+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2a10 | ||||||
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Title | carboxysome shell protein ccmK4 | ||||||
Components | Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 4 | ||||||
Keywords | carboxysome / cyclic hexamer / c6 point symmetry | ||||||
Function / homology | Function and homology information structural constituent of carboxysome shell / carboxysome / carbon fixation / photosynthesis Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Synechocystis sp. (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.803 Å | ||||||
Authors | Kerfeld, C.A. / Sawaya, M.R. / Tanaka, S. / Nguyen, C.V. / Phillips, M. / Beeby, M. / Yeates, T.O. | ||||||
Citation | Journal: Science / Year: 2005 Title: Protein structures forming the shell of primitive bacterial organelles Authors: Kerfeld, C.A. / Sawaya, M.R. / Tanaka, S. / Nguyen, C.V. / Phillips, M. / Beeby, M. / Yeates, T.O. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2a10.cif.gz | 129 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2a10.ent.gz | 103.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2a10.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/2a10 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/2a10 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | The biological assembly is a hexamer contained within the asymmetric unit |
-Components
#1: Protein | Mass: 13454.331 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Synechocystis sp. (bacteria) / Strain: PCC 6803 / Gene: ccmK4 / Plasmid: pET22B / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-Gold DE3 / References: UniProt: P73407 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.73 Å3/Da / Density % sol: 54.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.7 Details: 25% ethylene glycol, 20 mM Tris, 100mM NaCl, 10 mM EDTA, 5mM DTT, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.2 / Wavelength: 0.9795,0.979,0.9718 | ||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 14, 2003 | ||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal Si 111 / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.8→98.22 Å / Num. all: 66043 / Num. obs: 66043 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 40.8 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 25 | ||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.86 Å / Num. unique all: 6529 / Rsym value: 0.428 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.803→64.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 7.345 / SU ML: 0.108 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.119 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.132 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.803→64.55 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.803→1.849 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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