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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6sqi | ||||||
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タイトル | Crystal structure of mouse PRMT6 with C-terminal TEV cleavage site | ||||||
![]() | Protein arginine N-methyltransferase 6 | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() histone H2AR3 methyltransferase activity / protein-arginine omega-N monomethyltransferase activity / histone H4R3 methyltransferase activity / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / histone arginine N-methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity ...histone H2AR3 methyltransferase activity / protein-arginine omega-N monomethyltransferase activity / histone H4R3 methyltransferase activity / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / histone arginine N-methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity / regulation of mitochondrion organization / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bonnefond, L. / Cavarelli, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of mouse PRMT6 in complex with inhibitors 著者: Bonnefond, L. / Cavarelli, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 201.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 161.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42821.301 Da / 分子数: 1 / 断片: mouse PRMT6 / 変異: F315L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q6NZB1, type I protein arginine methyltransferase |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.79 % / Mosaicity: 0.11 ° |
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: PEG Smear High 8%, NaCHOO 40 mM, CaCl2 40 mM, PIPES pH 6.8 100 mM |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
Reflection twin | Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.16 |
反射 | 解像度: 1.6→40.69 Å / Num. obs: 47624 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 19.41 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 22.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.736 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2048 / CC1/2: 0.436 / Rpim(I) all: 0.529 / Rrim(I) all: 0.913 / % possible all: 85.2 |
-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 4c03 解像度: 1.6→40.69 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33
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原子変位パラメータ | Biso max: 97.84 Å2 / Biso mean: 26.7729 Å2 / Biso min: 12.21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.6→40.69 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 21.2622 Å / Origin y: 1.4764 Å / Origin z: 8.3403 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: (chain 'A' and resid 52 through 386) |