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Yorodumi- PDB-6fy1: Crystal structure of a V2p-reactive RV144 vaccine-like antibody, ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6fy1 | ||||||
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Title | Crystal structure of a V2p-reactive RV144 vaccine-like antibody, CAP228-16H, in complex with a scaffolded autologous V1V2 | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Fab / HIV-1 Envelope V1V2 | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Human immunodeficiency virus 1 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.132 Å | ||||||
Authors | Wibmer, C.K. / Moore, P.L. / Morris, L. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2018 Title: Common helical V1V2 conformations of HIV-1 Envelope expose the alpha 4 beta 7 binding site on intact virions. Authors: Wibmer, C.K. / Richardson, S.I. / Yolitz, J. / Cicala, C. / Arthos, J. / Moore, P.L. / Morris, L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6fy1.cif.gz | 562.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6fy1.ent.gz | 477.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6fy1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/6fy1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/6fy1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 25145.332 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Donor CAP228 / Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell: Memory B cell / Gene: IGHV5-51 / Cell line (production host): FreeStyle 293-F Cells / Production host: Homo sapiens (human) #2: Protein | Mass: 13280.855 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Donor's autologous, minority founder variant / Source: (gene. exp.) Human immunodeficiency virus 1 / Gene: Envelope / Cell line (production host): HEK293S / Production host: Homo sapiens (human) / Variant (production host): GnTI- #3: Antibody | Mass: 22647.047 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Donor CAP228 / Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell: Memory B cell / Gene: IGLV3-21 / Cell line (production host): FreeStyle 293-F / Production host: Homo sapiens (human) |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.11 % / Description: Plates |
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Crystal grow | Temperature: 298.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.1 M Tris HCl (pH8.5), 5% PEG4000, 2 M sodium chloride, 10% butanol, and cryoprotected in 25% 2,3-Butanediol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 15, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.21→50 Å / Num. obs: 19842 / % possible obs: 89.7 % / Redundancy: 3.2 % / CC1/2: 0.936 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rpim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 6.8 |
Reflection shell | Resolution: 3.21→3.27 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.791 / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC1/2: 0.812 / Rpim(I) all: 0.5 / % possible all: 89.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: D_1200009079 Resolution: 3.132→40.971 Å / SU ML: 0.46 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 30 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.132→40.971 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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