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- PDB-6smo: AntDE:AntF (apo): type II PKS acyl-carrier protein in complex wit... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6smo | ||||||
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Title | AntDE:AntF (apo): type II PKS acyl-carrier protein in complex with its ketosynthase bound to the hexaketide | ||||||
![]() |
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![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Braeuer, A. / Zhou, Q. / Grammbitter, G.L.C. / Schmalhofer, M. / Ruehl, M. / Kaila, V.R.I. / Bode, H. / Groll, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural snapshots of the minimal PKS system responsible for octaketide biosynthesis. Authors: Brauer, A. / Zhou, Q. / Grammbitter, G.L.C. / Schmalhofer, M. / Ruhl, M. / Kaila, V.R.I. / Bode, H.B. / Groll, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 871 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 726.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6sm4SC ![]() 6sm6C ![]() 6smdC ![]() 6smpC ![]() 1tqyS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 3 types, 7 molecules ABDFCEG
#1: Protein | ![]() Mass: 10850.877 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: Protein | Mass: 47350.023 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: plu4191 / Plasmid: plasmid / Production host: ![]() ![]() ![]() #3: Protein | Mass: 40787.746 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: plu4190 / Production host: ![]() ![]() ![]() |
-Non-polymers , 4 types, 150 molecules ![](data/chem/img/LKZ.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-SO4 / | ![]() #7: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.24 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.2 / Details: 0.1 M BIS-TRIS, 0.4 M (NH4)2SO4, 29% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 16, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. obs: 61596 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 2.9 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 8.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 6401 / CC1/2: 0.663 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 6SM4, 1TQY Resolution: 2.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU B: 37.074 / SU ML: 0.325 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.416 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 139.39 Å2 / Biso mean: 42.297 Å2 / Biso min: 18.5 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.7→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.7→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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