PDB-5iix: Crystal structure of Equine Serum Albumin in the presence of 15 m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5iix

タイトル

Crystal structure of Equine Serum Albumin in the presence of 15 mM zinc at pH 6.5

要素

Serum albumin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Handing, K.B. / Shabalin, I.G. / Cooper, D.R. / Gasiorowska, O.A. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	1R01GM117325-01	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	5U54GM094662-05	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM053163	米国

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2016
タイトル: Circulatory zinc transport is controlled by distinct interdomain sites on mammalian albumins.
著者: Handing, K.B. / Shabalin, I.G. / Kassaar, O. / Khazaipoul, S. / Blindauer, C.A. / Stewart, A.J. / Chruszcz, M. / Minor, W.

履歴

登録	2016年3月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2017年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.3	2022年3月23日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.4	2022年4月13日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5iix.cif.gz	253.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5iix.ent.gz	204.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5iix.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5iix_validation.pdf.gz	433.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5iix_full_validation.pdf.gz	433.7 KB	表示
XML形式データ	5iix_validation.xml.gz	24.4 KB	表示
CIF形式データ	5iix_validation.cif.gz	36.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/5iix ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/5iix	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5iihSC 5iiuC 5ij5C 5ijeC 5ijfC 3v08 5hoz S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6mdq-d 6ocj-d 533 3v09-d 2bxc-1 3v03-2 5ije-d 3 4iw1-d 5v0v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-491003

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (10) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (9) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (9) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (8) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (10)
#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (9)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (9)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (8)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Serum albumin

ヘテロ分子

67.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.313, 94.313, 141.485
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Serum albumin 分子量: 65768.086 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 25-607 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P35747
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	IN CONTRAST WITH THE PREVIOUSLY DEPOSITED IN PDB STRUCTURES OF EQUUS CABALLUS SA (PDB IDS: 3V08, ...IN CONTRAST WITH THE PREVIOUSLY DEPOSITED IN PDB STRUCTURES OF EQUUS CABALLUS SA (PDB IDS: 3V08, 4J2V, 4OT2, 4F5U, AND 4F5T), A SINGLE POINT MUTATION, R561A, IS OBSERVED. THE LONG ARGININE SIDE CHAIN CANNOT BE MODELED IN THIS POSITION DUE TO STERIC CLASHES WITH THE NEARBY DISULFIDE BOND CONNECTING CYS567 AND CYS558 AND A SYMMETRY-RELATED COPY OF THE MOLECULE. MOREOVER, THERE IS NO 2MFO-DFC OMIT MAP SUPPORTING PLACEMENT OF THE SIDE CHAIN. PROTEIN WAS PURIFIED FROM NATURAL SOURCE, THEREFORE THERE MAY BE NATURALLY OCCURRING MUTATION. ACCORDING TO THE NCBI DATABASE, THIS MUTATION IS CHARACTERISTIC FOR EQUUS FERUS PRZEWALSKII, A RARE SUBSPECIES OF WILD HORSE FROM CENTRAL ASIA (ACCESSION CODE: XP_008524663.1). HOWEVER IT IS POSSIBLE THAT THERE IS AN ERROR IN THE EQUUS CABALLUS SA SEQUENCE, OR THE OBSERVED MUTATION NATURALLY OCCURS IN THAT SPECIES.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.47 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1 ul of 30 mg/ml protein in 10 mM Tris pH 7.5 and 150 mM NaCl buffer was mixed with 1 ul of the well condition (0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris:HCl, 2.0 M (NH4)2SO4, 5 mM ZnCl2, final pH 6.5) and ...詳細: 1 ul of 30 mg/ml protein in 10 mM Tris pH 7.5 and 150 mM NaCl buffer was mixed with 1 ul of the well condition (0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris:HCl, 2.0 M (NH4)2SO4, 5 mM ZnCl2, final pH 6.5) and equilibrated against well solution in 15 Well Crystallization Plate (Qiagen). Crystals were soaked with 50 mM ZnCl2 in 100 mM Tris, final pH 6.5, to final concentration of 15 mM

結晶

マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.47 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1 ul of 30 mg/ml protein in 10 mM Tris pH 7.5 and 150 mM NaCl buffer was mixed with 1 ul of the well condition (0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris:HCl, 2.0 M (NH4)2SO4, 5 mM ZnCl2, final pH 6.5) and ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月4日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→80.01 Å / Num. obs: 36226 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.089 / R_sym value: 0.089 / Net I/av σ(I): 31.053 / Net I/σ(I): 7.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.2-2.24	7.5	0.795	1	100
2.24-2.28	7.7	0.762	1	100
2.28-2.32	7.7	0.616	1	100
2.32-2.37	7.7	0.526	1	100
2.37-2.42	7.7	0.435	1	100
2.42-2.48	7.7	0.36	1	100
2.48-2.54	7.7	0.308	1	100
2.54-2.61	7.7	0.266	1	100
2.61-2.69	7.7	0.23	1	100
2.69-2.77	7.7	0.202	1	100
2.77-2.87	7.8	0.176	1	100
2.87-2.99	7.8	0.137	1	99.9
2.99-3.12	7.7	0.115	1	99.9
3.12-3.29	7.7	0.097	1	100
3.29-3.49	7.7	0.078	1	100
3.49-3.76	7.7	0.072	1	100
3.76-4.14	7.6	0.066	1	100
4.14-4.74	7.5	0.062	1	100
4.74-5.97	7.6	0.057	1	100
5.97-80	7.3	0.054	1	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MD2		データ収集
HKL-3000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8.0135	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IIH

5iih

解像度: 2.2→80.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 12.659 / SU ML: 0.167 / SU R Cruickshank DPI: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.23 / ESU R Free: 0.192
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2276	1830	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1782	-	-	-
obs	0.1807	34324	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 151.65 Å² / B_iso mean: 57.969 Å² / B_iso min: 28.58 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.97 Å²	0.48 Å²	0 Å²
2-	-	0.97 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→80.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4484	0	50	364	4898
B_iso mean	-	-	76.38	57.3	-
残基数	-	-	-	-	577

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	4667
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	4301
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.219	1.984	6291
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.921	3	9900
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.085	5	575
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.56	24.952	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.431	15	788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.479	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	696
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	5164
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	968
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.629	3.38	2306
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.629	3.379	2305
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.852	5.051	2879

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.301	141	-
R_work	0.256	2513	-
all	-	2654	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.4022	1.1829	0.8636	1.4292	0.5006	1.1657	-0.3149	0.4685	0.5181	-0.1283	0.1364	0.0191	-0.1648	0.1611	0.1785	0.1543	-0.0322	-0.0268	0.2075	0.0626	0.1428	58.931	-20.971	23.785
2	6.4608	-6.1278	3.3648	5.9193	-2.9792	3.4646	-0.4117	-0.1291	0.8669	0.4377	0.2074	-0.8802	-0.4119	0.1379	0.2043	0.1669	-0.0177	-0.0254	0.2249	-0.0465	0.1945	64.853	-13.958	31.75
3	5.156	-0.6858	-1.7157	4.1473	2.2357	2.3152	0.0102	0.2703	0.1793	-0.3243	0.116	-0.1024	-0.4131	0.1796	-0.1261	0.2282	0.008	0.0703	0.1584	0.0433	0.0998	51.963	-6.163	20.299
4	6.5247	-0.8146	0.2528	7.3342	9.5617	15.0242	-0.2135	1.0443	0.2405	-0.4251	-0.2266	0.5197	-0.5691	-0.38	0.4401	0.3308	-0.0576	-0.0573	0.3516	0.1793	0.1727	41.713	-17.938	13.232
5	4.5631	-0.5559	-4.6866	10.8372	2.7936	6.9835	-0.2848	0.6761	-0.1035	-0.7899	0.3201	-0.4622	0.0555	0.3205	-0.0354	0.0881	-0.1054	0.0439	0.7886	-0.1906	0.1338	56.896	-34.903	8.053
6	5.2973	-0.7157	-0.9306	0.8353	0.3444	2.0088	-0.251	0.657	-0.5922	-0.0544	0.1169	0.0809	0.2692	0.2549	0.1342	0.1643	-0.0362	0.0044	0.2576	-0.0263	0.1292	44.336	-31.313	18.802
7	4.8082	1.1504	0.3675	0.9159	0.3548	1.1311	-0.0793	-0.2905	0.0413	0.128	0.0603	-0.0625	0.0996	0.0514	0.019	0.1467	0.0311	-0.0283	0.2315	0.0676	0.0974	41.678	-28.959	38.735
8	4.4919	0.4417	-1.9334	1.7456	-0.3153	4.3298	-0.0295	0.141	-0.5125	-0.011	0.0609	-0.2743	0.475	0.1546	-0.0315	0.177	0.0431	-0.0294	0.2504	0.1011	0.1943	38.928	-41.122	38.91
9	6.8982	3.97	-1.8126	17.771	3.1976	2.4868	-0.0072	-1.4225	0.1453	0.3164	-0.0684	-0.0112	-0.4061	0.6045	0.0756	0.5408	-0.1386	-0.2206	0.5073	-0.0394	0.1862	19.68	-24.233	55.31
10	3.1513	-0.4548	-1.6697	1.9407	-0.7989	4.1825	0.0646	-0.2708	0.2145	0.3347	-0.1313	0.118	-0.413	0.1733	0.0666	0.2078	-0.0636	-0.0256	0.1496	0.022	0.089	18.619	-27.503	44.185
11	1.1527	0.0473	0.2891	1.1109	0.3782	2.1412	-0.0984	0.017	-0.0832	0.1242	0.0171	-0.0118	0.1296	-0.0207	0.0812	0.1418	-0.0647	0.0142	0.1806	-0.0311	0.0697	20.209	-31.289	14.389
12	1.4714	0.3338	0.1006	6.6607	-2.0278	3.5223	-0.0627	-0.0951	-0.0252	0.0461	-0.0103	0.0575	0.129	-0.1186	0.0731	0.1247	-0.0021	-0.0225	0.1916	0.0028	0.1377	24.943	-24.366	22.883
13	1.5487	0.0147	0.2527	1.3882	0.5555	5.1992	-0.1811	0.2988	0.0297	-0.2547	0.2115	-0.0335	-0.3798	-0.0515	-0.0304	0.1588	-0.1678	-0.0163	0.2338	0.0373	0.1137	21.169	-23.269	3.148
14	0.9755	0.1665	0.8743	0.7449	0.2302	2.3005	-0.1868	0.2908	-0.0639	-0.2825	0.2581	0.0075	-0.2655	0.1876	-0.0713	0.1872	-0.1673	0.0014	0.2388	-0.0316	0.0412	16.252	-28.255	-5.285

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 49
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	50 - 71
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	72 - 102
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	103 - 116
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	117 - 136
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	137 - 209
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	210 - 266
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	267 - 306
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	307 - 321
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	322 - 380
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	381 - 437
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	438 - 483
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	484 - 523
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	524 - 583

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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