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- PDB-5i95: Crystal Structure of Human Mitochondrial Isocitrate Dehydrogenase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i95
タイトルCrystal Structure of Human Mitochondrial Isocitrate Dehydrogenase R140Q Mutant Homodimer bound to NADPH and alpha-Ketoglutaric acid
要素Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / IDH / ICD-M / IDP NADP(+)-specific ICDH Oxalosuccinate decarboxylase / aKG / alphaKG / oxo-glutarate.
機能・相同性
機能・相同性情報


Citric acid cycle (TCA cycle) / isocitrate metabolic process / イソクエン酸デヒドロゲナーゼ / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / 2-oxoglutarate metabolic process / NADP metabolic process / グリオキシル酸回路 / クエン酸回路 / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / ペルオキシソーム ...Citric acid cycle (TCA cycle) / isocitrate metabolic process / イソクエン酸デヒドロゲナーゼ / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / 2-oxoglutarate metabolic process / NADP metabolic process / グリオキシル酸回路 / クエン酸回路 / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / ペルオキシソーム / NAD binding / carbohydrate metabolic process / ミトコンドリアマトリックス / magnesium ion binding / ミトコンドリア / extracellular exosome / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / 2-OXOGLUTARIC ACID / Chem-NDP / Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Zhang, B. / Jin, L. / Wu, W. / Jiang, F. / DeLaBarre, B. / Travins, J.A. / Padyana, A.K.
引用
ジャーナル: Cancer Discov / 年: 2017
タイトル: AG-221, a First-in-Class Therapy Targeting Acute Myeloid Leukemia Harboring Oncogenic IDH2 Mutations.
著者: Yen, K. / Travins, J. / Wang, F. / David, M.D. / Artin, E. / Straley, K. / Padyana, A. / Gross, S. / DeLaBarre, B. / Tobin, E. / Chen, Y. / Nagaraja, R. / Choe, S. / Jin, L. / Konteatis, Z. / ...著者: Yen, K. / Travins, J. / Wang, F. / David, M.D. / Artin, E. / Straley, K. / Padyana, A. / Gross, S. / DeLaBarre, B. / Tobin, E. / Chen, Y. / Nagaraja, R. / Choe, S. / Jin, L. / Konteatis, Z. / Cianchetta, G. / Saunders, J.O. / Salituro, F.G. / Quivoron, C. / Opolon, P. / Bawa, O. / Saada, V. / Paci, A. / Broutin, S. / Bernard, O.A. / de Botton, S. / Marteyn, B.S. / Pilichowska, M. / Xu, Y. / Fang, C. / Jiang, F. / Wei, W. / Jin, S. / Silverman, L. / Liu, W. / Yang, H. / Dang, L. / Dorsch, M. / Penard-Lacronique, V. / Biller, S.A. / Su, S.M.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Targeted inhibition of mutant IDH2 in leukemia cells induces cellular differentiation
著者: Wang, F. / Travins, J. / DeLaBarre, B. / Penard-Lacronique, V. / Schalm, S. / Hansen, E. / Straley, K. / Kernytsky, A. / Liu, W. / Gliser, C. / Yang, H. / Gross, S. / Artin, E. / Saada, V. / ...著者: Wang, F. / Travins, J. / DeLaBarre, B. / Penard-Lacronique, V. / Schalm, S. / Hansen, E. / Straley, K. / Kernytsky, A. / Liu, W. / Gliser, C. / Yang, H. / Gross, S. / Artin, E. / Saada, V. / Mylonas, E. / Quivoron, C. / Popovici-Muller, J. / Saunders, J.O. / Salituro, F.G. / Yan, S. / Murray, S. / Wei, W. / Gao, Y. / Dang, L. / Dorsch, M. / Agresta, S. / Schenkein, D.P. / Biller, S.A. / Su, S.M. / de Botton, S. / Yen, K.E.
履歴
登録2016年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月8日Group: Structure summary
改定 1.22017年5月10日Group: Database references
改定 1.32017年7月5日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: entity / struct_ref_seq_dif / Item: _entity.pdbx_mutation / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4909
ポリマ－48,1311
非ポリマー1,3598
水10,611589
1
A: Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial
ヘテロ分子

A: Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,98018
ポリマ－96,2622
非ポリマー2,71816
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-1/21
Buried area14150 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area30320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.178, 154.875, 93.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1188-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial / IDH / ICD-M / IDP / NADP(+)-specific ICDH / Oxalosuccinate decarboxylase


分子量: 48130.855 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 40-452 / 変異: R140Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH2 / プラスミド: pET-41a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P48735, イソクエン酸デヒドロゲナーゼ

-
非ポリマー , 6種, 597分子

#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸 / Α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 589 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 200 mM magnesium acetate, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 20% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97916 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→29.83 Å / Num. obs: 72657 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 1.054 / Net I/av σ(I): 19.495 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 350607
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.54-1.64.30.534198.3
1.6-1.664.80.4199.5
1.66-1.734.80.306199.5
1.73-1.834.90.222199.8
1.83-1.944.80.182199.9
1.94-2.094.90.119199.9
2.09-2.34.90.0851100
2.3-2.6350.0681100
2.63-3.3250.0761100
3.32-504.80.037198.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JA8

4ja8


解像度: 1.54→29.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.243 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1742 3624 5 %RANDOM
Rwork0.1422 ---
obs0.1438 68300 99.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.4 Å2 / Biso mean: 17.449 Å2 / Biso min: 4.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.54→29.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3281 0 88 591 3960
Biso mean--19.22 33.71 -
残基数----413
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0193634
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023470
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4311.9734936
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.36238033
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2815458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.89324.303165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.93315656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1461521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1470.2534
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.024105
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02840
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5971.3471730
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5921.3451728
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2772.0162182
LS精密化 シェル解像度: 1.54→1.58 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 262 -
Rwork0.243 4965 -
all-5227 -
obs--98.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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