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- PDB-5vgu: Structure of Halothece sp. PCC 7418 CcmK4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vgu
タイトルStructure of Halothece sp. PCC 7418 CcmK4
要素Microcompartments proteinBacterial microcompartment
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Bacterial Microcompartment
機能・相同性
機能・相同性情報


カルボキシソーム / 炭素固定 / 光合成
類似検索 - 分子機能
BMC (bacterial microcompartment) domain / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carboxysome shell protein CcmK4
類似検索 - 構成要素
生物種Halothece sp. PCC 7418 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.80719333143 Å
データ登録者Sutter, M. / Sommer, M. / Kerfeld, C.A.
引用ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2019
タイトル: Heterohexamers Formed by CcmK3 and CcmK4 Increase the Complexity of Beta Carboxysome Shells.
著者: Sommer, M. / Sutter, M. / Gupta, S. / Kirst, H. / Turmo, A. / Lechno-Yossef, S. / Burton, R.L. / Saechao, C. / Sloan, N.B. / Cheng, X. / Chan, L.G. / Petzold, C.J. / Fuentes-Cabrera, M. / ...著者: Sommer, M. / Sutter, M. / Gupta, S. / Kirst, H. / Turmo, A. / Lechno-Yossef, S. / Burton, R.L. / Saechao, C. / Sloan, N.B. / Cheng, X. / Chan, L.G. / Petzold, C.J. / Fuentes-Cabrera, M. / Ralston, C.Y. / Kerfeld, C.A.
履歴
登録2017年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microcompartments protein
B: Microcompartments protein
C: Microcompartments protein
D: Microcompartments protein
E: Microcompartments protein
F: Microcompartments protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,9576
ポリマ－81,9576
非ポリマー00
水6,053336
1
A: Microcompartments protein
B: Microcompartments protein
C: Microcompartments protein

A: Microcompartments protein
B: Microcompartments protein
C: Microcompartments protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,9576
ポリマ－81,9576
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area13980 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area22930 Å2
手法PISA
2
D: Microcompartments protein
E: Microcompartments protein
F: Microcompartments protein

D: Microcompartments protein
E: Microcompartments protein
F: Microcompartments protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,9576
ポリマ－81,9576
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area13920 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area22660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.957, 93.997, 72.815
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 2 - 102 / Label seq-ID: 2 - 102

Dom-IDComponent-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
11(chain 'A' and resid 2 through 102)AA
22chain 'B'BB
33(chain 'C' and resid 2 through 102)CC
44(chain 'D' and resid 2 through 102)DD
55chain 'E'EE
66(chain 'F' and resid 2 through 102)FF

-
要素

#1: タンパク質
Microcompartments protein / Bacterial microcompartment


分子量: 13659.525 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halothece sp. PCC 7418 (バクテリア)
株: PCC 7418 / 遺伝子: PCC7418_0347 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K9Y6N7
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.06 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 40% MPD, 0.1 M HEPES pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.976484 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976484 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.807→44.13 Å / Num. obs: 63270 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14.7 % / Biso Wilson estimate: 20.5573020423 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 1.807→1.9 Å / 冗長度: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 0.856 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 9046 / CC1/2: 0.92 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A10

2a10


解像度: 1.80719333143→44.1285113667 Å / SU ML: 0.17406738915 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34642796485 / 位相誤差: 18.0108419537
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18502135184 2000 3.16475726312 %random
Rwork0.157662992393 61196 --
obs0.158508434874 63196 99.5463423855 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.829036037 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.80719333143→44.1285113667 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4654 0 0 336 4990
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008737113077994732
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9104709967846426
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0593329428849760
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00781108479326826
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.15059922142828
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8072-1.85240.3027387993021380.2468719118824249X-RAY DIFFRACTION98.5178531327
1.8524-1.90250.2303691881311390.2006318381164302X-RAY DIFFRACTION99.1073421111
1.9025-1.95850.1831169644841380.1771907452034316X-RAY DIFFRACTION99.1540516474
1.9585-2.02170.1829188588461460.1630606960254266X-RAY DIFFRACTION98.9681471512
2.0217-2.09390.2089748089241370.1619184726064342X-RAY DIFFRACTION99.4891159485
2.0939-2.17780.1929963566411440.1518227642474321X-RAY DIFFRACTION99.68743023
2.1778-2.27690.1919574507221350.1471377642664358X-RAY DIFFRACTION99.5347806823
2.2769-2.39690.1743516666931470.14901220994323X-RAY DIFFRACTION99.8213488164
2.3969-2.54710.1898846424591430.1435536693094384X-RAY DIFFRACTION99.7795900375
2.5471-2.74370.1727580223771480.1539404435444379X-RAY DIFFRACTION99.8896734334
2.7437-3.01970.2042296311211390.1541029803534422X-RAY DIFFRACTION99.9561691869
3.0197-3.45660.1843932828511460.154664745774410X-RAY DIFFRACTION99.9780557384
3.4566-4.35430.1617822656371440.1442304736334476X-RAY DIFFRACTION100
4.3543-44.14170.1755545530241560.1641874378944648X-RAY DIFFRACTION99.7508305648

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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