PDB-6i4t: Crystal structure of the disease-causing I445M mutant of the huma...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6i4t

タイトル

Crystal structure of the disease-causing I445M mutant of the human dihydrolipoamide dehydrogenase

要素

Dihydrolipoyl dehydrogenase, mitochondrial

ジヒドロリポイルデヒドロゲナーゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

Lipoamide dehydrogenase (ジヒドロリポイルデヒドロゲナーゼ) / Pathogenic mutation / E3 deficiency /

Alpha-ketoglutarate dehydrogenase complex /

2-oxoglutarate dehydrogenase complex /

Pyruvate dehydrogenase complex (ピルビン酸デヒドロゲナーゼ複合体)

機能・相同性

機能・相同性情報

acetyltransferase complex / acrosomal matrix / Glycine degradation / : /

ジヒドロリポイルデヒドロゲナーゼ /

dihydrolipoyl dehydrogenase activity /

oxoglutarate dehydrogenase complex / acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate /

ピルビン酸デヒドロゲナーゼ複合体 /

: ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.823 Å

データ登録者

Szabo, E. / Wilk, P. / Zambo, Z. / Torocsik, B. / Weiss, M.S. / Adam-Vizi, V. / Ambrus, A.

資金援助

ハンガリー,

米国,

ドイツ, 10件

組織	認可番号	国
Hungarian Academy of Sciences	02001 [to A.-V.V.]	ハンガリー
	Hungarian Scientific Research Fund, grant#112230 [to A.-V.V.]	ハンガリー
	Hungarian Brain Research Program, grant#KTIA_13_NAP_III/6 and 2017-1.2.1-NKP-2017-00002 [to A.-V.V.]	ハンガリー
Hungarian Academy of Sciences	Bolyai Fellowship [to A.A.]	ハンガリー
European Molecular Biology Organization	Short-term Fellowship [to A.A.]	ハンガリー
	Semmelweis University, Young Investigator Research Grant [to A.A.]	ハンガリー
	Gedeon Richter PIc., Young Investigator Research Grant [to A.A.]	ハンガリー
	Fulbright Commission, Fulbright Fellowship [to A.A.]	米国
	European Union and Government of Hungary, grant#EFOP-3.6.3-VEKOP-16-2017-00009 [to S.E.]	ハンガリー
	European Union CALIPSOplus, grant#16204087-ST [to S.E. and A.A.]	ドイツ

引用

ジャーナル: Hum.Mol.Genet. / 年: 2019
タイトル: Underlying molecular alterations in human dihydrolipoamide dehydrogenase deficiency revealed by structural analyses of disease-causing enzyme variants.
著者: Szabo, E. / Wilk, P. / Nagy, B. / Zambo, Z. / Bui, D. / Weichsel, A. / Arjunan, P. / Torocsik, B. / Hubert, A. / Furey, W. / Montfort, W.R. / Jordan, F. / Weiss, M.S. / Adam-Vizi, V. / Ambrus, A.

履歴

登録	2018年11月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6i4t.cif.gz	542.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6i4t.ent.gz	453.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6i4t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/6i4t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/6i4t	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6i4pC 6i4qC 6i4rC 6i4sC 6i4uC 6i4zC 1zmdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6hg8-d 1zmc-3 1geu-d 1zmd-1 5nhg-3 4jdr-d 3lad-d 1ojt-1 5u8u-1 6n7f-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (11) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (10) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Dihydrolipoyl dehydrogenase, mitochondrial

B: Dihydrolipoyl dehydrogenase, mitochondrial

ヘテロ分子

108 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.915, 169.004, 60.831
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 3 through 44 or resid 47...
2	1	(chain B and (resid 3 through 44 or resid 47...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain A and (resid 3 through 44 or resid 47...	A	3 - 44
1	2	1	(chain A and (resid 3 through 44 or resid 47...	A	47 - 49
1	3	1	(chain A and (resid 3 through 44 or resid 47...	A	3 - 474
1	4	1	(chain A and (resid 3 through 44 or resid 47...	A	0
1	5	1	(chain A and (resid 3 through 44 or resid 47...	A	91 - 6
1	6	1	(chain A and (resid 3 through 44 or resid 47...	A	106 - 325
1	7	1	(chain A and (resid 3 through 44 or resid 47...	A	32725
1	8	1	(chain A and (resid 3 through 44 or resid 47...	A	327 - 347
1	9	1	(chain A and (resid 3 through 44 or resid 47...	A	349 - 396
1	10	1	(chain A and (resid 3 through 44 or resid 47...	A	398 - 436
1	11	1	(chain A and (resid 3 through 44 or resid 47...	A	438 - 474
1	12	1	(chain A and (resid 3 through 44 or resid 47...	A	500
2	1	1	(chain B and (resid 3 through 44 or resid 47...	B	3 - 44
2	2	1	(chain B and (resid 3 through 44 or resid 47...	B	47 - 49
2	3	1	(chain B and (resid 3 through 44 or resid 47...	B	51 - 57
2	4	1	(chain B and (resid 3 through 44 or resid 47...	B	-6 - 474
2	5	1	(chain B and (resid 3 through 44 or resid 47...	B	91 - 104
2	6	1	(chain B and (resid 3 through 44 or resid 47...	B	-6 - 474
2	7	1	(chain B and (resid 3 through 44 or resid 47...	B	-6 - 474
2	8	1	(chain B and (resid 3 through 44 or resid 47...	B	349 - 396
2	9	1	(chain B and (resid 3 through 44 or resid 47...	B	438 - 474
2	10	1	(chain B and (resid 3 through 44 or resid 47...	B	500

#1: タンパク質	Dihydrolipoyl dehydrogenase, mitochondrial / ジヒドロリポイルデヒドロゲナーゼ / Dihydrolipoamide dehydrogenase / Glycine cleavage system L protein 分子量: 52655.211 Da / 分子数: 2 / 変異: I445M / 由来タイプ: 組換発現詳細: Sequence of the Strep-tag with linker amino acids: MASWSHPQFEKGALEVLFQGPG 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DLD, GCSL, LAD, PHE3 / プラスミド: pET52b+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P09622, ジヒドロリポイルデヒドロゲナーゼ
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2 M ammonium sulfate, 2 (v/v)% PEG 400, 0.1 M Hepes (pH 7.5)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.82→45.596 Å / Num. obs: 108394 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.607 % / B_iso Wilson estimate: 28.88 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.094 / R_rim(I) all: 0.102 / Χ²: 0.972 / Net I/σ(I): 11.05

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.82-1.93	6.639	1.182	1.39	16652	0.84	1.281	94.5
1.93-2.07	6.451	0.799	2.01	16369	0.916	0.869	99.1
2.07-2.23	6.905	0.422	3.82	15256	0.975	0.457	99
2.23-2.45	6.532	0.266	6.19	14047	0.983	0.289	98.7
2.45-2.73	6.737	0.149	10.1	12858	0.994	0.162	99.5
2.73-3.15	6.664	0.089	16.42	11414	0.997	0.097	99.6
3.15-3.86	6.596	0.053	26.89	9730	0.998	0.057	99.8
3.86-5.44	6.327	0.042	34.07	7640	0.998	0.046	99.8
5.44-45.596	6.249	0.04	35.59	4428	0.999	0.043	99.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R rigid body: 0.604

	最高解像度	最低解像度
Rotation	48.63 Å	2.26 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
MxCuBE		データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ZMD

1zmd

解像度: 1.823→45.596 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.73
詳細: TLS groups, NCS torsion-angle restraints, automatic occupancy refinement and real-space refinement were involved, hydrogen atoms were added to the final model during refinement

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2103	2093	1.94 %
R_work	0.1909	-	-
obs	0.1913	108085	98.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 142.15 Å² / B_iso mean: 48.0385 Å² / B_iso min: 21.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.823→45.596 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7077	0	246	411	7734
B_iso mean	-	-	43.44	40.73	-
残基数	-	-	-	-	953

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	4177	X-RAY DIFFRACTION	8.572	TORSIONAL
1	2	B	4177	X-RAY DIFFRACTION	8.572	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8235-1.8659	0.3535	121	0.3621	6169	6290	87
1.8659-1.9126	0.3931	140	0.3766	7050	7190	99
1.9126-1.9643	0.4168	137	0.3974	7025	7162	99
1.9643-2.0221	0.2973	138	0.283	7006	7144	99
2.0221-2.0873	0.2838	139	0.2525	7040	7179	99
2.0873-2.1619	0.2747	139	0.22	7032	7171	99
2.1619-2.2485	0.2558	139	0.2534	6999	7138	98
2.2485-2.3508	0.2568	138	0.2282	7004	7142	98
2.3508-2.4748	0.2153	140	0.1796	7097	7237	99
2.4748-2.6298	0.1913	141	0.1772	7123	7264	99
2.6298-2.8328	0.219	142	0.1878	7172	7314	100
2.8328-3.1178	0.1983	142	0.1885	7166	7308	100
3.1178-3.5688	0.2104	143	0.1816	7239	7382	100
3.5688-4.4957	0.1453	144	0.1383	7292	7436	100
4.4957-45.6102	0.1741	150	0.1561	7578	7728	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5319	0.3108	0.9221	1.5547	0.2204	1.4326	0.1522	-0.2158	0.3498	0.427	-0.1201	0.4555	-0.0417	-0.215	0.0223	0.343	0.0055	0.1685	0.2365	-0.0068	0.3706	34.7458	8.8775	23.9057
2	0.5676	-0.3525	-0.2394	1.6071	-0.5244	0.4296	0.1682	-0.1596	0.2507	0.1649	-0.0215	0.8437	-0.0084	-0.2586	-0.0656	0.3194	-0.0108	0.1888	0.3238	0.039	0.5839	20.1593	-0.8892	21.5607
3	1.1808	0.4648	0.4045	1.9335	-0.1199	0.7833	-0.0772	-0.0538	0.6082	0.0819	0.0376	0.391	-0.21	-0.1198	0.0472	0.3122	0.0423	0.1289	0.2637	0.0293	0.5383	33.773	19.2104	16.8047
4	2.1731	-1.2428	0.717	3.7616	-1.0134	1.423	0.0698	0.3922	0.276	-0.6679	-0.0069	0.434	0.0939	-0.0307	-0.0383	0.4269	-0.0356	-0.0374	0.3392	0.0877	0.3465	27.6953	3.0329	-2.4143
5	2.9543	0.1997	1.7339	1.482	-0.0374	1.5611	0.0219	0.242	0.5075	-0.1438	-0.0105	0.2778	-0.0334	0.013	-0.009	0.3375	0.0125	0.0922	0.2919	0.1284	0.4558	40.0156	17.2133	5.8999
6	1.5201	0.8347	0.3597	2.2375	0.1083	0.7283	0.0217	0.1466	-0.1957	-0.0791	0.0938	-0.2344	0.073	0.0017	-0.1126	0.2794	0.0092	0.0837	0.2523	-0.0182	0.305	45.9766	-8.6025	11.5648
7	1.3626	0.2605	0.4524	3.5957	0.7481	1.824	-0.0933	0.4335	-0.4012	-0.8487	0.3554	-0.129	-0.2501	0.2855	-0.2477	0.4879	-0.0828	0.0033	0.3651	-0.1364	0.5782	42.819	-45.1253	6.3693
8	3.4845	-2.7734	-0.8822	5.4262	0.4882	1.5361	0.0561	-0.1386	-0.1188	-0.0227	0.2324	0.4269	0.0494	-0.0231	-0.217	0.3126	-0.0505	0.021	0.3005	0.0358	0.5346	24.2264	-28.0131	17.9451
9	2.0618	-1.5336	-0.3816	4.3888	0.4324	0.1699	0.2568	0.2209	-0.3239	-0.4867	-0.0412	0.963	-0.0877	-0.1984	-0.1868	0.4587	-0.0472	-0.0848	0.4189	0.0825	0.5897	20.1402	-23.565	12.4974
10	1.8037	1.0946	-0.0904	3.4115	0.8769	2.2323	-0.0262	0.3013	-0.7609	-0.2824	0.1692	-0.4355	0.1184	0.2393	-0.1517	0.4357	-0.0023	-0.0151	0.3315	-0.1233	0.6878	40.6789	-51.7106	11.8243
11	1.7286	1.7628	-0.5582	1.8544	-0.3378	1.2084	0.1065	-0.1512	-0.2002	0.5311	-0.0043	0.6877	-0.0017	-0.1967	-0.102	0.4223	-0.058	0.1426	0.3104	0.0849	0.7135	18.6137	-34.4745	29.021
12	3.883	1.0382	-0.398	1.1702	-0.006	1.9245	0.1992	-0.5973	-0.2346	0.7573	-0.0397	0.3125	-0.2517	0.1412	-0.1512	0.5922	-0.0569	0.2136	0.3164	0.0535	0.4161	26.6742	-23.05	37.8115
13	1.7333	0.5618	-1.3678	2.455	0.3815	1.47	0.3437	-0.4533	-0.3253	0.6618	-0.1624	1.0099	0.0993	-0.3972	-0.1862	0.6568	-0.1049	0.2268	0.4638	0.1893	0.7911	15.6738	-35.7713	40.9182
14	2.3289	0.0365	-0.8539	2.2923	0.453	1.6132	0.0735	-0.1449	-0.4534	0.2995	0.0932	-0.1216	0.1577	0.1692	-0.1045	0.4057	-0.0206	-0.0636	0.2852	0.037	0.546	39.709	-42.0307	27.0362
15	0.0434	-0.4422	-0.1074	4.7928	1.6498	2.184	0.114	-0.1043	-0.3162	0.2905	0.3357	-0.5191	-0.0474	0.2956	-0.4487	0.3465	-0.0521	0.0102	0.2996	-0.0453	0.4119	42.768	-25.2194	26.3094
16	2.0814	-0.0322	-0.3413	3.3705	-0.3729	0.9859	0.1167	-0.2675	0.0224	0.6586	-0.0926	-0.0806	-0.0717	0.0242	-0.0308	0.4412	-0.0356	0.0427	0.2573	-0.0049	0.2561	42.9023	-10.4285	30.4064

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 67 )	A	3 - 67
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 68 through 110 )	A	68 - 110
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 111 through 187 )	A	111 - 187
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 188 through 260 )	A	188 - 260
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 261 through 307 )	A	261 - 307
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 308 through 474 )	A	308 - 474
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid -6 through 36 )	B	-6 - 36
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 37 through 67 )	B	37 - 67
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 68 through 110 )	B	68 - 110
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 111 through 152 )	B	111 - 152
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 153 through 199 )	B	153 - 199
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 200 through 233 )	B	200 - 233
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 234 through 260 )	B	234 - 260
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 261 through 342 )	B	261 - 342
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 343 through 370 )	B	343 - 370
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 371 through 474 )	B	371 - 474

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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