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- PDB-5k9s: Importin-alpha in complex with HNF1-beta peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k9s
タイトルImportin-alpha in complex with HNF1-beta peptide
要素
  • HNF1 beta A splice variant 2
  • Importin subunit alpha-1
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Nuclear transport (核輸送)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of pronephros size / pronephric nephron tubule development / ureteric bud elongation / hepatoblast differentiation / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process involved in mesonephric nephron morphogenesis / mesonephric duct formation / mesenchymal cell apoptotic process involved in metanephros development / regulation of branch elongation involved in ureteric bud branching / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process involved in metanephros development / pronephros development ...regulation of pronephros size / pronephric nephron tubule development / ureteric bud elongation / hepatoblast differentiation / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process involved in mesonephric nephron morphogenesis / mesonephric duct formation / mesenchymal cell apoptotic process involved in metanephros development / regulation of branch elongation involved in ureteric bud branching / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process involved in metanephros development / pronephros development / Nephron development / Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells / inner cell mass cell differentiation / endodermal cell fate specification / genitalia development / embryonic digestive tract morphogenesis / Sensing of DNA Double Strand Breaks / hindbrain development / endocrine pancreas development / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / regulation of Wnt signaling pathway / 膵臓 / insulin secretion / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / anterior/posterior pattern specification / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / branching morphogenesis of an epithelial tube / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / response to glucose / Notchシグナリング / 宿主 / epithelial cell proliferation / kidney development / transcription coregulator binding / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / postsynaptic density / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / クロマチン / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / DNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Hepatocyte nuclear factor 1, beta isoform, C-terminal / Hepatocyte nuclear factor 1, N-terminal domain superfamily / Hepatocyte nuclear factor 1 / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), beta isoform C terminus / Hepatocyte nuclear factor 1, N-terminal / HNF-1, dimerization domain / HNF-1, POU-specific (POUs) atypical domain / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), N terminus / POU-specific (POUs) atypical domain profile. / HNF-1 dimerization (HNF-p1) domain profile. ...Hepatocyte nuclear factor 1, beta isoform, C-terminal / Hepatocyte nuclear factor 1, N-terminal domain superfamily / Hepatocyte nuclear factor 1 / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), beta isoform C terminus / Hepatocyte nuclear factor 1, N-terminal / HNF-1, dimerization domain / HNF-1, POU-specific (POUs) atypical domain / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), N terminus / POU-specific (POUs) atypical domain profile. / HNF-1 dimerization (HNF-p1) domain profile. / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / 'Homeobox' domain signature. / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / 'Homeobox' domain profile. / ホメオボックス / Homeobox domain / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily / Armadillo-like helical / Αソレノイド / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Hepatocyte nuclear factor 1-beta / Importin subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wiedmann, M.M. / Aibara, S. / Spring, D.R. / Stewart, M. / Brenton, J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)U105178939 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Importin-alpha in complex with HNF1-beta peptide
著者: Wiedmann, M.M. / Aibara, S. / Spring, D.R. / Stewart, M. / Brenton, J.
履歴
登録2016年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Importin subunit alpha-1
B: HNF1 beta A splice variant 2
C: HNF1 beta A splice variant 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6143
ポリマ－52,6143
非ポリマー00
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area19800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.380, 111.394, 129.358
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha-1 / / Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit ...Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit / PTAC58 / RAG cohort protein 1 / SRP1-alpha


分子量: 49644.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kpna2, Rch1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P52293
#2: タンパク質・ペプチド HNF1 beta A splice variant 2


分子量: 1484.815 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HNF1B / 発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P35680*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.85 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% PEG 8K, 0.09 M NPS, 20% ethylene glycol, 0.1 M Buffer 1 (Morpheus I)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97624 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97624 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→129.4 Å / Num. obs: 23388 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
xia2データ削減
Aimless0.5.16データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U54

4u54


解像度: 2.4→65.712 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2211 1204 5.15 %Random
Rwork0.1852 ---
obs0.1872 23358 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→65.712 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3447 0 0 53 3500
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083505
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7974761
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.651302
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043568
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005610
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.49610.35481170.26192426X-RAY DIFFRACTION100
2.4961-2.60970.2841410.23772419X-RAY DIFFRACTION100
2.6097-2.74730.24091110.22112454X-RAY DIFFRACTION100
2.7473-2.91940.26971310.22032442X-RAY DIFFRACTION100
2.9194-3.14480.26391310.21762460X-RAY DIFFRACTION100
3.1448-3.46130.24391340.22092434X-RAY DIFFRACTION100
3.4613-3.96210.21291540.18692444X-RAY DIFFRACTION100
3.9621-4.99160.19161460.14812482X-RAY DIFFRACTION100
4.9916-65.73680.19471390.16212593X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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