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Yorodumi- PDB-5xh6: Crystal structure of the Acidaminococcus sp. BV3L6 Cpf1 RVR varia... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5xh6 | ||||||
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Title | Crystal structure of the Acidaminococcus sp. BV3L6 Cpf1 RVR variant in complex with crRNA and target DNA (TATA PAM) | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/RNA/DNA / nuclease / HYDROLASE-RNA-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information Bacillus subtilis ribonuclease / Bacillus subtilis ribonuclease activity / deoxyribonuclease I / deoxyribonuclease I activity / defense response to virus / lyase activity / DNA binding / RNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Acidaminococcus sp. Acidaminococcus sp. BV3L6 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Nishimasu, H. / Yamano, T. / Ishitani, R. / Nureki, O. | ||||||
Citation | Journal: Mol. Cell / Year: 2017 Title: Structural Basis for the Altered PAM Recognition by Engineered CRISPR-Cpf1 Authors: Nishimasu, H. / Yamano, T. / Gao, L. / Zhang, F. / Ishitani, R. / Nureki, O. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5xh6.cif.gz | 647.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5xh6.ent.gz | 516.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5xh6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/5xh6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/5xh6 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5xh7C 5b43S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-DNA chain , 2 types, 2 molecules CD
#3: DNA chain | Mass: 10434.712 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: DNA (30-MER) / Source: (synth.) Acidaminococcus sp. BV3L6 (bacteria) |
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#4: DNA chain | Mass: 3003.992 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*TP*A)-3') / Source: (synth.) Acidaminococcus sp. BV3L6 (bacteria) |
-Protein / RNA chain , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 151784.391 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: S542R, K548V, N552R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acidaminococcus sp. (strain BV3L6) (bacteria) Strain: BV3L6 / Gene: cpf1, HMPREF1246_0236 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: U2UMQ6, Hydrolases; Acting on ester bonds |
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#2: RNA chain | Mass: 13756.139 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: RNA (40-MER) / Source: (synth.) Acidaminococcus sp. BV3L6 (bacteria) |
-Non-polymers , 4 types, 683 molecules
#5: Chemical | ChemComp-NA / #6: Chemical | ChemComp-CL / | #7: Chemical | ChemComp-EDO / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.12 Å3/Da / Density % sol: 60.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 7-10% PEG 3350, 100mM sodium acetate, pH 4.5, 10% 1,6-hexanediol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 18, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→39.99 Å / Num. obs: 143997 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 6.6 % / Net I/σ(I): 17.1 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.0227 Å / CC1/2: 0.813 / Rpim(I) all: 0.396 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5B43 Resolution: 2→39.99 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.39
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→39.99 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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