIFFRACTION	98.66
3.43-3.77	0.1407	284	0.1213	6337	X-RAY DIFFRACTION	98.57
3.77-4.32	0.1181	309	0.1116	6383	X-RAY DIFFRACTION	98.67
4.32-5.44	0.1433	306	0.1174	6415	X-RAY DIFFRACTION	99.07
5.44-68.4	0.1941	309	0.1726	6502	X-RAY DIFFRACTION	98.91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.82833501053	-0.261784628447	0.972906857638	4.24042648872	-4.29502143314	4.46915767726	-0.0798954004816	0.282518089126	-0.706511885888	-0.734912288337	-0.211156125662	-0.661116820354	0.675409766638	0.197711462771	0.401034981552	0.269339364287	0.0365270896554	0.0786895320247	0.261715873874	-0.0688344402763	0.288421925452	46.0936205061	-16.3334941074	14.7221237017
2	2.21678381579	-1.05202483567	-0.552464219611	2.2047920676	-0.928713532196	1.57337814228	0.0955347032388	0.361433570847	0.0418648910346	-0.332513831204	-0.149493256258	0.0525752081582	0.0493660582769	-0.0255368596724	0.0137930729966	0.22921569892	0.0225713766646	0.0172336080003	0.269692939238	-0.0300111184978	0.15079036024	37.4607578117	-5.35152114673	7.35304869291
3	2.55293492746	0.233652410252	-0.825195842839	0.699055718449	-0.353815104469	1.74837256099	-0.0925168274079	0.0929619836655	-0.345001432286	-0.064215006322	0.012444093599	0.0373055839236	0.203010724548	-0.083979449016	0.0852951230009	0.154421518238	-0.00180592014585	0.0139806640766	0.126387590348	-0.0392708152766	0.172596061091	30.315803971	-16.046390431	21.3027275284
4	3.76218745893	0.311417399295	-0.0393063967209	1.05458062075	0.802564193125	2.33826760793	-0.0445550729371	-0.0287780090382	-0.00177638393933	0.0177979299612	-0.113009722879	0.2638296863	-0.00310266497028	-0.355667077409	0.155136101515	0.115948330045	-0.000245270422894	-0.00686945015467	0.177547605323	-0.0154666082563	0.154628534412	14.2237548534	-3.28858680153	24.5308197466
5	1.80593186099	0.479655735837	-1.07481030761	0.601087520188	-0.463344535014	1.293096883	-0.0247076036452	0.221231023201	-0.103318730125	-0.0713136122532	0.00277262827772	0.0971257607507	0.0351088221709	-0.240074139805	0.0243004907223	0.126331653428	-0.00651114580779	-0.0195302707569	0.198981533193	-0.0456675433307	0.142015897863	15.4866578652	-4.82950063854	19.3109896754
6	7.83976508855	3.7907688564	-2.35830439968	2.3136743506	-1.31515540855	1.32277671264	-0.0236154794721	0.18873937562	-0.141640299149	-0.0570504616099	-0.00512980116621	-0.0739280125722	-0.0279578909744	-0.0333496124619	0.0864081739968	0.106226700709	0.00518578124931	-0.00530310265285	0.121343169078	-0.0124239115227	0.0882747526633	40.8158393868	-2.76399210195	25.6628709477
7	6.35014542047	3.63736447072	-1.81172010841	2.6191953355	-1.28465574228	1.26940072946	0.0452854830199	0.0131176976019	-0.158408629942	0.0241029281473	-0.0826140051426	-0.153755778122	-0.0538902565841	0.0431434860026	0.101697256251	0.122637847065	0.015920981248	0.00429101714529	0.114057283066	-0.00419242147961	0.107625185946	52.3751490153	-0.279367399822	29.4246574054
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29	1.94948893127	-1.12601277887	-0.796304142524	1.09653481371	0.634634455379	0.995130779506	0.0249984764032	-0.0243285118989	0.0653699627949	-0.0700688343626	-0.0555247502598	-0.00889503540789	-0.206415114537	0.0273424925175	0.00938983637523	0.190899373056	-0.0313015882995	-0.0274464997697	0.0999426078162	0.0141451122766	0.132879626212	52.8979615013	29.6798679105	42.8398707211
30	2.15801444866	-0.679661113996	-0.287359599965	0.288281771271	0.338073809488	1.11211515595	0.134590643931	0.130031021186	0.155847944888	-0.301281068671	-0.124053096506	0.0668386627276	-0.261086936658	-0.164709048573	-0.0183503115013	0.217921890822	0.0106849457188	-0.032362780405	0.122767192758	-0.00516741655411	0.151142844692	39.4949950584	33.7031391473	44.1561345271
31	5.11824932162	-2.42836981075	1.52398043626	1.76550199399	-0.396826413378	0.703988515319	-0.118303318438	-0.00907062348949	0.246159629912	0.0338524734877	-0.0211531232785	-0.0640450916861	-0.138577646621	-0.0509387481649	0.162985443545	0.192260771192	-0.0118155533972	0.00747840499201	0.124095670096	0.00570347542643	0.127316831686	44.5461864362	23.030117213	48.0932186644

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 17 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 18 through 42 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 43 through 110 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 111 through 139 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 140 through 219 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 220 through 256 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 257 through 299 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 300 through 337 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 338 through 366 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 367 through 388 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 1 through 74 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 75 through 113 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 114 through 139 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 140 through 189 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 190 through 299 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 300 through 337 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 338 through 366 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 367 through 389 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 1 through 17 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 18 through 110 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 111 through 189 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 190 through 366 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 367 through 383 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 1 through 17 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 18 through 109 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 110 through 157 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 158 through 189 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 190 through 219 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 220 through 299 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 300 through 337 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 338 through 382 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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