+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6eak | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF FUSION INHIBITOR JNJ-2408068 IN COMPLEX WITH HUMAN RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS FUSION GLYCOPROTEIN ESCAPE VARIANT T400A STABILIZED IN THE PREFUSION STATE | |||||||||
要素 | Fusion glycoprotein F0 | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / CLASS I VIRAL FUSION PROTEIN / FUSION / RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS (RSウイルス) / PREFUSION / FUSION INHIBITOR (侵入阻害剤) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of syncytium formation by virus / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...positive regulation of syncytium formation by virus / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human respiratory syncytial virus (RSウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Battles, M.B. / McLellan, J.S. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Structural Basis for Respiratory Syncytial Virus Fusion Inhibitor Resistance 著者: Battles, M.B. / McLellan, J.S. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6eak.cif.gz | 108.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6eak.ent.gz | 78.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6eak.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/6eak ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/6eak | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 F
#1: タンパク質 | 分子量: 63188.320 Da / 分子数: 1 / 断片: RSV F ectodomain / 変異: S155C, S290C, S190F, V207L, T400A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus (RSウイルス) プラスミド: P(ALPHA)H / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK293 FREESTYLE / 参照: UniProt: W8RJF9, UniProt: P03420*PLUS |
---|
-非ポリマー , 5種, 64分子
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-NHE / | #4: 化合物 | ChemComp-NI / | #5: 化合物 | ChemComp-5NK / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.98 % / Mosaicity: 0.66 ° |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 1.48M K/Na tartrate, 0.2M LiSO4, 0.1M CHES pH 9.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月8日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→59.56 Å / Num. obs: 25761 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.6 % / Biso Wilson estimate: 55.15 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.135 / Net I/σ(I): 15.5 / Num. measured all: 376488 / Scaling rejects: 9 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 15.6 % / Rmerge(I) obs: 1.267 / Num. unique obs: 3084 / CC1/2: 0.795 / Rpim(I) all: 0.33 / Rrim(I) all: 1.31 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5EA4 解像度: 2.6→59.556 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.01
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 155.93 Å2 / Biso mean: 62.1724 Å2 / Biso min: 23.73 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.6→59.556 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %
|