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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6gw5 | ||||||
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タイトル | X-ray structure of the Helicobacter pylori SabA adhesin domain | ||||||
要素 | Putative Outer membrane proteinVirulence-related outer membrane protein family | ||||||
キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) / Helicobacter pylori (ヘリコバクター・ピロリ) / adhesin / outer membrane protein / Lewis X / lectin (レクチン) | ||||||
機能・相同性 | Outer membrane protein, Helicobacter / Helicobacter outer membrane protein / Putative Outer membrane protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Helicobacter pylori (ピロリ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å | ||||||
データ登録者 | Coppens, F. / Remaut, H. | ||||||
資金援助 | ベルギー, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol. Microbiol. / 年: 2018 タイトル: Hop-family Helicobacter outer membrane adhesins form a novel class of Type 5-like secretion proteins with an interrupted beta-barrel domain. 著者: Coppens, F. / Castaldo, G. / Debraekeleer, A. / Subedi, S. / Moonens, K. / Lo, A. / Remaut, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6gw5.cif.gz | 166.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6gw5.ent.gz | 130 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6gw5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/6gw5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/6gw5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4o5jS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 23 - 438 / Label seq-ID: 2 - 417
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48668.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: jhp_0662 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ZLB8 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.07 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 15% PEG 3350, 0.2 M KF, 0.1 M citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98011 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.52→47.5 Å / Num. obs: 140735 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 45.2 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.119 / Net I/av σ(I): 11.78 / Net I/σ(I): 11.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.52→2.59 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique obs: 10599 / CC1/2: 0.79 / Rrim(I) all: 0.897 / % possible all: 98.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4O5J 解像度: 2.52→47.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 10.489 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.473 / ESU R Free: 0.29 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.51 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.52→47.5 Å
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拘束条件 |
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