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万見
- PDB-5l46: Crystal structure of human dimethylglycine-dehydrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l46
タイトルCrystal structure of human dimethylglycine-dehydrogenase
要素Dimethylglycine dehydrogenase, mitochondrialジメチルグリシンデヒドロゲナーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / electron transfer (電子移動反応) / covalent flavinylation / one-carbon metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


ジメチルグリシンデヒドロゲナーゼ / dimethylglycine dehydrogenase activity / amino-acid betaine catabolic process / Choline catabolism / choline catabolic process / choline metabolic process / electron transfer activity / oxidoreductase activity / ミトコンドリアマトリックス / ミトコンドリア ...ジメチルグリシンデヒドロゲナーゼ / dimethylglycine dehydrogenase activity / amino-acid betaine catabolic process / Choline catabolism / choline catabolic process / choline metabolic process / electron transfer activity / oxidoreductase activity / ミトコンドリアマトリックス / ミトコンドリア / RNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
FAD dependent oxidoreductase, central domain / FAD dependent oxidoreductase central domain / Aminomethyltransferase beta-barrel domains / Aminomethyltransferase beta-barrel domains / Glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel domain / Glycine cleavage T-protein C-terminal barrel domain / Glycine cleavage T-protein/YgfZ, C-terminal / Probable tRNA modification gtpase trme; domain 1 / Aminomethyltransferase, folate-binding domain / Aminomethyltransferase folate-binding domain ...FAD dependent oxidoreductase, central domain / FAD dependent oxidoreductase central domain / Aminomethyltransferase beta-barrel domains / Aminomethyltransferase beta-barrel domains / Glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel domain / Glycine cleavage T-protein C-terminal barrel domain / Glycine cleavage T-protein/YgfZ, C-terminal / Probable tRNA modification gtpase trme; domain 1 / Aminomethyltransferase, folate-binding domain / Aminomethyltransferase folate-binding domain / GTP-binding protein TrmE/Aminomethyltransferase GcvT, domain 1 / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / Gyrase A; domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Βバレル / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンアデニンジヌクレオチド / Dimethylglycine dehydrogenase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Hromic, A. / Pavkov-Keller, T. / Gruber, K.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundW901 オーストリア
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2016
タイトル: Structure and biochemical properties of recombinant human dimethylglycine dehydrogenase and comparison to the disease-related H109R variant.
著者: Augustin, P. / Hromic, A. / Pavkov-Keller, T. / Gruber, K. / Macheroux, P.
履歴
登録2016年5月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dimethylglycine dehydrogenase, mitochondrial
B: Dimethylglycine dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,1904
ポリマ－188,6192
非ポリマー1,5712
水1086
1
A: Dimethylglycine dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,0952
ポリマ－94,3101
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Dimethylglycine dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,0952
ポリマ－94,3101
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.377, 119.868, 86.466
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Dimethylglycine dehydrogenase, mitochondrial / ジメチルグリシンデヒドロゲナーゼ / ME2GLYDH


分子量: 94309.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DMGDH / プラスミド: pPICK-PDI / 発現宿主: Komagataella phaffii (菌類) / 株 (発現宿主): KM71H
参照: UniProt: Q9UI17, ジメチルグリシンデヒドロゲナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.01 % / 解説: long needles
結晶化温度: 293.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5
詳細: 10% w/v PEG 20000, 20% v/v PEG MME 550, 0.02 M of each amino acid and 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月20日
放射モノクロメーター: liquid nitrogen cooled channel-cut silicon monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.09→58.651 Å / Num. obs: 30495 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 47.09 Å2 / CC1/2: 0.958 / Rmerge(I) obs: 0.2058 / Net I/σ(I): 4.81
反射 シェル解像度: 3.09→3.2 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.6573 / Mean I/σ(I) obs: 1.53 / % possible all: 93.81

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PAA

4paa


解像度: 3.09→58.651 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.78
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2693 1524 5 %random
Rwork0.179 ---
obs0.1835 30482 97.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 38.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.09→58.651 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12782 0 106 6 12894
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113218
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.37317951
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0564887
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541933
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072298
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0899-3.18960.32421310.25742490X-RAY DIFFRACTION93
3.1896-3.30360.33081390.23172642X-RAY DIFFRACTION99
3.3036-3.43580.32121390.23022651X-RAY DIFFRACTION98
3.4358-3.59220.30221370.21822593X-RAY DIFFRACTION97
3.5922-3.78150.27241390.1982639X-RAY DIFFRACTION98
3.7815-4.01840.29141400.18572656X-RAY DIFFRACTION98
4.0184-4.32860.26711390.16182642X-RAY DIFFRACTION99
4.3286-4.7640.25671390.14792634X-RAY DIFFRACTION97
4.764-5.45290.21971400.14672659X-RAY DIFFRACTION99
5.4529-6.86840.28251400.17192658X-RAY DIFFRACTION98
6.8684-58.66110.20141410.13722694X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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