[日本語] English
万見
- PDB-6r8x: COAGULATION FACTOR XI CATALYTIC DOMAIN IN COMPLEX WITH FAB-PORTIO... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r8x
タイトルCOAGULATION FACTOR XI CATALYTIC DOMAIN IN COMPLEX WITH FAB-PORTION OF MAA868
要素
  • Coagulation factor XI第XI因子
  • anti-Factor-XI Fab fragment heavy chain MAA868
  • anti-Factor-XI Fab fragment light chain MAA868
キーワードBLOOD CLOTTING (凝固・線溶系) / Coagulation FXI / Zymogen (酵素前駆体) / Antibody (抗体) / Antagonist (受容体拮抗薬)
機能・相同性
機能・相同性情報


第XI因子 / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / 凝固・線溶系 / heparin binding / serine-type endopeptidase activity / extracellular space ...第XI因子 / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / 凝固・線溶系 / heparin binding / serine-type endopeptidase activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Apple domain. / Apple domain / APPLE domain / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. ...Apple domain. / Apple domain / APPLE domain / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / 抗体 / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulin-like / Βバレル / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Schiering, N. / Koch, A.
引用ジャーナル: Blood / 年: 2019
タイトル: MAA868, a novel FXI antibody with a unique binding mode, shows durable effects on markers of anticoagulation in humans.
著者: Koch, A.W. / Schiering, N. / Melkko, S. / Ewert, S. / Salter, J. / Zhang, Y. / McCormack, P. / Yu, J. / Huang, X. / Chiu, Y.H. / Chen, Z. / Schleeger, S. / Horny, G. / DiPetrillo, K. / ...著者: Koch, A.W. / Schiering, N. / Melkko, S. / Ewert, S. / Salter, J. / Zhang, Y. / McCormack, P. / Yu, J. / Huang, X. / Chiu, Y.H. / Chen, Z. / Schleeger, S. / Horny, G. / DiPetrillo, K. / Muller, L. / Hein, A. / Villard, F. / Scharenberg, M. / Ramage, P. / Hassiepen, U. / Cote, S. / DeGagne, J. / Krantz, C. / Eder, J. / Stoll, B. / Kulmatycki, K. / Feldman, D.L. / Hoffmann, P. / Basson, C.T. / Frost, R.J.A. / Khder, Y.
履歴
登録2019年4月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Coagulation factor XI
B: anti-Factor-XI Fab fragment light chain MAA868
C: anti-Factor-XI Fab fragment heavy chain MAA868


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7423
ポリマ－74,7423
非ポリマー00
水7,440413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area28890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)191.274, 53.216, 65.164
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.56, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Coagulation factor XI / 第XI因子 / FXI / Plasma thromboplastin antecedent / PTA


分子量: 26856.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03951, 第XI因子
#2: 抗体 anti-Factor-XI Fab fragment light chain MAA868


分子量: 22921.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 抗体 anti-Factor-XI Fab fragment heavy chain MAA868


分子量: 24963.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350 9MG/ML SEEDING (ORIGINAL CRYSTAL FROM WHICH SEEDS WERE PREPARED GREW AFTER 3 WEEKS)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00002 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→64.96 Å / Num. obs: 40205 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.22 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 10.87
反射 シェル解像度: 2.04→2.09 Å / 冗長度: 3.18 % / Rmerge(I) obs: 0.571 / Mean I/σ(I) obs: 2.67 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.11.5精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: fXI CD plus trucated Fab structures

解像度: 2.04→64.9 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2822 --
Rwork0.2201 --
obs-40088 95.9 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→64.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5036 0 0 413 5449

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る