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- PDB-5yd3: Crystal structure of the scFv antibody 4B08 with epitope peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yd3
タイトルCrystal structure of the scFv antibody 4B08 with epitope peptide
要素
  • Epitope peptide
  • scFv 4B08
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Antibody (抗体) / Biomolecular recognition / MD simulations / Thermodynamics (熱力学)
機能・相同性
機能・相同性情報


chemokine (C-C motif) ligand 5 binding / negative regulation of macrophage apoptotic process / signaling / chemokine receptor activity / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / phosphatidylinositol phospholipase C activity / response to cholesterol / Chemokine receptors bind chemokines / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum ...chemokine (C-C motif) ligand 5 binding / negative regulation of macrophage apoptotic process / signaling / chemokine receptor activity / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / phosphatidylinositol phospholipase C activity / response to cholesterol / Chemokine receptors bind chemokines / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / dendritic cell chemotaxis / immunoglobulin complex / Interleukin-10 signaling / Binding and entry of HIV virion / cellular defense response / coreceptor activity / antigen binding / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling / 走化性 / calcium ion transport / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / virus receptor activity / cell-cell signaling / actin binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / cellular response to lipopolysaccharide / 獲得免疫系 / cell surface receptor signaling pathway / エンドソーム / 免疫応答 / 炎症 / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / 細胞膜 / extracellular space / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
CC chemokine receptor 5 / Chemokine receptor family / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) ...CC chemokine receptor 5 / Chemokine receptor family / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig kappa chain V-II region 7S34.1 / C-C chemokine receptor type 5
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Caaveiro, J.M.M. / Miyanabe, K. / Tsumoto, K.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science25249115 日本
Japan Society for the Promotion of Science15K06962 日本
引用ジャーナル: J. Biochem. / 年: 2018
タイトル: Intramolecular H-bonds govern the recognition of a flexible peptide by an antibody
著者: Miyanabe, K. / Akiba, H. / Kuroda, D. / Nakakido, M. / Kusano-Arai, O. / Iwanari, H. / Hamakubo, T. / Caaveiro, J.M.M. / Tsumoto, K.
履歴
登録2017年9月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: scFv 4B08
B: Epitope peptide
C: scFv 4B08
D: Epitope peptide
E: scFv 4B08
F: Epitope peptide
G: scFv 4B08
H: Epitope peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,45219
ポリマ－111,3998
非ポリマー1,05311
水15,637868
1
A: scFv 4B08
B: Epitope peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3267
ポリマ－27,8502
非ポリマー4765
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area11000 Å2
手法PISA
2
C: scFv 4B08
D: Epitope peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9463
ポリマ－27,8502
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area10720 Å2
手法PISA
3
E: scFv 4B08
F: Epitope peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2346
ポリマ－27,8502
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1430 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area11110 Å2
手法PISA
4
G: scFv 4B08
H: Epitope peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9463
ポリマ－27,8502
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area10750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.480, 72.970, 86.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体
scFv 4B08


分子量: 26748.613 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pRA2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P01630*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド
Epitope peptide


分子量: 1101.121 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51681*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 868 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細dimeric means one chain of antibody and one chain of peptide A + B or C + D or E + F or G + H

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.21 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 100 mM BIS-TRIS, 1.8 M Ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→33.1 Å / Num. obs: 193517 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.35→1.42 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.519 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 27587 / CC1/2: 0.759 / Rpim(I) all: 0.308 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QOK

1qok


解像度: 1.35→33.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.886 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.054 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18397 1868 1 %RANDOM
Rwork0.13587 ---
obs0.13633 191623 96.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 15.295 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å2-0.05 Å2
2--0.36 Å20 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.35→33.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7395 0 56 868 8319
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.028180
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027306
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7581.94911161
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.938316898
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.845.0191044
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.71823.13361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.091151300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9531548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.21183
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0219354
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022000
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2881.3013992
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2881.33990
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6111.9544997
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6111.9544998
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8721.5844188
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8721.5844188
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2582.2786131
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.64811.9199497
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.44111.4419104
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.551315486
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free22.2055262
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.975515870
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 141 -
Rwork0.203 13784 -
obs--93.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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