PDB-3v6r: Discovery of potent and selective covalent inhibitors of JNK

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3v6r

タイトル

Discovery of potent and selective covalent inhibitors of JNK

要素

Mitogen-activated protein kinase 10

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / KINASE FOLD /

APOPTOSIS (アポトーシス) /

MAP KINASE (分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ) / CYS modification /

Phosphorylation (リン酸化) / JNK / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

JUN kinase activity / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway /

MAP kinase kinase activity / response to light stimulus /

分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / JNK cascade / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / FCERI mediated MAPK activation /

regulation of circadian rhythm ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Park, H. / LoGrasso, P.V. / Laughlin, J.D.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Discovery of potent and selective covalent inhibitors of JNK.
著者: Zhang, T. / Inesta-Vaquera, F. / Niepel, M. / Zhang, J. / Ficarro, S.B. / Machleidt, T. / Xie, T. / Marto, J.A. / Kim, N. / Sim, T. / Laughlin, J.D. / Park, H. / LoGrasso, P.V. / Patricelli, ...

履歴

登録	2011年12月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年7月25日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3v6r.cif.gz	294.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3v6r.ent.gz	249.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3v6r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/3v6r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/3v6r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3v6sC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ksi-d 3da6-d 3pze-d 1pmv-d 2ok1-d 6emh-1 4x21-1 2exc-d 1pmn-d 4h3b-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mitogen-activated protein kinase 10

B: Mitogen-activated protein kinase 10

ヘテロ分子

85.1 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Mitogen-activated protein kinase 10

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Mitogen-activated protein kinase 10

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.297, 157.259, 44.108
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase 10 / MAP kinase 10 / MAPK 10 / MAP kinase p49 3F12 / Stress-activated protein kinase 1b / SAPK1b / ...MAP kinase 10 / MAPK 10 / MAP kinase p49 3F12 / Stress-activated protein kinase 1b / SAPK1b / Stress-activated protein kinase JNK3 / c-Jun N-terminal kinase 3 分子量: 42059.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK10, JNK3, JNK3A, PRKM10, SAPK1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P53779, 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ
#2: 化合物	ChemComp-CQQ / 4-{[4-(dimethylamino)butanoyl]amino}-N-(3-{[4-(pyridin-3-yl)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)benzamide 分子量: 495.576 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₂₉N₇O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	THE ATOMS C33 OF LIGAND CQQ IS COVALENTLY LINKED TO SG ATOM GROUP OF C154. THE STARTING MATERIAL OF ...THE ATOMS C33 OF LIGAND CQQ IS COVALENTLY LINKED TO SG ATOM GROUP OF C154. THE STARTING MATERIAL OF LIGAND CQQ HAS A DOUBLE BOND BETWEEN C33 AND C32 ATOM GROUPS (E)-4-(4-(DIMETHYLAMINO)BUT-2-ENAMIDO)-N-(3-((4-(PYRIDIN-3-YL)PYRIMIDIN-2- YL)AMI NO)PHENYL)BENZAMIDE) AND UNDERGOES TO NUCLEOPHILIC ATTACK WITH RESIDUES C154.
配列の詳細	THE SEQUENCE CORRESPONDS TO ISOFORM 3 OF MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 10 UNP ENTRY P53779-3.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.42 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 5% glycerol, 5 mM TCEP, 0.4 mM Zwittergent 3-14), pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月28日 / 詳細: Rh coated flat mirror
放射	モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→157.26 Å / Num. all: 175940 / Num. obs: 24395 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 53.33 Å² / R_merge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / R_sym value: 0.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
MOLREP		位相決定
BUSTER	2.9.2	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→29.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9086 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8629 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2643	1238	5.09 %	RANDOM
R_work	0.2068	-	-	-
obs	0.2096	24315	-	-
all	-	24395	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-11.0744 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.6752 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.3993 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.341 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5544	0	74	255	5873

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	5741	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.08	7789	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		2623	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		143	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		816	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		5655	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.71
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	3.14
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		742	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		6735	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.71 Å / Total num. of bins used: 12

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2908	125	4.46 %
R_work	0.2204	2675	-
all	0.2234	2800	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.7745	1.7192	0.7991	3.5294	-0.4012	7.9183	-0.0694	0.1803	0.1209	0.0525	-0.0376	0.1054	-0.1179	-0.0168	0.107	0.0146	0.0216	-0.025	-0.1317	0.0312	-0.211	13.0765	-12.7556	-36.0955
2	2.4042	-0.5117	-0.8737	2.0175	-0.0065	0	-0.0033	0.0549	0.0255	-0.0296	0.0155	-0.0516	0.0715	0.0658	-0.0122	0.0641	0.0545	-0.0233	-0.033	0.0361	-0.0015	7.1858	-27.4747	-23.164
3	2.231	0.258	1.3122	0.7965	0.6122	1.6253	-0.1615	0.1525	-0.0695	-0.0499	0.1028	0.2003	-0.0928	-0.1142	0.0587	0.0345	0.0067	-0.0285	-0.0595	-0.0007	-0.0849	19.9924	-15.5506	-20.1921
4	0	-0.0662	2.2475	2.4684	1.65	1.6739	0.0188	-0.0681	-0.1293	0.0404	0.033	-0.0473	0.1729	-0.0286	-0.0518	0.0402	0.0162	-0.0021	-0.0294	0.0613	-0.0934	18.5199	-22.2973	-15.1331
5	2.6927	0.2999	0.1392	1.4696	0.377	0.5019	0.0721	-0.1713	-0.4228	-0.0283	-0.0383	0.0471	0.0894	-0.0544	-0.0338	0.012	-0.0159	-0.0396	-0.0936	0.0456	-0.1111	33.1909	-27.5072	-7.6944
6	1.1571	-0.5689	-2.7163	0	0.1472	1.5551	0.0169	-0.0973	0.128	0.0749	-0.0643	-0.0126	0.0659	-0.0884	0.0473	0.0603	0.0432	0.0533	-0.0198	0.1013	-0.0713	-0.6549	-23.1766	-19.5949
7	4.6683	-0.1502	1.1861	3.6464	2.4754	3.609	-0.0131	-0.0794	0.0238	0.1352	0.0468	-0.1758	0.1098	0.1861	-0.0337	-0.2682	-0.0467	0.1478	-0.1384	-0.0714	0.2596	35.9659	-59.3725	-26.0036
8	0.361	-2.484	-2.7186	0.1623	-1.07	1.4098	-0.0098	0.0404	0.0894	0.0217	-0.0147	0.011	-0.0048	-0.0062	0.0245	0.1729	0.0007	0.1036	-0.1169	-0.0357	-0.0249	21.358	-71.2779	-31.3461
9	0.9897	-1.3726	-0.222	3.9321	1.3971	1.808	-0.0129	0.0955	0.1002	-0.5016	-0.0065	-0.535	0.0916	0.0983	0.0193	-0.0208	-0.0791	0.1023	-0.1536	0.0376	-0.0431	18.7668	-55.4969	-25.1262
10	6.0364	-0.1439	-2.001	0.1344	-1.6834	0	0.0277	0.0319	0.0215	-0.0101	-0.0087	-0.0535	0.0611	0.0272	-0.019	0.0786	-0.0625	-0.0442	-0.1865	0.0813	-0.0015	14.3877	-57.6285	-21.7519
11	1.1867	0.5395	-0.4465	4.8866	-1.8645	1.9022	-0.1043	0.0333	-0.0828	-0.0861	0.0164	0.0425	0.0808	-0.1161	0.0879	-0.0782	-0.0161	0.004	-0.1016	-0.0179	-0.1061	0.2844	-58.1127	-13.0101
12	0	0.2843	0.7283	1.8145	1.9861	0.0394	0.0181	0.0369	0.085	-0.1123	-0.0063	0.0648	-0.1107	-0.1152	-0.0119	0.3006	0.1491	0.1304	-0.2094	0.1046	-0.1373	20.3343	-71.5492	-40.7215

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|45 - 96}	A	45 - 96
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|97 - 111}	A	97 - 111
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|112 - 199}	A	112 - 199
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|200 - 219}	A	200 - 219
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|220 - 375}	A	220 - 375
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|379 - 401}	A	379 - 401
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{B\|45 - 92}	B	45 - 92
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{B\|93 - 111}	B	93 - 111
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{B\|112 - 187}	B	112 - 187
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{B\|188 - 213}	B	188 - 213
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{B\|214 - 380}	B	214 - 380
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{B\|381 - 401}	B	381 - 401

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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