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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5icy | |||||||||
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タイトル | Cetuximab Fab in complex with linear meditope | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Bzymek, K.P. / Williams, J.C. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cyclization strategies of meditopes: affinity and diffraction studies of meditope-Fab complexes. 著者: Bzymek, K.P. / Ma, Y. / Avery, K.A. / Horne, D.A. / Williams, J.C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 192.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 151.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23287.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS, HOMO SAPIENS / 発現宿主: unidentified (未定義) #2: 抗体 | 分子量: 23708.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS, HOMO SAPIENS / 発現宿主: unidentified (未定義) #3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1440.626 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / ![]() #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.92 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M CITRIC ACID, 0.1 M SODIUM HYDROGEN PHOSPHATE, 0.4 M POTASSIUM HYDROGEN PHOSPHATE, 1.6 M SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE, PH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K PH範囲: 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年1月10日 |
放射 | モノクロメーター: VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.5→34.82 Å / Num. obs: 40040 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.68 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 20.15 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.57 Å / 冗長度: 3.53 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 5.87 / % possible all: 96.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 4gw1 解像度: 2.5→34.82 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 19.29
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→34.82 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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