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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xh7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Acidaminococcus sp. BV3L6 Cpf1 RR variant in complex with crRNA and target DNA (TCCA PAM) | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/RNA/DNA / nuclease (ヌクレアーゼ) / HYDROLASE-RNA-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 枯草菌リボヌクレアーゼ / Bacillus subtilis ribonuclease activity / deoxyribonuclease I / deoxyribonuclease I activity / defense response to virus / lyase activity / DNA binding / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Acidaminococcus sp. Acidaminococcus sp. BV3L6 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Nishimasu, H. / Yamano, T. / Ishitani, R. / Nureki, O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017 タイトル: Structural Basis for the Altered PAM Recognition by Engineered CRISPR-Cpf1 著者: Nishimasu, H. / Yamano, T. / Gao, L. / Zhang, F. / Ishitani, R. / Nureki, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5xh7.cif.gz | 643.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5xh7.ent.gz | 514.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xh7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/5xh7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/5xh7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 CD
#3: DNA鎖 | 分子量: 10475.724 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA (30-MER) 由来: (合成) Acidaminococcus sp. BV3L6 (バクテリア) |
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#4: DNA鎖 | 分子量: 2964.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*A)-3') 由来: (合成) Acidaminococcus sp. BV3L6 (バクテリア) |
-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 151799.359 Da / 分子数: 1 / 変異: S542R, K607R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acidaminococcus sp. (strain BV3L6) (バクテリア) 株: BV3L6 / 遺伝子: cpf1, HMPREF1246_0236 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: U2UMQ6, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 13756.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA (40-MER) 由来: (合成) Acidaminococcus sp. BV3L6 (バクテリア) |
-非ポリマー , 4種, 705分子
#5: 化合物 | ChemComp-NA / #6: 化合物 | ChemComp-CL / | #7: 化合物 | ChemComp-EDO / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.05 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 7-10% PEG 3350, 100mM sodium acetate, pH 4.5, 10% 1,6-hexanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→40 Å / Num. obs: 145886 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.0227 Å / CC1/2: 0.841 / Rpim(I) all: 0.466 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5B43 解像度: 2→39.999 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.7
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→39.999 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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