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- PDB-5ol9: Structure of human mitochondrial transcription elongation factor ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ol9
タイトルStructure of human mitochondrial transcription elongation factor (TEFM) N-terminal domain
要素Transcription elongation factor, mitochondrial
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Elongation Factor / Mitochondria (ミトコンドリア) / Resolvase / RNA Polymerase (RNAポリメラーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription elongation by mitochondrial RNA polymerase / mitochondrial transcription / 酸化的リン酸化 / DNA polymerase processivity factor activity / mitochondrial nucleoid / ミトコンドリアマトリックス / ribonucleoprotein complex / ミトコンドリア / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcription elongation factor, mitochondrial / Helix-hairpin-helix motif / RuvA domain 2-like / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Transcription elongation factor, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.302 Å
データ登録者Hillen, H.S. / Parshin, A.V. / Agaronyan, K. / Morozov, Y. / Graber, J.J. / Chernev, A. / Schwinghammer, K. / Urlaub, H. / Anikin, M. / Cramer, P. / Temiakov, D.
資金援助 米国, ドイツ, 5件
組織認可番号国
National Institutes of HealthRO1GM104231 米国
German Research FoundationSFB860 ドイツ
European Research CouncilTRANSREGULON 693023 ドイツ
German Research FoundationSPP1935 ドイツ
Volkswagen Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Mechanism of Transcription Anti-termination in Human Mitochondria.
著者: Hillen, H.S. / Parshin, A.V. / Agaronyan, K. / Morozov, Y.I. / Graber, J.J. / Chernev, A. / Schwinghammer, K. / Urlaub, H. / Anikin, M. / Cramer, P. / Temiakov, D.
履歴
登録2017年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription elongation factor, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3002
ポリマ－12,2411
非ポリマー591
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area200 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area5180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.670, 47.670, 93.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Transcription elongation factor, mitochondrial


分子量: 12240.936 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 36-134 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEFM, C17orf42 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q96QE5
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: Sodium Acetate, Ammonium Acetate, PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.0, 2.0664
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
22.06641
反射解像度: 1.3→42.46 Å / Num. obs: 27069 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 25.05 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 20.26
反射 シェル解像度: 1.3→1.33 Å / 冗長度: 24.01 % / Rmerge(I) obs: 4.57 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 1928 / CC1/2: 0.413 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.302→42.46 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1965 1354 5 %
Rwork0.1903 --
obs0.1906 27056 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.302→42.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数658 0 4 80 742
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009717
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.946978
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.345285
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073111
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005128
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3024-1.34890.4161320.37852494X-RAY DIFFRACTION98
1.3489-1.40290.37251320.35682512X-RAY DIFFRACTION99
1.4029-1.46680.35951310.33782494X-RAY DIFFRACTION100
1.4668-1.54410.26711340.26942532X-RAY DIFFRACTION100
1.5441-1.64090.26471350.23322562X-RAY DIFFRACTION100
1.6409-1.76760.26871330.21592537X-RAY DIFFRACTION100
1.7676-1.94550.17291350.1782560X-RAY DIFFRACTION100
1.9455-2.2270.17511360.16362593X-RAY DIFFRACTION100
2.227-2.80570.1531390.16532635X-RAY DIFFRACTION100
2.8057-42.48210.18181470.17422783X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.42942.4594-2.59112.3966-0.05842.47620.06730.44610.4466-0.20390.05770.143-0.0435-0.1241-0.12570.2153-0.04520.01850.34290.0250.208843.374917.7657-1.0572
24.02560.482-1.30963.8528-2.94262.4726-0.11620.1917-0.2362-0.35380.16920.18760.5482-0.3377-0.04320.1543-0.0488-0.0120.19490.00220.183240.68098.57298.2354
33.05892.7409-2.33647.47572.60466.3610.2742-0.5538-0.41480.4354-0.3338-0.4589-0.01010.51360.22020.164-0.0164-0.01530.25480.05640.223346.94588.682722.153
43.54570.27670.61382.2699-0.41474.0122-0.0883-0.27920.08850.18750.04910.023-0.3585-0.23020.02890.1160.01020.01660.15920.01450.142843.73616.623218.444
56.68170.28624.4075.19271.81753.5592-0.32060.22030.1867-0.17010.2096-0.0068-1.05040.23990.03350.28080.0130.01670.20280.00950.18244.506323.132212.3612
64.2185-2.11390.05355.12640.40992.8313-0.0057-0.1003-0.3172-0.08850.0451-0.1454-0.24770.7351-0.05180.2028-0.09370.02080.42950.00710.224650.670313.02068.6005
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 58 through 66 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 67 through 79 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 80 through 87 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 88 through 112 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 113 through 122 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 123 through 137 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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