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Yorodumi- PDB-6ee4: X-ray crystal structure of Pf-M1 in complex with inhibitor (6m) a... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ee4 | |||||||||
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Title | X-ray crystal structure of Pf-M1 in complex with inhibitor (6m) and catalytic zinc ion | |||||||||
Components | M1 family aminopeptidase | |||||||||
Keywords | hydrolase/hydrolase inhibitor / M1 ALANYL-AMINOPEPTIDASE / PROTEASE / INHIBITOR / HYDROXAMIC ACID / HYDROLASE / hydrolase-hydrolase inhibitor complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information symbiont-containing vacuole membrane / vacuolar lumen / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Aminopeptidases / food vacuole / dipeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / chloroplast / proteolysis / zinc ion binding ...symbiont-containing vacuole membrane / vacuolar lumen / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Aminopeptidases / food vacuole / dipeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / chloroplast / proteolysis / zinc ion binding / membrane / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.58 Å | |||||||||
Authors | Drinkwater, N. / McGowan, S. | |||||||||
Funding support | Australia, 2items
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Citation | Journal: J. Med. Chem. / Year: 2019 Title: Hydroxamic Acid Inhibitors Provide Cross-Species Inhibition of Plasmodium M1 and M17 Aminopeptidases. Authors: Vinh, N.B. / Drinkwater, N. / Malcolm, T.R. / Kassiou, M. / Lucantoni, L. / Grin, P.M. / Butler, G.S. / Duffy, S. / Overall, C.M. / Avery, V.M. / Scammells, P.J. / McGowan, S. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ee4.cif.gz | 451 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ee4.ent.gz | 361.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ee4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/6ee4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/6ee4 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6ea1C 6ea2C 6eaaC 6eabC 6ee2C 6ee3C 6ee6C 6eedC 6eeeC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 103631.609 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 196 to 1084 / Mutation: N213Q, N223Q, H378P, N501Q, N745Q, N795Q, N1069Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium falciparum (isolate FcB1 / Columbia) (eukaryote) Strain: isolate FcB1 / Columbia / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 References: UniProt: O96935, Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Aminopeptidases |
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-Non-polymers , 6 types, 1514 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ZN / | ||||||
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#3: Chemical | ChemComp-J4S / ( | ||||||
#4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.19 % / Mosaicity: 0.42 ° |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 22% (v/v) PEG 8000, 10% (v/v) glycerol, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M MgCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.9537 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Jul 15, 2014 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL SILICON 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.58→46.42 Å / Num. obs: 133245 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 13.7 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.169 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 964069 / Scaling rejects: 41 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.58→41.291 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 18.23
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 87.68 Å2 / Biso mean: 19.8572 Å2 / Biso min: 6.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.58→41.291 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -17.7891 Å / Origin y: 4.2104 Å / Origin z: -10.513 Å
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Refinement TLS group |
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