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- PDB-5lbs: structural basis of Zika and Dengue virus potent antibody cross-n... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lbs
タイトルstructural basis of Zika and Dengue virus potent antibody cross-neutralization
要素
  • (BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 ...) x 2
  • envelope protein E封筒
キーワードIMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN (免疫系) / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN COMPLEX (免疫系) / ZIKA VIRUS (ジカウイルス) / BROADLY NEUTRALIZING ANTIBODY (中和抗体)
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / double-stranded RNA binding / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / double-stranded RNA binding / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / molecular adaptor activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ヘリカーゼ / symbiont entry into host cell / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / virus-mediated perturbation of host defense response / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / 中心体 / エンベロープ (ウイルス) / lipid binding / host cell nucleus / virion attachment to host cell / GTP binding / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Viral Envelope Glycoprotein; domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / : / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus ...Viral Envelope Glycoprotein; domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / : / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / 抗体 / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / タンパク質分解
類似検索 - 構成要素
生物種Zika virus (ジカ熱ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Vaney, M.C. / Rouvinski, A. / Barba-Spaeth, G. / Rey, F.A.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structural basis of potent Zika-dengue virus antibody cross-neutralization.
著者: Barba-Spaeth, G. / Dejnirattisai, W. / Rouvinski, A. / Vaney, M.C. / Medits, I. / Sharma, A. / Simon-Loriere, E. / Sakuntabhai, A. / Cao-Lormeau, V.M. / Haouz, A. / England, P. / Stiasny, K. ...著者: Barba-Spaeth, G. / Dejnirattisai, W. / Rouvinski, A. / Vaney, M.C. / Medits, I. / Sharma, A. / Simon-Loriere, E. / Sakuntabhai, A. / Cao-Lormeau, V.M. / Haouz, A. / England, P. / Stiasny, K. / Mongkolsapaya, J. / Heinz, F.X. / Screaton, G.R. / Rey, F.A.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Recognition determinants of broadly neutralizing human antibodies against dengue viruses.
著者: Rouvinski, A. / Guardado-Calvo, P. / Barba-Spaeth, G. / Duquerroy, S. / Vaney, M.C. / Kikuti, C.M. / Navarro Sanchez, M.E. / Dejnirattisai, W. / Wongwiwat, W. / Haouz, A. / Girard-Blanc, C. / ...著者: Rouvinski, A. / Guardado-Calvo, P. / Barba-Spaeth, G. / Duquerroy, S. / Vaney, M.C. / Kikuti, C.M. / Navarro Sanchez, M.E. / Dejnirattisai, W. / Wongwiwat, W. / Haouz, A. / Girard-Blanc, C. / Petres, S. / Shepard, W.E. / Despres, P. / Arenzana-Seisdedos, F. / Dussart, P. / Mongkolsapaya, J. / Screaton, G.R. / Rey, F.A.
#2: ジャーナル: Nat Immunol / 年: 2015
タイトル: A new class of highly potent, broadly neutralizing antibodies isolated from viremic patients infected with dengue virus.
著者: Wanwisa Dejnirattisai / Wiyada Wongwiwat / Sunpetchuda Supasa / Xiaokang Zhang / Xinghong Dai / Alexander Rouvinski / Amonrat Jumnainsong / Carolyn Edwards / Nguyen Than Ha Quyen / Thaneeya ...著者: Wanwisa Dejnirattisai / Wiyada Wongwiwat / Sunpetchuda Supasa / Xiaokang Zhang / Xinghong Dai / Alexander Rouvinski / Amonrat Jumnainsong / Carolyn Edwards / Nguyen Than Ha Quyen / Thaneeya Duangchinda / Jonathan M Grimes / Wen-Yang Tsai / Chih-Yun Lai / Wei-Kung Wang / Prida Malasit / Jeremy Farrar / Cameron P Simmons / Z Hong Zhou / Felix A Rey / Juthathip Mongkolsapaya / Gavin R Screaton /
要旨: Dengue is a rapidly emerging, mosquito-borne viral infection, with an estimated 400 million infections occurring annually. To gain insight into dengue immunity, we characterized 145 human monoclonal ...Dengue is a rapidly emerging, mosquito-borne viral infection, with an estimated 400 million infections occurring annually. To gain insight into dengue immunity, we characterized 145 human monoclonal antibodies (mAbs) and identified a previously unknown epitope, the envelope dimer epitope (EDE), that bridges two envelope protein subunits that make up the 90 repeating dimers on the mature virion. The mAbs to EDE were broadly reactive across the dengue serocomplex and fully neutralized virus produced in either insect cells or primary human cells, with 50% neutralization in the low picomolar range. Our results provide a path to a subunit vaccine against dengue virus and have implications for the design and monitoring of future vaccine trials in which the induction of antibody to the EDE should be prioritized.
履歴
登録2016年6月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月13日Group: Derived calculations
改定 1.22016年7月20日Group: Database references
改定 1.32016年8月17日Group: Database references
改定 2.02019年6月12日Group: Atomic model / Data collection / Structure summary
カテゴリ: atom_site / audit_author ...atom_site / audit_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record
Item: _atom_site.occupancy / _audit_author.name
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: envelope protein E
B: envelope protein E
H: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 C8
I: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 C8
L: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 C8
M: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 C8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,93420
ポリマ－157,9636
非ポリマー97114
水3,243180
1
A: envelope protein E
H: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 C8
L: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 C8
ヘテロ分子

A: envelope protein E
H: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 C8
L: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 C8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,14924
ポリマ－157,9636
非ポリマー1,18518
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,y,-z1
2
B: envelope protein E
I: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 C8
M: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 C8
ヘテロ分子

B: envelope protein E
I: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 C8
M: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 C8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,72016
ポリマ－157,9636
非ポリマー75710
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.799, 121.353, 257.855
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-942-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 envelope protein E / 封筒


分子量: 48492.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 株: Mr 766 / Cell (発現宿主): SCHNEIDER 2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: A0A120IIH9, UniProt: A0A024B7W1*PLUS

-
抗体 , 2種, 4分子 HILM

#2: 抗体 BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 C8


分子量: 14617.839 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ScFv fragment, heavy chain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): SCHNEIDER 2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#3: 抗体 BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 C8


分子量: 15871.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SCFV fragment, light chain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): SCHNEIDER 2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

-
非ポリマー , 3種, 194分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 1.26M (NH4)2SO4 0.1M CHES pH 9.5 0.2M NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→40 Å / Num. obs: 74842 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 35.74 Å2 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.41→2.46 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UTA

4uta


解像度: 2.41→39.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9155 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU R Cruickshank DPI: 0.299 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.297 / SU Rfree Blow DPI: 0.209 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.212
詳細: The DEBYE and STARANISO progams developped by Global Phasing Ltd. were applied to the AIMLESS scaled data without truncation of the resolution. These corrected anisotropic amplitudes were ...詳細: The DEBYE and STARANISO progams developped by Global Phasing Ltd. were applied to the AIMLESS scaled data without truncation of the resolution. These corrected anisotropic amplitudes were used for further cycles of refinements with BUSTER.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2174 3203 4.91 %RANDOM
Rwork0.1937 ---
obs0.1949 65260 87.25 %-
原子変位パラメータBiso mean: 55.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.9083 Å20 Å20 Å2
2---1.6734 Å20 Å2
3----0.2349 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.363 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.41→39.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9576 0 59 180 9815
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0089862HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9113363HARMONIC2.5
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3296SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes205HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1443HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9862HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.76
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.41
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1272SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10248SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.41→2.47 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2552 120 5.48 %
Rwork0.23 2071 -
all0.2314 2191 -
obs--40.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.899-0.403-2.24021.793-0.50947.17620.24151.151-0.1502-0.2216-0.7169-0.33050.31851.18110.4754-0.25460.2461-0.02770.38280.0707-0.32493.3839166.90832.3725
26.1335-1.77840.83361.9004-1.92665.7165-0.01510.3412-0.12710.0172-0.14760.19-0.2886-1.1760.16270.4520.0970.1065-0.1506-0.0819-0.360951.1889133.26144.0424
33.6839-0.18955.4490-0.77469.97750.037-0.3319-0.1139-0.0653-0.00010.01980.43341.0874-0.0369-0.29420.2165-0.08330.45150.0141-0.322370.3014172.911-9.979
40.02440.10431.766602.218415.5701-0.0406-0.41840.13730.126-0.12720.09580.1863-0.56650.16780.62720.06970.027-0.0465-0.1121-0.394647.2213127.52-2.8105
56.0814-1.60022.33693.35-0.45595.6631-0.1701-0.0134-0.1420.48510.0726-0.03110.18220.19020.0975-0.0543-0.0049-0.0465-0.2232-0.0089-0.241584.7258167.22454.4554
64.6777-1.6563-1.18794.0543-0.57997.9185-0.4157-0.53220.37320.65650.2813-0.3875-0.55930.47770.13450.61210.0427-0.0281-0.3911-0.0895-0.266770.6722132.57559.0076
702.46264.1287.8765-0.10440.75950.13010.6138-0.5038-0.0286-0.3318-0.47650.49650.10070.20170.08760.0827-0.19610.0144-0.018-0.09493.7633162.98960.7542
80.43154.13822.90151.283-1.544200.0555-0.34910.60190.21080.1008-0.3035-0.23150.2077-0.15630.36550.1399-0.0295-0.168-0.0396-0.36363.0963136.5466.2415
92.6289-0.33380.73185.91461.1915.2798-0.02950.3940.1545-0.6551-0.05330.2274-0.9622-0.30130.08270.06980.0516-0.0203-0.05770.0607-0.259967.7341195.80829.681
101.24170.3941-0.12554.04361.61963.65430.1001-0.10250.05850.4136-0.0567-0.0223-0.2515-0.0889-0.04340.07990.00560.0128-0.09650.0253-0.090672.894193.52851.1555
112.2923-0.99050.71155.8188-0.35366.25940.1610.5067-0.1384-1.0932-0.15610.31570.53060.0009-0.00490.37220.0054-0.0968-0.2997-0.0926-0.320772.499104.31728.4725
121.3085-0.49790.48235.4783-1.84773.60710.0160.0150.0020.0685-0.1636-0.198-0.2740.32990.14760.1875-0.0759-0.0264-0.1692-0.0456-0.134679.7077106.79149.1974
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|1:46 138:194 287:302}
2X-RAY DIFFRACTION2{B|1:46 138:194 287:302}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|47:137 195:286}
4X-RAY DIFFRACTION4{B|47:137 195:286}
5X-RAY DIFFRACTION5{A|303:403}
6X-RAY DIFFRACTION6{B|303:403}
7X-RAY DIFFRACTION7{A|437:446}
8X-RAY DIFFRACTION8{B|437:443}
9X-RAY DIFFRACTION9tls_H_ScFv
10X-RAY DIFFRACTION10{L|1:110}
11X-RAY DIFFRACTION11{I|1:113}
12X-RAY DIFFRACTION12{M|1:110}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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