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- PDB-3s8a: Structure of Yeast Ribonucleotide Reductase R293A with dGTP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s8a
タイトルStructure of Yeast Ribonucleotide Reductase R293A with dGTP
要素Ribonucleoside-diphosphate reductase large chain 1
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / dNTP regulation / allostery (アロステリック効果)
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside-diphosphate reductase complex / リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / DNA複製 / nucleotide binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribonucleotide reductase, class I , alpha subunit / Ribonucleotide reductase large subunit signature. / Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit / ATP-cone domain / ATP cone domain / ATP-cone domain profile. / Ribonucleotide reductase R1 subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase large subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase, all-alpha domain / Ribonucleotide reductase large subunit, C-terminal ...Ribonucleotide reductase, class I , alpha subunit / Ribonucleotide reductase large subunit signature. / Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit / ATP-cone domain / ATP cone domain / ATP-cone domain profile. / Ribonucleotide reductase R1 subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase large subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase, all-alpha domain / Ribonucleotide reductase large subunit, C-terminal / Ribonucleotide reductase, barrel domain / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain - #20 / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ribonucleoside-diphosphate reductase large chain 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / Isomorphous / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Ahmad, M.F. / Kaushal, P.S. / Wan, Q. / Wijeratna, S.R. / Huang, M. / Dealwis, C.D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural and biochemical basis of lethal mutant R293A of yeast ribonucleotide reductase
著者: Ahmad, M.F. / Kaushal, P.S. / Wan, Q. / Wijeratna, S.R. / Huang, M. / Dealwis, C.D.
履歴
登録2011年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase large chain 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,1183
ポリマ－99,5871
非ポリマー5312
水23413
1
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase large chain 1
ヘテロ分子

A: Ribonucleoside-diphosphate reductase large chain 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,2376
ポリマ－199,1742
非ポリマー1,0634
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area49800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.443, 117.716, 64.781
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Ribonucleoside-diphosphate reductase large chain 1 / Ribonucleotide reductase R1 subunit 1 / Ribonucleotide reductase large subunit 1


分子量: 99586.867 Da / 分子数: 1 / 断片: Ribonucleotide Reductase 1 / 変異: R293A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RNR1, CRT7, RIR1, SDS12, YER070W / プラスミド: pWJ751-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P21524, リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-DGT / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / dGTP / デオキシグアノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7
詳細: 20-25% PEG 3350, 0.1 M HEPES, 0.1 M sodium chloride, pH 7.0, EVAPORATION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月2日
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. obs: 16450 / % possible obs: 96.49 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.14 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.9→2.97 Å / 冗長度: 4.35 % / Rmerge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2900 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: Isomorphous / 解像度: 2.9→19.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 57.343 / SU ML: 0.495 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.519 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29965 1834 10 %RANDOM
Rwork0.22752 ---
obs0.23485 16450 96.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 75.589 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5296 0 32 13 5341
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0225455
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6431.9627393
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8215662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.83824.087252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.23715945
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.161532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2803
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024121
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2450.22627
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.23647
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.170.2189
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0240.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2350.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1270.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5841.53370
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.04625337
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.34532378
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2454.52056
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.974 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 132 -
Rwork0.365 1189 -
obs--97.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.18830.42520.19790.69140.15230.5597-0.05670.0062-0.034-0.08020.035-0.0279-0.18580.08740.02180.3812-0.0249-0.00560.3948-0.00211.378525.290561.466422.1671
21.79750.6498-0.70681.2458-0.14781.95640.09940.16310.0381-0.08340.09390.22780.0065-0.1169-0.19330.2565-0.0028-0.0170.4291-0.0471.38794.474537.141814.5944
31.17960.00460.29120.33250.13530.4825-0.04810.0371-0.06890.05370.05130.00950.08270.0389-0.00320.33410.0356-0.01330.4215-0.0091.371227.642138.65424.7386
41.59570.4272-2.30770.9748-0.65093.33880.05930.11880.0115-0.2178-0.0269-0.2255-0.3929-0.1904-0.03230.37240.0255-0.07760.4295-0.03551.461238.48845.70981.6309
52.30370.5221-1.51350.3507-0.40271.00960.04410.1821-0.0434-0.19320.09910.02640.06550.0539-0.14310.3680.04950.02360.4871-0.03531.421825.561633.81227.3799
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A76 - 287
2X-RAY DIFFRACTION2A288 - 377
3X-RAY DIFFRACTION3A378 - 597
4X-RAY DIFFRACTION4A598 - 679
5X-RAY DIFFRACTION5A680 - 746

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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