PDB-4l06: Crystal Structure Analysis of human IDH1 mutants in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4l06

タイトル

Crystal Structure Analysis of human IDH1 mutants in complex with NADP+ and Ca2+/alpha-Ketoglutarate

要素

Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

cytosolic (細胞質基質)

機能・相同性

機能・相同性情報

Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process /

イソクエン酸デヒドロゲナーゼ /

isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / 2-oxoglutarate metabolic process / NADP metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.282 Å

データ登録者

Concha, N.O. / Smallwood, A.M.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Mutant IDH1 Enhances the Production of 2-Hydroxyglutarate Due to Its Kinetic Mechanism.
著者: Rendina, A.R. / Pietrak, B. / Smallwood, A. / Zhao, H. / Qi, H. / Quinn, C. / Adams, N.D. / Concha, N. / Duraiswami, C. / Thrall, S.H. / Sweitzer, S. / Schwartz, B.

履歴

登録	2013年5月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4l06.cif.gz	951.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4l06.ent.gz	798.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4l06.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/4l06 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/4l06	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4kzoC 4l03C 4l04C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4l04-2 6ajc-1 2qfx-1 4l04-3 1t0l-1 4l04-1 5svn-d 2qfx-3 3inm-1 2qfx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (7) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (5) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

B: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

C: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

D: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

E: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

F: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

ヘテロ分子

294 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

B: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
98.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

D: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
98.1 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

F: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
98.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	96.220, 116.550, 275.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic / IDH / Cytosolic NADP-isocitrate dehydrogenase / IDP / NADP(+)-specific ICDH / Oxalosuccinate decarboxylase 分子量: 48106.645 Da / 分子数: 6 / 変異: Y139D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH1, PICD / プラスミド: pET41a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) 参照: UniProt: O75874, イソクエン酸デヒドロゲナーゼ
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸分子量: 743.405 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#4: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸 / Α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.07 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.9 詳細: 16-20% PEG MME 2000, 100mM MES, pH 6.9, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9786 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD

放射

モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9786 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.282→72.17 Å / Num. obs: 141183 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 9.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.282-2.49	6.6	0.643	1	87.6
2.49-2.59	6.7	0.501	1	88.5
2.59-2.7	6.6	0.38	1	89.8
2.7-2.85	6.6	0.273	1	91.6
2.85-3.02	6.5	0.192	1	94.1
3.02-3.26	6.4	0.131	1	96.3
3.26-3.58	6.3	0.103	1	98.1
3.58-4.1	6.1	0.095	1	98.8
4.1-5.17	5.9	0.074	1	97.5
5.17-50	6.7	0.069	1	97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.282→72.166 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2702	7077	5.01 %
R_work	0.2241	-	-
obs	0.2265	141182	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.773 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.282→72.166 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19310	0	354	129	19793

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	20113
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.887	27241
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.233	7414
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	2961
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3484

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.282-2.3078	0.3489	217	0.3172	4413	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3078-2.335	0.369	257	0.3227	4442	X-RAY DIFFRACTION	100
2.335-2.3634	0.3743	206	0.3285	4431	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3634-2.3934	0.3782	222	0.3287	4445	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3934-2.4248	0.3782	258	0.3112	4377	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4248-2.4581	0.3405	255	0.2999	4376	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4581-2.4932	0.3341	209	0.3092	4470	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4932-2.5304	0.4001	243	0.3039	4461	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5304-2.5699	0.3441	254	0.299	4368	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5699-2.6121	0.3363	219	0.2898	4479	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6121-2.6571	0.3595	244	0.2907	4419	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6571-2.7054	0.3251	233	0.2783	4448	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7054-2.7575	0.3461	239	0.2807	4441	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7575-2.8138	0.3516	216	0.2705	4438	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8138-2.875	0.3084	231	0.2685	4431	X-RAY DIFFRACTION	100
2.875-2.9418	0.3282	235	0.2682	4460	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9418-3.0154	0.295	240	0.2591	4481	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0154-3.0969	0.3008	226	0.2541	4461	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0969-3.1881	0.2977	258	0.246	4420	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1881-3.291	0.3346	250	0.2478	4448	X-RAY DIFFRACTION	100
3.291-3.4086	0.3316	207	0.2389	4517	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4086-3.5451	0.2762	229	0.2272	4482	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5451-3.7064	0.262	257	0.2101	4475	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7064-3.9018	0.2419	261	0.2049	4459	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9018-4.1462	0.2214	229	0.1931	4520	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1462-4.4663	0.2324	238	0.1718	4511	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4663-4.9157	0.2097	229	0.1599	4551	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9157-5.6268	0.1997	248	0.1737	4571	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6268-7.0882	0.2131	216	0.1958	4626	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0882-72.2025	0.197	251	0.1792	4684	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1721	0.1151	0.0553	0.3613	-0.0524	0.3813	0.083	0.0556	-0.0387	0.5766	0.0765	-0.3036	-0.0734	-0.0091	0.063	0.3233	0.0582	-0.2387	0.1918	-0.0447	0.157	23.8626	-10.5494	-26.647
2	0.4545	0.1277	-0.1942	0.5635	-0.2744	0.7648	0.0211	0.085	-0.3407	0.2211	0.025	-0.2721	0.4189	-0.1417	-0.0414	0.3744	-0.0356	-0.1234	0.2585	-0.0235	0.3348	20.8262	-41.2937	-30.6764
3	0.0616	0.039	-0.0261	0.0089	0.013	0.0135	0.1236	-0.0613	-0.0609	0.0413	0.1616	-0.055	0.0678	0.3071	0.2983	-0.59	-0.0311	-0.0155	0.1184	-0.3226	-0.168	69.1809	-44.3678	-70.8514
4	0.0265	0.0558	-0.0351	0.0634	-0.0226	-0.0136	0.1302	-0.1376	0.3965	0.2227	0.1726	-0.0239	-0.3985	0.3203	0.314	-0.2386	-0.453	0.3746	0.2646	-0.2137	0.4412	68.8748	-13.9801	-67.8209
5	0.0205	0.0169	0.0214	0.0203	-0.0136	0.0283	-0.009	0.0525	-0.1754	0.3145	0.1505	0.146	0.1122	0.0322	0.1397	0.1173	-0.0025	0.5358	0.0188	0.0139	-0.3262	73.5155	10.6589	-25.7802
6	0.0309	0.007	0.0313	0.0344	0.0057	0.0299	-0.0048	0.1017	0.1695	0.1952	0.0313	-0.0004	-0.204	0.0831	-0.0037	0.2875	-0.0477	0.2958	0.0391	-0.1672	-0.2921	76.2089	41.3576	-29.817

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 3:415
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B and resid 3:414
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C and resid 3:413
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D and resid 4:414
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E and resid 3:415
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F and resid 3:414

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)