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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dkj | ||||||
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タイトル | human GIPR ECD and Fab complex | ||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / GPCR (Gタンパク質共役受容体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 gastric inhibitory peptide receptor activity / glucagon family peptide binding / gastric inhibitory peptide signaling pathway / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / endocrine pancreas development / response to fatty acid / G protein-coupled peptide receptor activity / peptide hormone binding / regulation of insulin secretion / response to axon injury ...gastric inhibitory peptide receptor activity / glucagon family peptide binding / gastric inhibitory peptide signaling pathway / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / endocrine pancreas development / response to fatty acid / G protein-coupled peptide receptor activity / peptide hormone binding / regulation of insulin secretion / response to axon injury / immunoglobulin complex, circulating / positive regulation of cAMP-mediated signaling / immunoglobulin receptor binding / response to glucose / activation of adenylate cyclase activity / complement activation, classical pathway / response to nutrient / generation of precursor metabolites and energy / antigen binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Glucagon-type ligand receptors / response to calcium ion / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (s) signalling events / antibacterial humoral response / blood microparticle / cell surface receptor signaling pathway / extracellular exosome / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Min, X. / Wang, Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2018 タイトル: Anti-obesity effects of GIPR antagonists alone and in combination with GLP-1R agonists in preclinical models. 著者: Killion, E.A. / Wang, J. / Yie, J. / Shi, S.D. / Bates, D. / Min, X. / Komorowski, R. / Hager, T. / Deng, L. / Atangan, L. / Lu, S.C. / Kurzeja, R.J.M. / Sivits, G. / Lin, J. / Chen, Q. / ...著者: Killion, E.A. / Wang, J. / Yie, J. / Shi, S.D. / Bates, D. / Min, X. / Komorowski, R. / Hager, T. / Deng, L. / Atangan, L. / Lu, S.C. / Kurzeja, R.J.M. / Sivits, G. / Lin, J. / Chen, Q. / Wang, Z. / Thibault, S.A. / Abbott, C.M. / Meng, T. / Clavette, B. / Murawsky, C.M. / Foltz, I.N. / Rottman, J.B. / Hale, C. / Veniant, M.M. / Lloyd, D.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6dkj.cif.gz | 236.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6dkj.ent.gz | 194.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6dkj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/6dkj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/6dkj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23806.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P0DOX5 #2: 抗体 | 分子量: 23206.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HEL-213 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: V9HW34 #3: タンパク質 | 分子量: 13447.896 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 22-138 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GIPR 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P48546 #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10% PEG 4000 and 20% isopropanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月11日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.95→19.74 Å / Num. obs: 79376 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 294866 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→19.719 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.43
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 69.65 Å2 / Biso mean: 26.4336 Å2 / Biso min: 8.16 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→19.719 Å
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