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Yorodumi- PDB-6u1v: Crystal structure of acyl-ACP/acyl-CoA dehydrogenase from allylma... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6u1v | ||||||
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Title | Crystal structure of acyl-ACP/acyl-CoA dehydrogenase from allylmalonyl-CoA and FK506 biosynthesis, TcsD | ||||||
Components | Acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / ACAD / FK506 / allylmalonyl-CoA | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptomyces tsukubensis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Blake-Hedges, J.M. / Pereira, J.H. / Barajas, J.F. / Adams, P.D. / Keasling, J.D. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2020 Title: Structural Mechanism of Regioselectivity in an Unusual Bacterial Acyl-CoA Dehydrogenase. Authors: Blake-Hedges, J.M. / Pereira, J.H. / Cruz-Morales, P. / Thompson, M.G. / Barajas, J.F. / Chen, J. / Krishna, R.N. / Chan, L.J.G. / Nimlos, D. / Alonso-Martinez, C. / Baidoo, E.E.K. / Chen, Y. ...Authors: Blake-Hedges, J.M. / Pereira, J.H. / Cruz-Morales, P. / Thompson, M.G. / Barajas, J.F. / Chen, J. / Krishna, R.N. / Chan, L.J.G. / Nimlos, D. / Alonso-Martinez, C. / Baidoo, E.E.K. / Chen, Y. / Gin, J.W. / Katz, L. / Petzold, C.J. / Adams, P.D. / Keasling, J.D. #1: Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2012 Title: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. Authors: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D. #2: Journal: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / Year: 2010 Title: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution. Authors: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy ...Authors: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert Oeffner / Randy J Read / David C Richardson / Jane S Richardson / Thomas C Terwilliger / Peter H Zwart / Abstract: Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many ...Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many of these structures because of the need for manual interpretation of complex numerical data using many software packages and the repeated use of interactive three-dimensional graphics. PHENIX has been developed to provide a comprehensive system for macromolecular crystallographic structure solution with an emphasis on the automation of all procedures. This has relied on the development of algorithms that minimize or eliminate subjective input, the development of algorithms that automate procedures that are traditionally performed by hand and, finally, the development of a framework that allows a tight integration between the algorithms. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6u1v.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6u1v.ent.gz | 743.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6u1v.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/6u1v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/6u1v | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1ukwS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 42318.406 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces tsukubensis (strain DSM 42081 / NBRC 108919 / NRRL 18488 / 9993) (bacteria) Strain: DSM 42081 / NBRC 108919 / NRRL 18488 / 9993 / Gene: STSU_32075 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: I2MTW3, Oxidoreductases #2: Chemical | ChemComp-FDA / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.98 Å3/Da / Density % sol: 58.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.0, 10% PEG6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 4, 2016 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→68.4 Å / Num. obs: 196484 / % possible obs: 97.65 % / Redundancy: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 19.7 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1119 / Rpim(I) all: 0.06086 / Rrim(I) all: 0.1277 / Net I/σ(I): 8.99 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.813 Å / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 1.063 / Mean I/σ(I) obs: 1.39 / Num. unique obs: 19281 / CC1/2: 0.524 / Rpim(I) all: 0.5664 / % possible all: 96.41 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1UKW Resolution: 1.75→68.4 Å / SU ML: 0.2006 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.9074
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.08 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→68.4 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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