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- PDB-4gto: FTase in complex with BMS analogue 14 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gto
タイトルFTase in complex with BMS analogue 14
要素
  • Protein farnesyltransferase subunit betaFarnesyltransferase
  • Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / protein prenylation / inhibitor (酵素阻害剤) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Apoptotic cleavage of cellular proteins / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RAS processing / protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein geranylgeranyltransferase type I / protein farnesylation / positive regulation of tubulin deacetylation / protein farnesyltransferase ...Apoptotic cleavage of cellular proteins / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RAS processing / protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein geranylgeranyltransferase type I / protein farnesylation / positive regulation of tubulin deacetylation / protein farnesyltransferase / protein farnesyltransferase activity / protein farnesyltransferase complex / regulation of fibroblast proliferation / Rab geranylgeranyltransferase activity / protein geranylgeranylation / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / farnesyltranstransferase activity / negative regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / microtubule associated complex / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / positive regulation of Rac protein signal transduction / alpha-tubulin binding / response to inorganic substance / positive regulation of cell cycle / response to cytokine / wound healing / lipid metabolic process / response to organic cyclic compound / receptor tyrosine kinase binding / positive regulation of fibroblast proliferation / fibroblast proliferation / microtubule binding / cell population proliferation / molecular adaptor activity / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / zinc ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Protein farnesyltransferase subunit beta / Protein prenylyltransferase / Prenyltransferase subunit beta / Protein prenyltransferase, alpha subunit / Protein prenyltransferase alpha subunit repeat / Protein prenyltransferases alpha subunit repeat profile. / PFTB repeat / Prenyltransferase and squalene oxidase repeat / Glycosyltransferase - #20 / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid ...Protein farnesyltransferase subunit beta / Protein prenylyltransferase / Prenyltransferase subunit beta / Protein prenyltransferase, alpha subunit / Protein prenyltransferase alpha subunit repeat / Protein prenyltransferases alpha subunit repeat profile. / PFTB repeat / Prenyltransferase and squalene oxidase repeat / Glycosyltransferase - #20 / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / グリコシルトランスフェラーゼ / Alpha/alpha barrel / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Αソレノイド / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7TO / ファルネシル二リン酸 / Protein farnesyltransferase subunit beta / Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Guo, Z. / Stigter, E.A. / Bon, R.S. / Waldmann, H. / Blankenfeldt, W. / Goody, R.S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Development of Selective, Potent RabGGTase Inhibitors
著者: Stigter, E.A. / Guo, Z. / Bon, R.S. / Wu, Y.W. / Choidas, A. / Wolf, A. / Menninger, S. / Waldmann, H. / Blankenfeldt, W. / Goody, R.S.
履歴
登録2012年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
B: Protein farnesyltransferase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,0496
ポリマ－91,8472
非ポリマー1,2024
水10,124562
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7340 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area28990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)172.704, 172.704, 69.586
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha / CAAX farnesyltransferase subunit alpha / FTase-alpha / Ras proteins prenyltransferase subunit alpha ...CAAX farnesyltransferase subunit alpha / FTase-alpha / Ras proteins prenyltransferase subunit alpha / Type I protein geranyl-geranyltransferase subunit alpha / GGTase-I-alpha


分子量: 44098.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Fnta / プラスミド: pGATEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CODON-PLUS RIL (DE3)
参照: UniProt: Q04631, protein farnesyltransferase, protein geranylgeranyltransferase type I
#2: タンパク質 Protein farnesyltransferase subunit beta / Farnesyltransferase / FTase-beta / CAAX farnesyltransferase subunit beta / Ras proteins prenyltransferase subunit beta


分子量: 47749.340 Da / 分子数: 1 / Fragment: C-terminal 10 residues deleted / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Fntb / プラスミド: pET27b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CODON-PLUS RIL (DE3) / 参照: UniProt: Q02293, protein farnesyltransferase

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非ポリマー , 5種, 566分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-7TO / 4-({(3R)-7-cyano-4-[(4-methoxyphenyl)sulfonyl]-1-[(1-methyl-1H-imidazol-5-yl)methyl]-2,3,4,5-tetrahydro-1H-1,4-benzodiazepin-3-yl}methyl)phenyl trifluoromethanesulfonate


分子量: 675.698 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H28F3N5O6S2
#5: 化合物 ChemComp-FPP / FARNESYL DIPHOSPHATE / ファルネシル二りん酸 / ファルネシル二リン酸


分子量: 382.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H28O7P2
#6: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 562 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.29 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% (w/v) PEG 4000, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→29.91 Å / Num. all: 64604 / Num. obs: 63953 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 41 Å2 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 2.15→2.25 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Rsym value: 0.365 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
PHASES位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EU5

3eu5


解像度: 2.15→29.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 12.307 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.629 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22518 3190 5 %RANDOM
Rwork0.18763 ---
obs0.18955 60748 99.02 %-
all-64604 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.48 Å20.74 Å20 Å2
2--1.48 Å20 Å2
3----2.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→29.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5848 0 65 562 6475
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0226109
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.024111
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2381.968318
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.1463.0019953
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7225733
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.47424.097310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.026151010
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8771540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2886
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026816
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021253
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2870.22100
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2730.24492
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.22969
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1080.22617
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2490.2679
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1570.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3030.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2880.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1960.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6891.53625
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1861.51457
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.80625844
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.71232484
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.354.52468
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 242 -
Rwork0.258 4454 -
obs--99.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4681-0.022-0.16810.0140.07290.3854-0.0321-0.0105-0.00950.03440.0090.08410.01150.13280.0231-0.066-0.0134-0.00360.06580.0475-0.0037-6.125266.08849.705
20.1436-0.0624-0.13940.0465-0.03840.6405-0.00880.0321-0.032-0.0038-0.03180.0512-0.13480.11410.0406-0.0152-0.0648-0.02140.02440.0315-0.0137-12.540979.5312-2.6055
30.04960.0272-0.0260.0299-0.02310.01890.00010.00010.00070.0005-0.0007-0.00020.0009-0.00050.0006000000-26.027168.9404-0.5045
40000000000000000.009-0.00090.00060.00930.00070.0109-14.470469.5729-2.375
5116.0436.2606-63.346930.64687.4027101.1939-0.07011.9787-1.0309-0.58120.27280.72951.1359-0.5879-0.20270.0028-0.0053-0.00010.0064-0.00290.0035-10.089967.20334.0198
610.41243.4723-13.29591.1697-4.209921.2637-0.2734-0.52970.29341.165-0.22010.7830.63080.79110.4935-0.0013-0.00210.00130-0.0009-0.0002-17.208472.03023.7531
70.4535-0.0004-0.17690.1754-0.02530.5346-0.00180.01570.0169-0.0033-0.0134-0.0047-0.03550.0970.01520.0071-0.022-0.01010.04940.0180.0525-11.577872.52993.9487
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A54 - 370
2X-RAY DIFFRACTION2B18 - 423
3X-RAY DIFFRACTION3B504
4X-RAY DIFFRACTION4B501
5X-RAY DIFFRACTION5B503
6X-RAY DIFFRACTION6B502
7X-RAY DIFFRACTION7A401 - 668
8X-RAY DIFFRACTION7B601 - 894

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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