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Yorodumi- PDB-5nxs: Crystal Structure of Human Pro-myostatin Precursor at 4.2 A Resol... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5nxs | ||||||
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Title | Crystal Structure of Human Pro-myostatin Precursor at 4.2 A Resolution with Experimental Phases from SeMet labelling | ||||||
Components | Growth/differentiation factor 8 | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / growth factor / TGFbeta family / cystine knot | ||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of muscle hypertrophy / negative regulation of skeletal muscle tissue growth / negative regulation of myoblast proliferation / skeletal muscle satellite cell differentiation / myoblast migration involved in skeletal muscle regeneration / negative regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / negative regulation of satellite cell differentiation / skeletal muscle atrophy / ovulation cycle process / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes ...negative regulation of muscle hypertrophy / negative regulation of skeletal muscle tissue growth / negative regulation of myoblast proliferation / skeletal muscle satellite cell differentiation / myoblast migration involved in skeletal muscle regeneration / negative regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / negative regulation of satellite cell differentiation / skeletal muscle atrophy / ovulation cycle process / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / response to gravity / negative regulation of myoblast differentiation / response to muscle activity / muscle organ development / muscle cell cellular homeostasis / positive regulation of macrophage chemotaxis / response to testosterone / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of lamellipodium assembly / response to electrical stimulus / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / cellular response to dexamethasone stimulus / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cytokine activity / growth factor activity / response to estrogen / heparin binding / cellular response to hypoxia / response to ethanol / signaling receptor binding / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 4.19 Å | ||||||
Authors | Cotton, T.R. / Fischer, G. / Hyvonen, M. | ||||||
Citation | Journal: EMBO J. / Year: 2018 Title: Structure of the human myostatin precursor and determinants of growth factor latency. Authors: Cotton, T.R. / Fischer, G. / Wang, X. / McCoy, J.C. / Czepnik, M. / Thompson, T.B. / Hyvonen, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5nxs.cif.gz | 205.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5nxs.ent.gz | 170.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5nxs.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/5nxs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/5nxs | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 38497.926 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Pro-Myostatin Precursor, UNP residues 43-375 / Mutation: deltaN25 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: MSTN, GDF8 / Plasmid: pHAT2 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): pUBS520 / References: UniProt: O14793 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.13 Å3/Da / Density % sol: 70.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion / pH: 4.2 Details: 10 mg/mL protein, reservoir: 0.1M NaAcetate, 1M (NH4)3PO4: cryo-protection: 26% ethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9797 Å | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 19, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9797 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 4.194→98.414 Å / Num. obs: 9470 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 160.2 % / Biso Wilson estimate: 225.34 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 28.6 / Num. measured all: 1517107 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 4.19→98.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.654 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.666 / Rfactor Rfree error: 0 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.749
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Displacement parameters | Biso max: 267.89 Å2 / Biso mean: 91.65 Å2 / Biso min: 5.89 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.69 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 4.19→98.41 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 4.19→4.68 Å / Total num. of bins used: 5
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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