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- PDB-6p8h: Crystal structure of CDK4 in complex with CyclinD1 and P21 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p8h
タイトルCrystal structure of CDK4 in complex with CyclinD1 and P21
要素
  • Cyclin-dependent kinase 4サイクリン依存性キナーゼ4
  • Cyclin-dependent kinase inhibitor 1サイクリン依存性キナーゼ阻害因子
  • G1/S-specific cyclin-D1
キーワードcell cycle (細胞周期) / transferase (転移酵素) / Cyclin-dependent kinase (サイクリン依存性キナーゼ) / kinase inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin-dependent protein kinase activating kinase activity / re-entry into mitotic cell cycle / cyclin D3-CDK4 complex / cyclin D1-CDK4 complex / cyclin D2-CDK4 complex / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 / negative regulation of cardiac muscle tissue regeneration / negative regulation of cyclin-dependent protein kinase activity / cellular response to ionomycin ...cyclin-dependent protein kinase activating kinase activity / re-entry into mitotic cell cycle / cyclin D3-CDK4 complex / cyclin D1-CDK4 complex / cyclin D2-CDK4 complex / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 / negative regulation of cardiac muscle tissue regeneration / negative regulation of cyclin-dependent protein kinase activity / cellular response to ionomycin / regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / Drug-mediated inhibition of CDK4/CDK6 activity / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / regulation of type B pancreatic cell proliferation / RUNX3 regulates WNT signaling / response to leptin / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of cell cycle factors / PCNA-p21 complex / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / intestinal epithelial cell maturation / : / regulation of cell cycle G1/S phase transition / 再生 (生物学) / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / Transcriptional regulation by RUNX2 / mitotic cell cycle phase transition / negative regulation of phosphorylation / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / negative regulation of DNA biosynthetic process / response to arsenic-containing substance / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / positive regulation of programmed cell death / oncogene-induced cell senescence / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / proline-rich region binding / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / AKT phosphorylates targets in the cytosol / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / mammary gland epithelial cell proliferation / response to UV-A / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / stress-induced premature senescence / negative regulation of epithelial cell differentiation / response to aldosterone / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / response to corticosterone / cellular response to UV-B / molecular function inhibitor activity / protein kinase inhibitor activity / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / fat cell differentiation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / PTK6 Regulates Cell Cycle / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / keratinocyte proliferation / Transcriptional Regulation by VENTX / response to X-ray / ヘイフリック限界 / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / bicellular tight junction / response to hyperoxia / positive regulation of protein kinase activity / mammary gland alveolus development / cellular response to interleukin-4 / サイクリン依存性キナーゼ / animal organ regeneration / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / positive regulation of B cell proliferation / endoplasmic reticulum unfolded protein response / keratinocyte differentiation / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / response to organonitrogen compound / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Signaling by FLT3 fusion proteins / 授乳 / transcription repressor complex / cellular response to amino acid starvation / protein sequestering activity / cyclin binding / intrinsic apoptotic signaling pathway / : / negative regulation of protein phosphorylation / negative regulation of protein binding
類似検索 - 分子機能
Cyclin-dependent kinase inhibitor 1 / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain superfamily / サイクリン依存性キナーゼ阻害因子 / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / サイクリン / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C ...Cyclin-dependent kinase inhibitor 1 / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain superfamily / サイクリン依存性キナーゼ阻害因子 / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / サイクリン / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
サイクリン依存性キナーゼ4 / G1/S-specific cyclin-D1 / Cyclin-dependent kinase inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Guiley, K.Z. / Stevenson, J.W. / Lou, K. / Barkovich, K.J. / Bunch, K. / Tripathi, S.M. / Shokat, K.M. / Rubin, S.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)GM124148 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA206244 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: p27 allosterically activates cyclin-dependent kinase 4 and antagonizes palbociclib inhibition.
著者: Guiley, K.Z. / Stevenson, J.W. / Lou, K. / Barkovich, K.J. / Kumarasamy, V. / Wijeratne, T.U. / Bunch, K.L. / Tripathi, S. / Knudsen, E.S. / Witkiewicz, A.K. / Shokat, K.M. / Rubin, S.M.
履歴
登録2019年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: G1/S-specific cyclin-D1
B: Cyclin-dependent kinase 4
C: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4803
ポリマ－71,4803
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5930 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area25990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.620, 67.980, 185.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質 G1/S-specific cyclin-D1 / B-cell lymphoma 1 protein / BCL-1 / BCL-1 oncogene / PRAD1 oncogene


分子量: 28445.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCND1, BCL1, PRAD1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P24385
#2: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 4 / サイクリン依存性キナーゼ4 / Cell division protein kinase 4 / PSK-J3


分子量: 33947.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P11802, サイクリン依存性キナーゼ
#3: タンパク質 Cyclin-dependent kinase inhibitor 1 / サイクリン依存性キナーゼ阻害因子 / CDK-interacting protein 1 / Melanoma differentiation-associated protein 6 / MDA-6 / p21


分子量: 9087.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: CDKN1A, CAP20, CDKN1, CIP1, MDA6, PIC1, SDI1, WAF1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P38936

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.43 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 / 詳細: 100mM Tris (7.0), 10% PEG 8000 200mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.19→92.68 Å / Num. obs: 13821 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Rpim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 3.19→3.41 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2439 / CC1/2: 0.75 / Rpim(I) all: 0.406 / Rsym value: 0.837 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2W96

2w96


解像度: 3.19→44.698 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2575 721 5.24 %
Rwork0.2056 --
obs0.2084 13772 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.19→44.698 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4388 0 0 0 4388
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024477
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4926062
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.922761
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037687
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004787
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1902-3.43650.35071340.28682544X-RAY DIFFRACTION100
3.4365-3.78210.27051390.22742568X-RAY DIFFRACTION100
3.7821-4.3290.28181310.20012591X-RAY DIFFRACTION100
4.329-5.45260.25251480.18472613X-RAY DIFFRACTION100
5.4526-44.70260.21751690.18732735X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2054-0.0317-0.65644.0958-0.79194.18520.1922-0.05030.4364-0.06850.029-0.1504-0.4756-0.2248-0.20580.37360.01840.06080.3869-0.03720.43134.3608-13.3318-43.5482
25.20813.8424-2.55378.1149-0.84744.7082-0.03740.53440.0146-0.35750.08480.07880.0781-0.0991-0.01870.29490.0604-0.03690.52470.07430.357427.1216-31.8453-54.3308
35.03342.173-1.99962.7979-1.76852.55520.5824-0.45330.69420.5404-0.12290.4789-0.6511-0.4479-0.44480.59630.03090.11270.6499-0.1270.481317.2322-15.0266-20.7964
45.1444-0.31251.77347.546-2.23237.2320.3582-0.4214-0.32530.7957-0.1627-0.30150.4268-0.2723-0.16780.6045-0.0123-0.10780.6518-0.03410.361615.8516-36.5557-10.6482
51.62220.58950.89186.97662.36712.7670.1249-0.18520.3022-0.92190.9051-0.7065-0.61680.9834-0.7340.6643-0.13010.43171.19950.14920.983549.6064-8.0391-50.9608
60.95950.4958-0.67160.4918-1.00482.29930.0439-0.39941.10430.82150.0336-0.057-0.9799-0.1920.13391.33740.07930.2960.583-0.20771.563326.88365.1752-28.7069
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 19:156 )A19 - 156
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 157:262 )A157 - 262
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 18:153 )B18 - 153
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 154:295 )B154 - 295
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN C AND RESID 14:15 )C14 - 15
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN C AND RESID 16:56 )C16 - 56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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