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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pmn | ||||||
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タイトル | Crystal structure of JNK3 in complex with an imidazole-pyrimidine inhibitor | ||||||
要素 | Mitogen-activated protein kinase 10 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / MAP kinase (分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ) / apoptosis (アポトーシス) / inhibition (酵素阻害剤) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 JUN kinase activity / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / MAP kinase kinase activity / response to light stimulus / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / JNK cascade / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / FCERI mediated MAPK activation / regulation of circadian rhythm ...JUN kinase activity / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / MAP kinase kinase activity / response to light stimulus / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / JNK cascade / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / FCERI mediated MAPK activation / regulation of circadian rhythm / 細胞老化 / rhythmic process / Oxidative Stress Induced Senescence / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / シグナル伝達 / ミトコンドリア / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Scapin, G. / Patel, S.B. / Lisnock, J. / Becker, J.W. / LoGrasso, P.V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2003 タイトル: The structure of JNK3 in complex with small molecule inhibitors: structural basis for potency and selectivity 著者: Scapin, G. / Patel, S.B. / Lisnock, J. / Becker, J.W. / LoGrasso, P.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1pmn.cif.gz | 88.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1pmn.ent.gz | 64.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1pmn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/1pmn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/1pmn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42001.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MK10_HUMAN / プラスミド: pET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLD21(DE3) 参照: UniProt: P53779, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) |
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#2: 化合物 | ChemComp-984 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.05 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG MMe 550, Ethylene glycol, Hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.3 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→22 Å / Num. all: 21324 / Num. obs: 21026 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 30.9 Å2 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3483 / Rsym value: 0.197 / % possible all: 98.5 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.059 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.5 % / Num. unique obs: 3431 / Rmerge(I) obs: 0.197 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 1JNK 解像度: 2.2→22 Å / Isotropic thermal model: Restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: Mask / Bsol: 52.9 Å2 / ksol: 0.396 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→22 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å
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拘束条件 | *PLUS
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