PDB-5t6l: Crystal structure of 10E8 Fab in complex with the MPER epitope sc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5t6l

タイトル

Crystal structure of 10E8 Fab in complex with the MPER epitope scaffold T117v2

要素

(Antibody 10E8 FAB ...) x 2
10E8 EPITOPE SCAFFOLD T117V2

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) / HIV-1 GP41 MPER / 10E8 FAB /

LIPID MEMBRANE (脂質二重層)

機能・相同性

Mannitol-specific EII; Chain A / Mannitol-specific EII; Chain A /

抗体 /

Immunoglobulin-like /

サンドイッチ / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Irimia, A. / Wilson, I.A.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2017
タイトル: Lipid interactions and angle of approach to the HIV-1 viral membrane of broadly neutralizing antibody 10E8: Insights for vaccine and therapeutic design.
著者: Irimia, A. / Serra, A.M. / Sarkar, A. / Jacak, R. / Kalyuzhniy, O. / Sok, D. / Saye-Francisco, K.L. / Schiffner, T. / Tingle, R. / Kubitz, M. / Adachi, Y. / Stanfield, R.L. / Deller, M.C. / ...

履歴

登録	2016年9月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5t6l.cif.gz	477.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5t6l.ent.gz	393.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5t6l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/5t6l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/5t6l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5sy8C 5t29C 5t5bC 5t80C 5t85C 5tfwC 3lf6S 4g6fS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mvz-1 6svl-3 5t29-d 4xzu-1 5mvz-2 4ttd-1 6mto-d 5t5b-2 6e62-1 4xzu-2 1lk3-2 1lk3-1 1fsk-3 1fsk-1 2fu5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Antibody 10E8 FAB HEAVY CHAIN

L: Antibody 10E8 FAB LIGHT CHAIN

A: Antibody 10E8 FAB HEAVY CHAIN

B: Antibody 10E8 FAB LIGHT CHAIN

G: 10E8 EPITOPE SCAFFOLD T117V2

I: 10E8 EPITOPE SCAFFOLD T117V2

ヘテロ分子

136 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: Antibody 10E8 FAB HEAVY CHAIN

L: Antibody 10E8 FAB LIGHT CHAIN

I: 10E8 EPITOPE SCAFFOLD T117V2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Antibody 10E8 FAB HEAVY CHAIN

B: Antibody 10E8 FAB LIGHT CHAIN

G: 10E8 EPITOPE SCAFFOLD T117V2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.100, 158.970, 99.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.98, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 GI

#3: タンパク質	10E8 EPITOPE SCAFFOLD T117V2 分子量: 18643.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: PET29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 STAR

-
抗体 , 2種, 4分子 HALB

#1: 抗体	Antibody 10E8 FAB HEAVY CHAIN 分子量: 25447.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHV3-1505 / プラスミド: PHCMV3 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293S / 発現宿主: Homo sapiens* (ヒト)
#2: 抗体	Antibody 10E8 FAB LIGHT CHAIN 分子量: 22989.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGLV3-1901 / プラスミド: PHCMV3 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293S / 発現宿主: Homo sapiens* (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 423分子

#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M Hepes pH 7.0, 15% PEG 20,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03314 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03314 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.096→47.142 Å / Num. obs: 72210 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2.4 % / B_iso Wilson estimate: 34 Å² / R_sym value: 0.074 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 91.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: 000)	精密化
XDS	VERSION March 30, 2013 BUILT=20130527	データ削減
XSCALE	VERSION July 4, 2012 BUILT=20130527	データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4G6F, 3LF6

4g6f

3lf6

解像度: 2.1→47.14 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.54

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.218	3620	5.02 %
R_work	0.178	-	-
obs	0.18	72183	97.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8879	0	117	405	9401

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	9386
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.877	12822
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.47	5530
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1406
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1662

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0962-2.1238	0.2984	121	0.2965	2350	X-RAY DIFFRACTION	86
2.1238-2.1529	0.2955	138	0.2766	2652	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1529-2.1837	0.3431	134	0.2598	2637	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1837-2.2162	0.3241	168	0.2541	2591	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2162-2.2509	0.3274	121	0.2558	2651	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2509-2.2878	0.2648	146	0.2308	2694	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2878-2.3272	0.2772	139	0.2296	2591	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3272-2.3695	0.3186	139	0.2207	2662	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3695-2.4151	0.3159	138	0.2157	2708	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4151-2.4644	0.2404	153	0.2085	2552	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4644-2.518	0.245	122	0.2059	2666	X-RAY DIFFRACTION	98
2.518-2.5766	0.2825	147	0.197	2700	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5766-2.641	0.2347	126	0.1868	2628	X-RAY DIFFRACTION	98
2.641-2.7124	0.2541	158	0.1855	2670	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7124-2.7922	0.268	128	0.1808	2669	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7922-2.8823	0.2236	150	0.184	2639	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8823-2.9853	0.2225	133	0.1831	2648	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9853-3.1048	0.2337	134	0.1786	2662	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1048-3.2461	0.2147	141	0.1738	2636	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2461-3.4172	0.2109	146	0.1697	2682	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4172-3.6312	0.21	130	0.1601	2594	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6312-3.9114	0.1855	139	0.1477	2639	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9114-4.3048	0.1615	142	0.1401	2651	X-RAY DIFFRACTION	97
4.3048-4.9272	0.1347	146	0.1323	2630	X-RAY DIFFRACTION	97
4.9272-6.2055	0.1992	138	0.1612	2679	X-RAY DIFFRACTION	98
6.2055-47.1543	0.1979	143	0.1729	2682	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2805	-0.7638	0.3418	1.7493	-0.933	1.1623	-0.0657	0.0186	-0.0824	-0.0606	0.0518	-0.1172	0.0659	-0.0095	0.0197	0.2083	0.0027	0.0581	0.1797	-0.0125	0.234	51.5062	-31.3241	21.2037
2	5.5351	-0.8912	0.0752	4.1957	0.6388	5.8154	-0.2994	-0.7495	0.8943	0.6819	0.0239	0.3444	0.2587	-0.81	0.229	0.5926	0.0922	0.0222	0.7069	-0.0107	0.7362	44.5656	-34.8729	58.9962
3	3.1299	-0.2565	-0.9703	2.3752	0.0085	2.0216	-0.0141	0.0233	0.1904	-0.038	0.0117	0.0054	-0.1122	0.009	-0.0053	0.1909	-0.0003	0.0026	0.153	0.0011	0.2029	38.4371	-16.2408	24.6007
4	4.8332	-1.5099	2.53	2.5856	-1.7893	4.1618	-0.4961	-0.489	0.3031	0.6849	0.1281	-0.8102	-0.407	0.2867	0.2897	0.5977	0.0378	-0.0723	0.5456	-0.0803	0.8036	46.3558	-19.0136	54.6459
5	1.2355	1.2278	-0.6293	2.7731	-1.1815	2.021	-0.1644	0.0598	-0.0955	-0.0744	0.0647	-0.1443	0.11	0.0403	0.1205	0.2051	0.0128	0.0285	0.1866	-0.0095	0.2099	30.6163	-55.2902	28.3834
6	4.5806	0.3084	0.0394	2.9338	-0.2083	3.0788	-0.1238	-0.0945	0.5866	-1.2242	-0.1882	0.3621	-1.1728	-0.6322	0.2539	1.2894	0.0406	-0.0175	0.6667	-0.2102	0.5126	26.5984	-46.8933	-8.4156
7	2.2211	0.08	0.8952	2.1122	0.2644	4.1838	-0.1485	0.2359	-0.3246	-0.0423	0.0325	0.0567	0.3898	-0.3226	0.101	0.312	-0.0631	0.1182	0.2798	-0.0453	0.3414	19.6051	-71.1131	22.0936
8	3.0613	1.4517	-0.166	3.8953	0.0036	4.0319	0.0507	-0.1833	-0.1734	-0.7992	0.1771	-0.711	-0.7254	-0.2423	-0.1922	0.857	-0.1544	0.2204	0.6077	-0.1164	0.4374	28.5293	-62.7434	-11.7157
9	1.6212	0.7527	-1.3188	4.8769	-2.0496	5.6049	0.1299	0.0286	0.1485	0.2445	0.0446	0.1116	-0.2578	-0.2208	-0.134	0.3478	0.0504	0.0637	0.2674	0.0679	0.3508	20.388	-70.3263	57.6362
10	0.9976	-0.8861	0.0251	5.2133	-1.2696	4.3766	0.0611	0.1904	-0.0824	-0.8047	0.1137	0.2174	0.5158	-0.5721	0.0485	0.4675	-0.0905	0.0719	0.4083	0.074	0.4323	47.8944	-16.7974	-9.2867

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'H' AND (RESID 1 THROUGH 113 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'H' AND (RESID 114 THROUGH 214 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'L' AND (RESID 2 THROUGH 107 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'L' AND (RESID 108 THROUGH 211 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 113 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 114 THROUGH 214 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 2 THROUGH 107 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 108 THROUGH 211 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'G' AND ((RESSEQ 7:159))
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'I' AND ((RESSEQ 10:161))

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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実験情報

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)