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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ptm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of E.coli PdxA | ||||||
要素 | 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase4-ヒドロキシトレオニン-4-リン酸デヒドロゲナーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Crystal strucrure / PdxA / 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase (4-ヒドロキシトレオニン-4-リン酸デヒドロゲナーゼ) / pyridoxal 5'-phosphate biosynthesis / PLP / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI / Structural Genomics (構造ゲノミクス) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 4-ヒドロキシトレオニン-4-リン酸デヒドロゲナーゼ / 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase activity / pyridoxal phosphate biosynthetic process / pyridoxine biosynthetic process / cobalt ion binding / NAD binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.96 Å | ||||||
データ登録者 | Sivaraman, J. / Li, Y. / Banks, J. / Cane, D.E. / Matte, A. / Cygler, M. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Crystal Structure of Escherichia coli PdxA, an Enzyme Involved in the Pyridoxal Phosphate Biosynthesis Pathway 著者: Sivaraman, J. / Li, Y. / Banks, J. / Cane, D.E. / Matte, A. / Cygler, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ptm.cif.gz | 133.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ptm.ent.gz | 109.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ptm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/1ptm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/1ptm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35524.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PDXA OR B0052 / プラスミド: pFo4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41 参照: UniProt: P19624, 4-ヒドロキシトレオニン-4-リン酸デヒドロゲナーゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Tri HCl, PEG8K, NaoAc, MgCl2, NaKPO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.979322, 0.979289, 0.964092 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月17日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Silicon / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.96→99 Å / Num. all: 348918 / Num. obs: 348771 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 11.1 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.96→2.03 Å / % possible all: 97.7 | ||||||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 99 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.96→45 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.96→45 Å
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拘束条件 |
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