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- PDB-5xh6: Crystal structure of the Acidaminococcus sp. BV3L6 Cpf1 RVR varia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xh6
タイトルCrystal structure of the Acidaminococcus sp. BV3L6 Cpf1 RVR variant in complex with crRNA and target DNA (TATA PAM)
要素
  • CRISPR-associated endonuclease Cpf1
  • Non-target DNA strand
  • Target DNA strand
  • crRNA
キーワードHYDROLASE/RNA/DNA / nuclease (ヌクレアーゼ) / HYDROLASE-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


枯草菌リボヌクレアーゼ / Bacillus subtilis ribonuclease activity / deoxyribonuclease I / deoxyribonuclease I activity / defense response to virus / lyase activity / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated endonuclease Cas12a / Cas12a, REC1 domain / Cas12a, RuvC nuclease domain / Cas12a, nuclease domain / Alpha helical recognition lobe domain / Nuclease domain / RuvC nuclease domain
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / リボ核酸 / RNA (> 10) / CRISPR-associated endonuclease Cas12a
類似検索 - 構成要素
生物種Acidaminococcus sp.
Acidaminococcus sp. BV3L6 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Nishimasu, H. / Yamano, T. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for the Altered PAM Recognition by Engineered CRISPR-Cpf1
著者: Nishimasu, H. / Yamano, T. / Gao, L. / Zhang, F. / Ishitani, R. / Nureki, O.
履歴
登録2017年4月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endonuclease Cpf1
B: crRNA
C: Target DNA strand
D: Non-target DNA strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,24728
ポリマ－178,9794
非ポリマー1,26824
水11,872659
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21530 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area63490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.162, 133.676, 199.633
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#3: DNA鎖 Target DNA strand


分子量: 10434.712 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA (30-MER)
由来: (合成) Acidaminococcus sp. BV3L6 (バクテリア)
#4: DNA鎖 Non-target DNA strand


分子量: 3003.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*TP*A)-3')
由来: (合成) Acidaminococcus sp. BV3L6 (バクテリア)

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CRISPR-associated endonuclease Cpf1 / AsCpf1


分子量: 151784.391 Da / 分子数: 1 / 変異: S542R, K548V, N552R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acidaminococcus sp. (strain BV3L6) (バクテリア)
株: BV3L6 / 遺伝子: cpf1, HMPREF1246_0236 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: U2UMQ6, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: RNA鎖 crRNA


分子量: 13756.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA (40-MER)
由来: (合成) Acidaminococcus sp. BV3L6 (バクテリア)

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非ポリマー , 4種, 683分子

#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 659 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 7-10% PEG 3350, 100mM sodium acetate, pH 4.5, 10% 1,6-hexanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→39.99 Å / Num. obs: 143997 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.6 % / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2→2.0227 Å / CC1/2: 0.813 / Rpim(I) all: 0.396

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B43

5b43


解像度: 2→39.99 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2099 7064 4.91 %
Rwork0.175 --
obs0.1767 143851 97.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10378 1639 78 659 12754
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00712595
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84317388
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4857368
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051957
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051958
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.02270.33272360.27244535X-RAY DIFFRACTION98
2.0227-2.04650.30852460.24854468X-RAY DIFFRACTION98
2.0465-2.07150.28382420.23864562X-RAY DIFFRACTION98
2.0715-2.09770.26992240.23374516X-RAY DIFFRACTION98
2.0977-2.12530.26422460.23294490X-RAY DIFFRACTION98
2.1253-2.15440.28612210.22364310X-RAY DIFFRACTION94
2.1544-2.18520.27912280.21544286X-RAY DIFFRACTION93
2.1852-2.21780.23022600.20094476X-RAY DIFFRACTION98
2.2178-2.25250.24742150.18984581X-RAY DIFFRACTION99
2.2525-2.28940.24872140.19224565X-RAY DIFFRACTION98
2.2894-2.32890.23432560.18184531X-RAY DIFFRACTION99
2.3289-2.37120.22412570.18814574X-RAY DIFFRACTION99
2.3712-2.41680.24382390.18334544X-RAY DIFFRACTION99
2.4168-2.46610.23162490.18034556X-RAY DIFFRACTION99
2.4661-2.51970.22682540.17824587X-RAY DIFFRACTION99
2.5197-2.57840.22872550.17984537X-RAY DIFFRACTION99
2.5784-2.64280.22532310.18034606X-RAY DIFFRACTION99
2.6428-2.71430.23742250.17934573X-RAY DIFFRACTION98
2.7143-2.79410.22982180.18854314X-RAY DIFFRACTION93
2.7941-2.88430.25252150.18994572X-RAY DIFFRACTION98
2.8843-2.98730.20672310.18654633X-RAY DIFFRACTION99
2.9873-3.10690.22492040.18374650X-RAY DIFFRACTION99
3.1069-3.24820.21292580.17994643X-RAY DIFFRACTION99
3.2482-3.41940.23582400.17954602X-RAY DIFFRACTION99
3.4194-3.63350.20422420.17344648X-RAY DIFFRACTION99
3.6335-3.91380.18872260.17094649X-RAY DIFFRACTION99
3.9138-4.30730.19532020.15484483X-RAY DIFFRACTION94
4.3073-4.92960.17422440.14534716X-RAY DIFFRACTION100
4.9296-6.2070.18982400.16614787X-RAY DIFFRACTION99
6.207-39.99770.16452460.15854793X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.20950.4344-0.3570.6477-0.5321.27890.0843-0.12890.12840.04810.0034-0.0015-0.41680.0501-0.11150.35840.0218-0.04730.24480.0410.270534.471410.4105-37.5259
22.59931.25-1.33581.7068-1.66983.24520.02750.23350.48190.14730.32030.5556-0.5676-0.7274-0.35550.38570.1333-0.03090.68520.06060.46678.70927.5354-24.6206
30.51610.09570.01710.6608-0.22191.32930.0789-0.130.06660.20580.0156-0.0682-0.4424-0.2038-0.07780.36760.00720.01880.3307-0.010.331623.23265.3658-7.483
41.27310.708-1.19981.8004-1.53673.8044-0.0949-0.2120.09260.14850.0521-0.1153-0.39740.52360.04970.38370.0216-0.04580.474-0.10810.386648.5868-1.71716.3963
51.16340.30470.90810.70640.01141.15850.0017-0.19040.1829-0.0547-0.04850.0679-0.3631-0.31460.05870.4680.06180.02050.35730.04640.367727.503713.4178-54.583
61.3263-0.2970.03491.0842-0.24261.40530.0501-0.0442-0.0965-0.0170.03540.1098-0.0878-0.175-0.08690.34080.00550.00760.25820.0680.295829.82351.2447-53.7085
70.5578-0.06870.25330.8403-0.54220.9472-0.00240.06620.0430.0435-0.0844-0.09650.0170.3040.08530.29360.01380.01850.32140.01890.240951.2889-15.3418-33.9506
80.61620.2931-0.22220.4004-0.18940.9164-0.0347-0.1050.02160.0235-0.02870.03890.05770.07410.06690.32070.04-0.0090.27970.02090.320135.5019-23.5982-25.3232
91.78610.3524-0.1691.3259-1.6765.59430.0141-0.2639-0.1579-0.0344-0.0483-0.00060.020.09680.0290.32450.02210.01850.20750.00470.322731.713-42.4895-12.5781
102.6284-1.8113-1.00654.2199-0.38262.3485-0.0424-0.2226-0.0705-0.0171-0.033-0.2778-0.06940.42840.08940.2515-0.0279-0.030.36020.06590.310455.5048-6.5868-36.0733
111.7031-0.7084-0.7891.66680.31162.17610.0446-0.1273-0.0591-0.0751-0.0333-0.1845-0.05280.3169-0.03340.2683-0.0229-0.01930.28720.0570.25146.5032-4.5356-39.008
120.6073-0.08271.45120.4349-0.2783.33510.1885-0.0845-0.01150.1951-0.0475-0.0947-0.1746-0.0933-0.13180.4074-0.0445-0.0320.47060.00560.323336.6688-0.993-7.7465
135.43873.7978-2.0476.92172.17178.28160.27040.0729-0.28050.935-0.3703-0.54940.42220.64070.09130.45410.0347-0.05770.58840.08060.452133.2322-10.124210.7383
149.7346-2.67011.4067.35732.83156.309-0.35850.1158-0.04560.6989-0.1663-0.8220.35022.17770.53170.51460.0736-0.03860.93490.08210.438837.023-10.92062.6971
150.407-0.09511.58830.2198-1.16765.92730.01690.01150.08920.08180.02160.0903-0.373-0.1134-0.03830.3580.04010.00610.35050.00480.319529.84635.0509-28.5759
164.11055.20022.2398.23170.68344.09290.22930.05682.8824-0.4728-1.0018-0.3775-2.35660.68760.5241.2036-0.00640.10750.51510.11251.45522.914433.1815-49.5823
174.3322-0.73141.19614.5171-2.05862.6824-0.04210.85191.2647-0.812-0.0050.2229-0.9942-0.4978-0.07310.9730.1534-0.03060.48570.14360.558522.522924.973-51.2196
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 68 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 69 through 152 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 153 through 342 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 343 through 521 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 522 through 646 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 647 through 804 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 805 through 925 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 926 through 1112 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 1113 through 1307 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid -19 through -10 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid -9 through 5 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 6 through 15 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 16 through 20 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid -19 through -15 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid -14 through 5 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 6 through 10 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid -10 through -1 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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