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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1wt5 | ||||||
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タイトル | The Crystal Structure Of A Humanized Antibody Fv 528 | ||||||
要素 | (ANTI EGFR ANTIBODY FV REGION) x 2 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / HUMANIZED ANTIBODY (ヒト化抗体) | ||||||
機能・相同性 | 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Makabe, K. / Tsumoto, K. / Asano, R. / Kondo, H. / Kumagai, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008 タイトル: Thermodynamic consequences of mutations in vernier zone residues of a humanized anti-human epidermal growth factor receptor murine antibody, 528 著者: Makabe, K. / Nakanishi, T. / Tsumoto, K. / Tanaka, Y. / Kondo, H. / Umetsu, M. / Sone, Y. / Asano, R. / Kumagai, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1wt5.cif.gz | 97.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1wt5.ent.gz | 79.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1wt5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/1wt5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/1wt5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 14162.790 Da / 分子数: 2 / 断片: VH fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) #2: 抗体 | 分子量: 13464.060 Da / 分子数: 2 / 断片: VL fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.5 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: NaCl, Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.978 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.0695→49.3865 Å / Num. all: 30360 / Num. obs: 30360 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.2 % / Biso Wilson estimate: 29.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.07→2.18 Å / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.195 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 4392 / Rsym value: 0.186 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→19.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1839882.62 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.5896 Å2 / ksol: 0.371454 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP |