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万見
- PDB-5tu0: 1.9 Angstrom Resolution Crystal Structure of Maltose-Binding Peri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tu0
タイトル1.9 Angstrom Resolution Crystal Structure of Maltose-Binding Periplasmic Protein MalE from Listeria monocytogenes in Complex with Maltose
要素Lmo2125 protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Dimerization Domain / Transpeptidase Domain / Maltose-Binding Periplasmic Protein / MalE (雄) / Maltose (マルトース)
機能・相同性
機能・相同性情報


maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing
類似検索 - 分子機能
Bacterial extracellular solute-binding protein / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / TRIETHYLENE GLYCOL / TARTRONATE / Maltodextrin-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes serovar 1/2a (リステリア・モノサイトゲネス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Cardona-Correa, A. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.9 Angstrom Resolution Crystal Structure of Maltose-Binding Periplasmic Protein MalE from Listeria monocytogenes in Complex with Maltose.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Cardona-Correa, A. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2016年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lmo2125 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6814
ポリマ－43,0711
非ポリマー6113
水5,116284
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.208, 78.452, 90.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Lmo2125 protein


分子量: 43070.801 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 33-419 / 変異: M388K, Q400P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serovar 1/2a (リステリア・モノサイトゲネス)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 遺伝子: lmo2125 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: Q929P4
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 栄養素栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-TTN / TARTRONATE


分子量: 118.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O5
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein: 15.2 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris HCl (pH 8.3), 2mM MAL; Screen: Classics II (C2), 1.1M Ammonium tartrate (pH 7.0).
PH範囲: 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月27日 / 詳細: C(111)
放射モノクロメーター: beryllium lenses / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 33694 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 29.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 34.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.779 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / CC1/2: 0.826 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XD3

2xd3


解像度: 1.9→29.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 6.852 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.132 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20823 1557 4.7 %RANDOM
Rwork0.17436 ---
obs0.17603 31867 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 33.167 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.25 Å20 Å20 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3---2.04 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→29.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3007 0 41 284 3332
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.023210
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022976
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3391.9714362
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86636920
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.125406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.26326.667147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.65715553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.16153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2469
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0230.0213714
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0190.02683
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9431.9481594
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9431.9451593
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4942.9112010
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.4932.9142011
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5082.2991616
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5042.2991616
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.4113.3552353
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.34525.163860
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.22724.6493804
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 110 -
Rwork0.231 2320 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8168-1.1911-1.20853.89281.86627.2148-0.0074-0.3684-0.00580.19760.04140.43550.00970.0688-0.0340.0844-0.0483-0.01090.11520.06650.132634.189315.57260.1266
21.9642-1.03840.681.21060.12782.32620.2972-0.2573-0.29760.1111-0.04010.16020.2499-0.2849-0.25710.1866-0.0796-0.0270.12530.07150.080333.008615.4949-4.1686
31.4319-0.45250.02251.9966-0.54682.30920.1922-0.0125-0.0009-0.0615-0.1047-0.1096-0.20880.0485-0.08750.1535-0.00540.02270.04580.00810.014542.310126.9428-13.3413
41.1267-0.5936-0.05751.38890.36821.0795-0.02170.1198-0.27510.03630.01790.07950.10270.02010.00380.1051-0.00670.01270.0993-0.07640.093743.835913.3809-39.9935
50.27950.36890.00140.5498-0.28112.25160.0579-0.0128-0.11430.0407-0.0045-0.12740.11520.1387-0.05340.12580.0171-0.01990.080.00730.07346.036718.8197-19.3943
61.2272-0.5921-0.10421.81531.47554.208-0.00570.2508-0.0311-0.2109-0.07030.0833-0.4069-0.15110.0760.06420.0095-0.01070.0835-0.01490.009434.007734.3422-40.9112
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A35 - 48
2X-RAY DIFFRACTION2A49 - 91
3X-RAY DIFFRACTION3A92 - 143
4X-RAY DIFFRACTION4A144 - 283
5X-RAY DIFFRACTION5A284 - 388
6X-RAY DIFFRACTION6A389 - 419

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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