PDB-5hzp: Structure of human C4b-binding protein alpha chain CCP domains 1 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hzp

タイトル

Structure of human C4b-binding protein alpha chain CCP domains 1 and 2 in complex with the hypervariable region of group A Streptococcus M49 protein.

要素

C4b-binding protein alpha chain
M protein, serotype 49

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) / M protein / Compliment /

Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) / hypervariable antigen

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of opsonization / response to symbiotic bacterium / negative regulation of complement activation, classical pathway / T cell mediated immunity /

細胞壁 / : /

食作用 /

complement activation, classical pathway /

Regulation of Complement cascade / positive regulation of protein catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes serotype M49 (化膿レンサ球菌)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.74 Å

データ登録者

Buffalo, C.Z. / Bahn-Suh, A.J. / Ghosh, P.

資金援助

米国, 4件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	t32 GM007240	米国
American Heart Association	14PRE18320032	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01 AI096837	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01 AI077780	米国

引用

ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2016
タイトル: Conserved patterns hidden within group A Streptococcus M protein hypervariability recognize human C4b-binding protein.
著者: Buffalo, C.Z. / Bahn-Suh, A.J. / Hirakis, S.P. / Biswas, T. / Amaro, R.E. / Nizet, V. / Ghosh, P.

履歴

登録	2016年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月26日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2017年10月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hzp.cif.gz	174.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hzp.ent.gz	147.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hzp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/5hzp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/5hzp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hypC 5hytC 5hyuC 5i0qC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7cml-d 1qb3-d 4oiz-d 2j2z-1 2wtr-d 1fnn-d 1i4d-d 2r88-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (5) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (5)

登録構造単位

C: M protein, serotype 49

A: M protein, serotype 49

B: C4b-binding protein alpha chain

D: C4b-binding protein alpha chain

ヘテロ分子

50.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.068, 78.068, 345.343
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	M protein, serotype 49 分子量: 10529.470 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 42-127 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M49 (化膿レンサ球菌) 遺伝子: emm49 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16947
#2: タンパク質	C4b-binding protein alpha chain / C4bp / Proline-rich protein / PRP 分子量: 14340.655 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 49-172 / Mutation: L29M,L46M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C4BPA, C4BP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04003
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.9 / 詳細: 1.6 M Sodium Potassium Phosphate pH 6.9.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.74→71.135 Å / Num. obs: 29382 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.4 % / CC_1/2: 0.61 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 2.74→2.89 Å / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	位相決定

精密化

解像度: 2.74→71.135 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.25

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3132	1989	6.93 %
R_work	0.2546	-	-
obs	0.2586	28700	97.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.74→71.135 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3146	0	25	20	3191

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3236
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.219	4353
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.774	1219
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	456
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	573

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7405-2.8384	0.4309	170	0.4211	2279	X-RAY DIFFRACTION	86
2.8384-2.9521	0.4578	194	0.3871	2611	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9521-3.0865	0.4182	196	0.3624	2637	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0865-3.2492	0.3908	200	0.3385	2667	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2492-3.4527	0.3717	198	0.3105	2636	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4527-3.7193	0.3254	201	0.2502	2704	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7193-4.0936	0.2966	200	0.199	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0936-4.6858	0.2257	203	0.1853	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6858-5.9032	0.2905	208	0.2184	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9032-71.1593	0.2906	219	0.249	2976	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.6386	6.4482	-0.8494	4.9889	-0.9173	0.5407	-1.0408	1.195	-2.1128	-1.7394	0.0054	-1.4292	0.6715	-0.0694	1.0329	1.2597	-0.61	0.3231	2.3958	-0.1046	1.1473	-17.6194	15.4771	11.5892
2	0.0328	-0.0013	0.1384	0.1799	-0.9153	5.7553	-0.0571	0.4266	0.2936	0.2294	0.087	0.0608	-0.2884	-0.5069	-0.0653	0.8816	-0.2828	0.0424	1.4586	0.1132	0.1503	-17.2597	22.024	64.6805
3	0.6182	-0.0646	-0.5912	0.253	-0.2362	6.3948	-0.0448	0.3876	-0.0892	0.1685	-0.0504	0.1469	-0.1017	-0.0218	-0.0125	0.8162	-0.1016	-0.0079	1.4453	0.024	0.1876	-13.3581	16.1092	60.7673
4	1.3832	0.7936	0.2374	0.4532	0.1339	0.0394	0.1233	0.0119	-0.9849	2.0525	-0.7648	-0.7191	-1.4923	0.6475	0.6182	1.5447	-0.2496	-0.1691	1.9875	0.5633	1.1781	-1.8491	-4.0548	46.7022
5	4.2925	2.8331	-1.5418	6.6799	-4.34	5.8733	-0.0339	-1.1898	-1.3568	1.2411	-0.2149	-0.234	0.9947	-0.1504	0.2368	1.5051	-0.3207	0.0641	2.1035	0.3944	0.7511	-3.3863	2.3982	48.541
6	7.527	4.639	5.2026	3.956	3.0782	3.8769	-0.4651	-2.9854	2.3941	1.9385	-0.5554	0.6937	-1.6886	-0.1303	1.0451	2.2384	0.347	-0.1085	2.1064	-0.4807	1.0514	-26.9523	42.6573	50.9353
7	6.1689	5.504	6.4669	4.9646	5.9583	7.4271	-0.1484	-3.9159	2.1539	2.7506	-1.082	1.5027	-0.5819	-1.0749	1.189	2.8186	0.5532	-0.0224	2.9533	-0.6086	1.4739	-29.9657	41.8504	59.2735
8	8.639	1.48	6.6497	3.5321	-1.0909	6.6343	0.1295	-3.3263	0.8441	3.9637	0.3583	-0.0408	0.6182	-0.1583	-0.4685	1.8831	-0.0186	0.1013	2.4608	-0.0086	0.6919	-26.221	34.6101	53.1158
9	4.5584	-1.3809	5.7702	3.6354	-0.3954	7.8766	-0.1223	-0.2357	0.0356	1.4339	0.2406	-0.3716	-0.2572	1.367	-0.172	1.2194	0.1527	0.0475	1.7718	0.0026	0.4162	-22.7489	29.9436	44.7437
10	6.5601	-3.5983	0.1637	3.8375	-3.0382	5.4875	-0.3379	-2.3158	1.2971	2.9744	0.5429	-1.2649	-2.7343	1.4561	-0.2166	2.8717	0.2049	-0.6098	2.7759	-0.5359	1.5185	-18.9645	45.1586	55.5288
11	2.3347	-0.3916	-3.6706	1.1424	0.3111	5.85	-0.5189	-1.167	1.1757	1.4477	0.5656	-0.5644	-1.6143	1.1592	-0.0916	1.4929	0.452	-0.2503	2.2395	-0.4975	0.9356	-20.7733	37.3867	45.6474
12	3.8986	-0.4365	4.1184	2.7562	-1.6595	4.8861	0.0938	0.6018	-0.2323	-0.0485	0.2676	-0.148	1.5082	0.7577	-0.4276	0.7108	-0.0951	-0.0704	1.7723	0.1569	0.3539	-25.7238	19.9273	22.5483
13	2.68	-0.4462	-1.6463	7.829	3.2338	2.0002	-0.0339	0.1524	0.0708	-0.8308	0.1438	-0.1933	-1.1199	0.6761	-0.1002	0.6114	-0.1484	-0.0222	1.7626	0.1527	0.4326	-24.6859	29.0206	22.7374
14	1.0535	-0.1707	-0.5955	1.9547	-0.4073	3.3394	0.1873	-0.0723	0.2713	-0.4335	-0.1039	0.112	0.0644	-0.0397	0.0563	0.8839	-0.2128	0.0419	1.502	-0.0281	-0.1313	1.2016	20.8753	19.5173
15	1.9079	-2.7491	-2.2569	3.9896	3.2264	2.7102	0.0298	0.6695	-0.2369	-1.5197	-0.0817	0.1246	-0.4643	-0.9614	-0.0159	1.237	-0.2512	-0.0302	2.1234	0.1177	0.561	-32.3323	24.9428	11.5805
16	1.0178	-0.9108	-1.1496	3.7789	1.7299	4.2471	0.018	-0.0026	-0.0821	0.0585	-0.0235	0.2596	0.5647	-0.6277	0.1498	0.9238	-0.1492	0.0872	1.8169	0.258	0.0393	-33.8976	22.9556	24.5674

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 56 through 60 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 61 through 126 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 56 through 126 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 0 through 10 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 11 through 62)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 0 through 13 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 14 through 27 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 28 through 33 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 34 through 44 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 45 through 53 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 54 through 62 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 63 through 73 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 74 through 86 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 63 through 124)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 87 through 102 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 103 through 124 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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