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万見
- PDB-5tbx: hnRNP A18 RNA Recognition Motif -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tbx
タイトルhnRNP A18 RNA Recognition Motif
要素Cold-inducible RNA-binding protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNA-binding protein (RNA結合タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA stabilization / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / stress granule assembly / response to UV / translation repressor activity / response to cold / mRNA 3'-UTR binding / positive regulation of translation / spliceosomal complex / cytoplasmic stress granule ...mRNA stabilization / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / stress granule assembly / response to UV / translation repressor activity / response to cold / mRNA 3'-UTR binding / positive regulation of translation / spliceosomal complex / cytoplasmic stress granule / small ribosomal subunit rRNA binding / RNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
RBM3/CIRBP, RNA recognition motif / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA認識モチーフ / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily ...RBM3/CIRBP, RNA recognition motif / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA認識モチーフ / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / NICKEL (II) ION / Cold-inducible RNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.767 Å
データ登録者Coburn, K.M. / Melville, Z. / Aligholizadeh, E. / Roth, B.M. / Varney, K.M. / Weber, D.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-58888 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA-107331 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of the human heterogeneous ribonucleoprotein A18 RNA-recognition motif.
著者: Coburn, K. / Melville, Z. / Aligholizadeh, E. / Roth, B.M. / Varney, K.M. / Carrier, F. / Pozharski, E. / Weber, D.J.
履歴
登録2016年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cold-inducible RNA-binding protein
B: Cold-inducible RNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4604
ポリマ－20,3422
非ポリマー1182
水2,180121
1
A: Cold-inducible RNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2893
ポリマ－10,1711
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cold-inducible RNA-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1711
ポリマ－10,1711
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.473, 56.149, 72.431
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cold-inducible RNA-binding protein / A18 hnRNP / Glycine-rich RNA-binding protein CIRP


分子量: 10171.226 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-91 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CIRBP, A18HNRNP, CIRP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q14011
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M sodium acetate trihydrate pH 8.0 in 20% w/v PEG 3350 from the PEG/Ion HT crystallization screen (Hampton Research, HR2-139).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→72.43 Å / Num. obs: 17190 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 22.07 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.163 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 146455 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.77-1.87.93.55373449250.5061.2993.7910.796.2
9.01-72.436.60.022111817010.0090.02456.499.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.77 Å44.38 Å
Translation1.77 Å44.38 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
Aimless0.5.21データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: hnRNP A1

解像度: 1.767→44.377 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2475 883 5.22 %
Rwork0.2175 16043 -
obs0.2191 16926 98.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 115.78 Å2 / Biso mean: 37.3898 Å2 / Biso min: 13.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.767→44.377 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1352 0 8 121 1481
Biso mean--46 40.7 -
残基数----175
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0151379
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0861829
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058193
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007249
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.981834
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7672-1.87790.40461300.3782567269796
1.8779-2.02290.34431450.32222559270497
2.0229-2.22640.2841450.227526642809100
2.2264-2.54860.26451370.21827072844100
2.5486-3.21080.26681580.199227122870100
3.2108-44.39050.18911680.182128343002100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.8587-0.35390.46825.2278-0.64196.52720.03650.29330.25080.00530.1227-0.06370.0828-0.226-0.1010.1404-0.0146-0.03440.1496-0.01670.1736-11.4862-1.348510.451
28.6112-1.5986-2.79423.6077-3.71992.14020.4260.67050.4753-0.0204-0.223-0.0779-0.56950.0342-0.2160.17330.00250.02320.24630.0360.1934-2.32542.304512.4782
35.9629-2.35923.38327.3861.29462.11560.37640.1229-0.4330.2381-0.0371-0.14620.4932-0.0182-0.30590.1416-0.02220.02360.17990.05230.2-3.5403-4.566613.9519
46.2086-2.2498-2.79555.37431.29492.09370.11840.6346-0.6009-0.6831-0.32580.32380.2838-0.38720.19890.2907-0.0182-0.02990.3009-0.02650.1949-12.9174-3.2256-3.3708
53.2662-0.50182.06353.61650.36137.50090.053-0.2713-0.0770.4487-0.0753-0.03290.3107-0.03020.02670.169-0.03730.01160.17150.03910.1724-8.7434-3.891619.462
68.86964.6346-7.41642.02181.87372.08080.02030.16940.57010.26320.03420.1473-0.9648-0.4113-0.01330.242-0.0036-0.01970.25420.00240.292-13.27289.244413.1315
76.47951.75190.76952.1038-0.34538.8502-0.2459-0.2235-0.9785-1.06080.45910.53360.5569-1.2078-0.29510.2733-0.1038-0.02650.3220.05280.3709-17.3812-5.929114.2134
89.9238-2.34872.69476.10440.19275.40550.29180.2918-1.6399-0.3592-0.0112-0.64720.74140.3898-0.30190.28170.0220.01380.2505-0.01180.448314.7759-8.14140.4661
96.23081.02840.15023.06110.56144.45840.1526-0.28770.54580.1986-0.13860.1846-0.2731-0.1880.10820.1697-0.00510.03520.1301-0.03190.23065.08814.143844.9784
108.35321.83262.05277.972.60052.03350.7323-0.1236-0.98730.28780.05020.23090.9784-0.6833-0.86010.1779-0.0512-0.01960.1790.01970.27793.2475-5.515143.2999
116.97150.9976-3.24089.1769-2.12672.1179-0.2231-0.3087-0.32980.370.38970.01320.5363-0.3660.05360.29410.0328-0.04430.262-0.00950.176112.7583-3.003958.3476
123.10150.11041.91473.4252-0.12817.93530.0640.3197-0.1623-0.3196-0.16050.18030.4167-0.31690.03130.17320.005-0.00220.2228-0.05380.17918.7042-3.617135.8375
132.1439-2.6992-3.60122.21688.90192.0694-0.05220.14080.7584-0.71370.16460.0344-1.7698-0.1859-0.3340.5262-0.0328-0.00070.2490.05650.292312.88819.573642.0228
142.3264-2.3380.13397.2129-2.09085.27580.1731-0.0191-0.74651.3526-0.3077-0.5030.9050.3329-0.07990.5893-0.0495-0.10520.4248-0.02790.341615.3941-8.554944.2124
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 19 )A4 - 19
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 20 through 29 )A20 - 29
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 30 through 38 )A30 - 38
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 39 through 49 )A39 - 49
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 50 through 68 )A50 - 68
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 69 through 78 )A69 - 78
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 79 through 86 )A79 - 87
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 12 )B1 - 12
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 13 through 30 )B13 - 30
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 31 through 38 )B31 - 38
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 39 through 49 )B39 - 49
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 50 through 68 )B50 - 68
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 69 through 78 )B69 - 78
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 79 through 92 )B79 - 92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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