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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tcs | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the omalizumab scFv | |||||||||
要素 | Omalizumab scFv | |||||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Fab / Antibody (抗体) / immunoglobulin (抗体) | |||||||||
機能・相同性 | DI(HYDROXYETHYL)ETHER 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Mitropoulou, A.N. / Ceska, T. / Beavil, A.J. / Henry, A.J. / McDonnell, J.M. / Sutton, B.J. / Davies, A.M. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020 タイトル: Engineering the Fab fragment of the anti-IgE omalizumab to prevent Fab crystallization and permit IgE-Fc complex crystallization. 著者: Mitropoulou, A.N. / Ceska, T. / Heads, J.T. / Beavil, A.J. / Henry, A.J. / McDonnell, J.M. / Sutton, B.J. / Davies, A.M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tcs.cif.gz | 106.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6tcs.ent.gz | 79.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6tcs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/6tcs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/6tcs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 29596.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Omalizumab scFv / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
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#2: 化合物 | ChemComp-PEG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.79 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M tri-sodium citrate pH5.6, 15% PEG 4000 and 0.2M ammonium sulphate. Crystals were cryoprotected with 0.1M tri-sodium citrate pH5.6, 30% PEG 4000 and 0.2M ammonium sulphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9686 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→64.01 Å / Num. obs: 17055 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 24.6 Å2 / CC1/2: 0.974 / Rmerge(I) obs: 0.259 / Rpim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 6.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 2.248 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1655 / CC1/2: 0.597 / Rpim(I) all: 1.064 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6TCM 解像度: 2.3→56.237 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.97
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 88.85 Å2 / Biso mean: 33.9248 Å2 / Biso min: 11.18 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→56.237 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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