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- PDB-4x2u: X-ray crystal structure of the orally available aminopeptidase in... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4x2u | |||||||||
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Title | X-ray crystal structure of the orally available aminopeptidase inhibitor, Tosedostat, bound to the M1 Alanyl Aminopeptidase from P. falciparum | |||||||||
![]() | M1 family aminopeptidase | |||||||||
![]() | Hydrolase/Hydrolase Inhibitor / M1 ALANYL-AMINOPEPTIDASE / ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Function / homology | ![]() symbiont-containing vacuole membrane / vacuolar lumen / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Drinkwater, N. / McGowan, S. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: X-ray crystal structures of an orally available aminopeptidase inhibitor, Tosedostat, bound to anti-malarial drug targets PfA-M1 and PfA-M17. Authors: Drinkwater, N. / Bamert, R.S. / Sivaraman, K.K. / Paiardini, A. / McGowan, S. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 408.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 323.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4x2tC ![]() 3ebgS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Details | biological unit is the same as asym. / biological unit is ta monomer |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 103631.609 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 196 to 1084 / Mutation: N213Q, N223Q, H378P, N501Q, N745Q, N795Q, N1069Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Plasmid: PTRCHIS-2B / Production host: ![]() ![]() ![]() References: UniProt: O96935, ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 1267 molecules ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/TOD.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/TOD.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-ZN / | ||||
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#3: Chemical | ChemComp-TOD / ( | ||||
#4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | ChemComp-GOL / ![]() #6: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.51 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 22% (v/v) PEG 8000, 10% (v/v) glycerol, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M MgCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Sep 1, 2014 |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL SILICON 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.5→46.59 Å / Num. obs: 152905 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 15.72 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 19.4 / Num. measured all: 1701152 / Scaling rejects: 72 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.63 Å / Redundancy: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 1.067 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. measured all: 72529 / Num. unique all: 6101 / CC1/2: 0.738 / Rpim(I) all: 0.308 / Rejects: 0 / % possible all: 97 |
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Processing
Software |
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Refinement | Starting model: PDB entry 3EBG Resolution: 1.5→37.104 Å / FOM work R set: 0.8845 / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 18.75 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 77.44 Å2 / Biso mean: 21.9 Å2 / Biso min: 7.51 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.5→37.104 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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