PDB-6fy2: Crystal structure of a V2p-reactive RV144 vaccine-like antibody, ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fy2

タイトル

Crystal structure of a V2p-reactive RV144 vaccine-like antibody, CAP228-16H, in complex with a heterologous CAP225 V1V2

要素

CAP225 Scaffolded V1V2
CAP228-16H Heavy Chain
CAP228-16H Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) /

Fab / HIV-1 Envelope V1V2

機能・相同性

IgG-binding B / B domain /

細胞壁 /

抗体 /

Immunoglobulin-like /

サンドイッチ / Mainly Beta / CAP225 Scaffolded V1V2

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.301 Å

データ登録者

Wibmer, C.K. / Moore, P.L. / Morris, L.

資金援助

米国,

南アフリカ, 3件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Common helical V1V2 conformations of HIV-1 Envelope expose the alpha 4 beta 7 binding site on intact virions.
著者: Wibmer, C.K. / Richardson, S.I. / Yolitz, J. / Cicala, C. / Arthos, J. / Moore, P.L. / Morris, L.

履歴

登録	2018年3月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fy2.cif.gz	512.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fy2.ent.gz	428.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fy2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/6fy2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/6fy2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fy1C 6fy3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ris-d 3h0t-d 3mlz-d 3ghb-1 6pbw-d 6db7-1 3mlx-1 3c2a-1 6fy3-2 1kn2-d 1u91-d 6mtp-1 2egz-d 4npy-2 4m1d-2 3mob-d 6fy0-1 3mly-1 2pw1-d 3piq-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: CAP228-16H Heavy Chain

L: CAP228-16H Light Chain

P: CAP225 Scaffolded V1V2

X: CAP228-16H Heavy Chain

Y: CAP228-16H Light Chain

Z: CAP225 Scaffolded V1V2

ヘテロ分子

127 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: CAP228-16H Heavy Chain

L: CAP228-16H Light Chain

P: CAP225 Scaffolded V1V2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: Chains H and L were isolated from the same memory B cell, and are specific for the antigen P.
63.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

X: CAP228-16H Heavy Chain

Y: CAP228-16H Light Chain

Z: CAP225 Scaffolded V1V2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: Chains X and Y were isolated from the same memory B cell, and are specific for the antigen Z.
63.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.354, 41.757, 144.524
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.81, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 PZ

#3: タンパク質	CAP225 Scaffolded V1V2 分子量: 15330.860 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: CAP225 / 遺伝子: Env / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): GnTI- / 参照: UniProt: A0A3F2YM25*PLUS

-
抗体 , 2種, 4分子 HXLY

#1: 抗体	CAP228-16H Heavy Chain 分子量: 25145.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Donor CAP228 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: Memory B cell / 遺伝子: IGHV5-51 / 細胞株 (発現宿主): FreeStyle 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	CAP228-16H Light Chain 分子量: 22647.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Donor CAP228 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: Memory B cell / 遺伝子: IGLV3-21 / 細胞株 (発現宿主): FreeStyle 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 413分子

#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.04 % / 解説: Beautiful
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES NaOH (pH7.5), 20% PEG8000, 0.2 M ammonium sulphate, 10% isopropanol, and cryoprotected with 20% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 58982 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.952 / R_merge(I) obs: 0.194 / R_pim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 1.206 / Mean I/σ(I) obs: 4 / CC_1/2: 0.56 / R_pim(I) all: 0.743 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.13.2998	精密化
Coot	0.8.9	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: D_1200009079

解像度: 2.301→36.09 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.66

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2165	1919	3.41 %
R_work	0.1896	-	-
obs	0.1905	56300	95.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.301→36.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6792	0	39	406	7237

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	6998
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.615	9542
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.315	4166
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1074
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1212

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3014-2.3589	0.254	122	0.2541	3371	X-RAY DIFFRACTION	85
2.3589-2.4227	0.2711	126	0.2496	3580	X-RAY DIFFRACTION	89
2.4227-2.494	0.317	125	0.2463	3655	X-RAY DIFFRACTION	90
2.494-2.5744	0.2693	131	0.2399	3702	X-RAY DIFFRACTION	92
2.5744-2.6664	0.2745	131	0.2321	3726	X-RAY DIFFRACTION	93
2.6664-2.7732	0.2428	137	0.223	3905	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7732-2.8993	0.2695	140	0.2117	3881	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8993-3.0521	0.2622	138	0.1961	3918	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0521-3.2432	0.2258	143	0.1988	4033	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2432-3.4934	0.1933	144	0.1742	4060	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4934-3.8446	0.1887	141	0.1632	4062	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8446-4.4001	0.1803	144	0.1508	4086	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4001-5.5405	0.164	146	0.1453	4131	X-RAY DIFFRACTION	99
5.5405-36.0947	0.2217	151	0.2172	4271	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5389	-0.5007	-0.2093	1.3642	-0.0449	2.861	0.0556	0.3352	-0.2225	-0.066	0.0034	0.1085	0.0386	-0.0605	-0.0392	0.182	0.008	0.007	0.3791	-0.0213	0.2242	-39.3806	-9.5228	-30.6856
2	5.0014	-0.2046	0.0348	3.6213	0.9274	5.9655	-0.2956	0.3462	0.144	0.2399	0.0091	0.0841	-0.6291	-0.0022	0.1972	0.326	0.0087	-0.1169	0.2505	0.0457	0.2717	-74.2291	3.5773	-24.6482
3	4.9984	-1.2059	-1.3485	4.1239	2.1115	4.3647	-0.0756	-0.2626	-0.3289	0.21	-0.0724	-0.1015	0.1973	0.146	0.1276	0.1731	-0.0136	-0.0069	0.3272	0.0774	0.1667	-40.2644	-8.6318	-9.007
4	6.5712	1.6456	2.9354	2.824	1.1621	6.8612	0.0786	0.1735	0.0445	0.0257	0.053	0.205	0.1718	-0.041	-0.1058	0.1598	0.0491	0.0047	0.1944	-0.0151	0.2357	-72.1617	-9.1795	-14.2387
5	5.6218	1.8672	1.1518	5.8139	4.8734	4.6114	-0.0237	-0.7543	-0.5372	1.9541	0.4426	-1.1284	1.4158	1.4704	-0.7426	0.7103	0.162	-0.0852	0.6569	0.0921	0.6409	-23.7428	-18.8183	-12.274
6	3.0698	1.9434	0.9871	3.0049	-1.457	2.8957	0.2345	0.1258	0.387	-0.317	0.1952	-0.4116	0.2943	0.6696	-0.3377	0.3196	0.0571	0.0351	0.5526	0.0056	0.3467	-19.3142	-16.2768	-29.3126
7	4.1729	0.6978	0.0879	0.9175	-0.3912	2.1817	0.0397	0.014	-0.2376	0.0382	-0.1022	-0.097	0.0312	0.0992	0.0504	0.2022	0.0451	0.0159	0.5469	-0.0237	0.2384	-117.3365	-7.4156	-43.0072
8	4.4094	0.4782	0.1993	3.9253	-0.4058	4.2745	-0.2049	0.1386	0.3083	-0.1496	0.0767	-0.0267	-0.7488	-0.0457	0.0937	0.3945	0.0408	-0.1375	0.4967	0.073	0.2689	-82.609	7.1338	-44.2811
9	4.6881	2.2877	-1.0651	4.0538	-0.7356	2.724	-0.0982	0.5024	0.032	-0.2332	0.0782	-0.008	0.0114	-0.1853	0.0336	0.2262	0.0569	-0.0022	0.5932	-0.0215	0.2063	-116.4939	0.8579	-63.1724
10	6.7838	-3.006	2.7692	4.4888	-2.6955	6.098	0.1066	0.409	-0.2767	-0.1504	0.1156	-0.1207	0.412	0.1083	-0.2103	0.2349	-0.0491	-0.0354	0.4917	-0.0277	0.2387	-84.6763	-1.4912	-58.2925
11	6.1952	2.6352	2.4195	6.0875	-3.1162	5.2709	-0.1971	0.8944	0.3157	-1.3543	0.2555	1.0301	0.18	-1.2919	0.0464	0.54	0.0191	-0.0599	1.0424	-0.1309	0.4453	-133.09	-9.7626	-63.3488
12	9.1581	1.5523	-7.1946	2.7032	-1.8154	5.7966	0.1356	-0.0148	-0.008	-0.004	0.0643	0.44	0.047	0.7063	-0.0648	0.3905	-0.0605	-0.0294	0.5154	-0.1028	0.3307	-137.4502	-13.3218	-46.4833

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 1 through 121 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 122 through 226 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resid 2 through 107 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'L' and (resid 108 through 211 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'P' and (resid 164 through 175 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'P' and (resid 176 through 185 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'X' and (resid 1 through 121 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'X' and (resid 122 through 225 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'Y' and (resid 2 through 107 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'Y' and (resid 108 through 211 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'Z' and (resid 164 through 175 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'Z' and (resid 176 through 185 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)