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- PDB-6ozg: Crystal structure of Thermotoga maritima (Tm) Endonuclease V (E89... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ozg
タイトルCrystal structure of Thermotoga maritima (Tm) Endonuclease V (E89Q) in complex with a 12mer DNA containing an inosine followed by a ribo-adenosine
要素
  • DNA/RNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*A)-R(P*A)-D(P*GP*AP*T)-R(P*NP*N)-D(P*T)-3')
  • Endonuclease V
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Nucleic acid hydrolysis / RNA recognition / metal ion dependent catalysis / DNA damage (DNA修復) / adenosine deamination
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribonuclease V / deoxyribonuclease V activity / RNA endonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters / single-stranded RNA binding / DNA修復 / magnesium ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Endonuclease V / Endonuclease V / archaeoglobus fulgidus dsm 4304 fold / archaeoglobus fulgidus dsm 4304 superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / Endonuclease V
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Samara, N.L. / Yang, W.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2019
タイトル: Evolution of Inosine-Specific Endonuclease V from Bacterial DNase to Eukaryotic RNase.
著者: Wu, J. / Samara, N.L. / Kuraoka, I. / Yang, W.
履歴
登録2019年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 2.02023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endonuclease V
B: Endonuclease V
C: DNA/RNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*A)-R(P*A)-D(P*GP*AP*T)-R(P*NP*N)-D(P*T)-3')
D: DNA/RNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*A)-R(P*A)-D(P*GP*AP*T)-R(P*NP*N)-D(P*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,41912
ポリマ－57,9764
非ポリマー4438
水3,117173
1
A: Endonuclease V
C: DNA/RNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*A)-R(P*A)-D(P*GP*AP*T)-R(P*NP*N)-D(P*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1616
ポリマ－28,9882
非ポリマー1734
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area10870 Å2
手法PISA
2
B: Endonuclease V
D: DNA/RNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*A)-R(P*A)-D(P*GP*AP*T)-R(P*NP*N)-D(P*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2596
ポリマ－28,9882
非ポリマー2714
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area11760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.495, 82.487, 108.569
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

-
要素

-
タンパク質 / DNA/RNAハイブリッド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Endonuclease V / / Deoxyinosine 3'endonuclease / Deoxyribonuclease V / DNase V


分子量: 25487.781 Da / 分子数: 2 / 変異: E89Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
遺伝子: nfi, TM_1865 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X2H9, deoxyribonuclease V
#2: DNA/RNAハイブリッド DNA/RNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*A)-R(P*A)-D(P*GP*AP*T)-R(P*NP*N)-D(P*T)-3')


分子量: 3500.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 181分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M magnesium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 7.4, 15% w/v PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月25日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→33.14 Å / Num. obs: 42382 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 1 % / Biso Wilson estimate: 32.53 Å2 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 42382
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.93-1.9712174175.6
1.93-33.141396181.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.15データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2W35

2w35


解像度: 1.93→33.14 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2093 3960 4.92 %
Rwork0.1773 --
obs0.1789 42315 96.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 149.89 Å2 / Biso mean: 51.4769 Å2 / Biso min: 20.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.93→33.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3579 379 27 173 4158
Biso mean--62.69 48.78 -
残基数----464
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074156
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8745695
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058620
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006658
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.2292456
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9258-1.94930.36861130.31771975208871
1.9493-1.97390.31651390.31672325246482
1.9739-1.99990.31021510.28652439259087
1.9999-2.02730.24321030.2692529263290
2.0273-2.05620.33931450.26512678282393
2.0562-2.08690.27941570.24192661281895
2.0869-2.11950.24291340.23622820295498
2.1195-2.15430.28561470.2352745289299
2.1543-2.19140.2621470.2292827297499
2.1914-2.23130.21821380.218728162954100
2.2313-2.27420.26561350.232528532988100
2.2742-2.32060.2791470.206527972944100
2.3206-2.3710.19591650.193828312996100
2.371-2.42620.23381450.196628412986100
2.4262-2.48680.26041140.19728372951100
2.4868-2.5540.26411590.192228423001100
2.554-2.62920.28821630.193628192982100
2.6292-2.7140.23251420.190227832925100
2.714-2.81090.23171460.195528442990100
2.8109-2.92340.18471380.18628432981100
2.9234-3.05640.22851630.195928302993100
3.0564-3.21740.211430.182128352978100
3.2174-3.41880.2271340.165628362970100
3.4188-3.68240.16431390.162228292968100
3.6824-4.05240.16131280.143928552983100
4.0524-4.63740.14781490.125928062955100
4.6374-5.83750.19481490.138628212970100
5.8375-33.14530.17591270.16472682280994
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.224.53691.27458.5921-0.11315.17750.4644-0.87010.71620.3038-0.2930.5272-0.48850.1143-0.13990.3069-0.00970.01560.318-0.05470.259274.2228.357116.9233
23.75443.7612-0.46565.1315-1.29064.12-0.1051-0.41011.44540.0939-0.18411.3906-0.6248-1.7275-0.04350.39370.1099-0.03180.4716-0.01930.649263.453129.182210.4395
36.7279-7.398-1.74779.320.40127.4511-0.03771.21012.4078-1.43350.1951-1.2352-0.86341.4631-0.11820.6807-0.1831-0.04180.63860.190.551882.914731.99-4.5494
47.3781-1.44211.98967.75033.63265.7764-0.0507-0.1359-0.61580.41760.05650.15331.1436-0.12140.20230.29440.0001-0.02170.33610.00350.215883.565214.09279.6294
53.84010.7057-1.82464.8093-0.03136.88740.1570.53510.3038-0.23810.3927-0.08390.24020.3205-0.31740.2450.034-0.06120.54430.03650.329790.164416.82396.9946
63.06473.8954-1.26935.081-0.16722.95010.0495-0.6064-0.37210.33-0.1106-0.18120.06460.09260.05530.24030.01040.00820.2782-0.01030.213874.281418.635613.7107
77.8748-0.6416-1.05424.1816-4.65566.3183-0.0668-0.05290.45910.2213-0.0868-0.4013-0.41110.75640.33850.3243-0.040.01740.4601-0.0030.274186.449224.14095.2577
85.76131.2238-0.54821.51042.23584.131-0.12290.50080.473-0.2568-0.04850.3646-0.2258-0.11390.19560.3004-0.0099-0.06220.2880.08490.255573.372225.37063.6169
97.4668-1.3027-0.66813.4764-0.94757.1453-0.03961.5663-0.1695-0.5577-0.30160.0017-0.0111-0.50450.37210.4457-0.0877-0.10160.8062-0.01550.369569.315717.2872-12.4046
104.88150.60840.43813.51441.37496.87-0.12611.2152-0.1232-0.75460.0629-0.0755-0.05550.48880.02910.3967-0.0462-0.02030.66630.01750.239578.301319.1058-8.7716
117.9604-5.72065.15984.6233-4.23037.45390.43340.7822-0.6717-0.2301-0.3703-0.20170.31790.3593-0.02670.36840.0228-0.05930.4234-0.1010.449286.97348.95245.0006
127.47580.77541.12095.77111.4134.29690.17520.7671-0.8047-0.10440.2969-0.82640.59080.5653-0.51190.4770.0255-0.00150.4131-0.19770.544583.837931.720822.0551
134.05131.07480.5718.5364-0.74257.22270.14310.96410.1741-0.7199-0.1204-1.02150.1770.36830.01590.2989-0.10510.07150.4814-0.03960.365987.77544.273223.7445
149.0822-0.08432.18383.9176-0.00069.42080.1586-0.6911-0.72510.9406-0.24950.40161.0237-0.23220.09740.528-0.13740.04330.4411-0.01840.330573.497536.337335.9441
157.0656-1.23881.27751.98821.6834.04510.4220.103-0.66560.6653-1.15620.57230.5066-0.64490.65460.3629-0.12650.09440.4853-0.0370.447267.139940.153833.0261
165.24290.4480.50724.4921-0.09092.89070.4672-0.3315-1.68390.5201-0.1623-0.65510.7509-0.2372-0.17830.404-0.0437-0.04220.21190.0350.506982.689332.323232.2995
178.65732.26783.02674.41453.21125.5921-0.28950.2358-0.27490.01550.06490.5838-0.249-0.31350.35090.2550.0076-0.00040.2606-0.01110.328371.979643.160226.9811
185.72480.79333.3615.31723.47936.25510.07880.4587-0.41460.00660.1991-0.43110.26750.3379-0.26980.2466-0.02750.02340.25160.01830.249785.514843.600428.4451
196.91631.57021.30576.4741-0.41087.4135-0.0409-0.43490.69640.07360.16430.0785-0.2578-0.2115-0.1480.1786-0.003-0.03040.23680.01920.340189.193756.866440.7331
207.19971.02871.97975.32633.75.5337-0.1023-0.40050.5906-0.0836-0.0251-0.1059-0.22-0.10330.05170.1920.0124-0.00990.23520.04740.249983.8954.242937.3194
213.19181.1968-2.09566.17810.29379.0605-0.0207-0.50810.66040.0055-0.15280.4527-0.2482-0.50010.05590.17780.0373-0.03120.3467-0.01490.306176.040155.264336.5794
228.98095.5487-3.09124.1978-3.64717.45310.4405-0.9894-0.81792.0508-1.03590.77421.0527-1.22960.50480.8385-0.31320.21120.8237-0.04230.553269.257238.125142.0085
233.0724.4965-1.85317.7043-1.05057.1127-0.48690.588-1.5894-0.0213-0.0049-0.02331.7683-0.25510.54380.6512-0.04870.10510.4285-0.10440.626568.15488.00553.7707
241.2472-3.9224.67844.1734-9.35168.14640.0198-0.3686-0.4680.0074-0.11370.08120.35380.080.22650.5185-0.0322-0.02110.54850.12010.553789.051937.01747.2252
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 12 )A1 - 12
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 13 through 26 )A13 - 26
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 27 through 37 )A27 - 37
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 38 through 60 )A38 - 60
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 61 through 75 )A61 - 75
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 76 through 99 )A76 - 99
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 100 through 110 )A100 - 110
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 111 through 138 )A111 - 138
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 139 through 163 )A139 - 163
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 164 through 207 )A164 - 207
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 208 through 221 )A208 - 221
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 1 through 12 )B1 - 12
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 13 through 37 )B13 - 37
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 38 through 60 )B38 - 60
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 61 through 75 )B61 - 75
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 76 through 99 )B76 - 99
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 100 through 110 )B100 - 110
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 111 through 138 )B111 - 138
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 139 through 163 )B139 - 163
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 164 through 188 )B164 - 188
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 189 through 207 )B189 - 207
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 208 through 224 )B208 - 224
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 2 through 12 )C2 - 9
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 1 through 12 )D1 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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