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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6j1x | ||||||||||||
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タイトル | WWP1 close conformation | ||||||||||||
要素 | NEDD4-like E3 ubiquitin-protein ligase WWP1 | ||||||||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / E3 ligase (ユビキチンリガーゼ) / close conformation / autoinhibition | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HECT-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin ligase complex / Downregulation of ERBB4 signaling / monoatomic ion transmembrane transport / central nervous system development / Stimuli-sensing channels / ubiquitin-protein transferase activity / Regulation of RUNX2 expression and activity / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation ...HECT-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin ligase complex / Downregulation of ERBB4 signaling / monoatomic ion transmembrane transport / central nervous system development / Stimuli-sensing channels / ubiquitin-protein transferase activity / Regulation of RUNX2 expression and activity / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / symbiont entry into host cell / negative regulation of DNA-templated transcription / シグナル伝達 / extracellular exosome / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Liu, Z.H. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: A multi-lock inhibitory mechanism for fine-tuning enzyme activities of the HECT family E3 ligases. 著者: Wang, Z. / Liu, Z. / Chen, X. / Li, J. / Yao, W. / Huang, S. / Gu, A. / Lei, Q.Y. / Mao, Y. / Wen, W. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6j1x.cif.gz | 199.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6j1x.ent.gz | 156.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6j1x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/6j1x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/6j1x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65072.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WWP1 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: Q9H0M0, HECT-type E3 ubiquitin transferase | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.68 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100mM Tris-HCl pH 7.0, 15% v/v reagent alcohol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 26023 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 2599 / % possible all: 97.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5XMC 解像度: 2.3→35.81 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.04
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→35.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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