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- PDB-5hd8: Crystal structure of disulfide cross-linked D417C ClC-ec1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hd8
タイトルCrystal structure of disulfide cross-linked D417C ClC-ec1
要素
  • FAB FRAGMENT (HEAVY CHAIN)
  • FAB FRAGMENT (LIGHT CHAIN)
  • H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / antiporter (アンチポート) / membrane exchanger
機能・相同性
機能・相同性情報


chloride:proton antiporter activity / cellular stress response to acidic pH / voltage-gated chloride channel activity / chloride transmembrane transport / proton transmembrane transport / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Clc chloride channel / Clc chloride channel / Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / クロライドチャネル / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Orthogonal Bundle ...Clc chloride channel / Clc chloride channel / Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / クロライドチャネル / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Mathews, I.I. / Khantwal, C.M. / Maduke, M.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1021472 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54-GM087519 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM086749 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)P41-RR05969 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Conformational change in CLC transporters: beyond the rotation of Gluex
著者: Khantwal, C.M. / Abraham, S.J. / Han, W. / Jiang, T. / Chavan, T.S. / Cheng, R.C. / Elvington, S.M. / Liu, C.W. / Mathews, I.I. / Stein, R.A. / Mchaourab, H.S. / Tajkhorshid, E. / Maduke, M.
履歴
登録2016年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
B: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
C: FAB FRAGMENT (HEAVY CHAIN)
D: FAB FRAGMENT (LIGHT CHAIN)
E: FAB FRAGMENT (HEAVY CHAIN)
F: FAB FRAGMENT (LIGHT CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,03510
ポリマ－189,8936
非ポリマー1424
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17530 Å2
ΔGint-154 kcal/mol
Surface area66480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)231.740, 96.060, 169.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 131.58, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA / ClC-ec1


分子量: 48034.969 Da / 分子数: 2 / 変異: D417C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: clcA, eriC, yadQ, b0155, JW5012 / プラスミド: pASK-IBA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37019
#2: 抗体 FAB FRAGMENT (HEAVY CHAIN)


分子量: 23823.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): ST10C3/G4 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 FAB FRAGMENT (LIGHT CHAIN)


分子量: 23088.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): ST10C3/G4 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.94 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9
詳細: 30% PEG 400, 0.075M K/Na-tartrate, 0.1M Tris.HCl (pH 9.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: used cryostream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月13日 / 詳細: Rh coated collimating mirrors, K-B focusing mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→39.2 Å / Num. obs: 44041 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 14.76
反射 シェル解像度: 3.15→3.23 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 1.74 / % possible all: 80.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OTS

1ots


解像度: 3.15→39.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / SU B: 45.257 / SU ML: 0.344 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.476 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25732 2202 5 %RANDOM
Rwork0.20537 ---
obs0.20793 41839 90.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 105.994 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.31 Å20 Å2-0.72 Å2
2--13.72 Å20 Å2
3----3.41 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.15→39.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13064 0 4 0 13068
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01913390
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0212889
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1391.96118229
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7413.00129590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.06851720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.24622.872470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.912152118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4721567
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.22094
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02115037
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023048
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 142 -
Rwork0.324 2710 -
obs--80.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8927-0.6970.14880.8950.01611.3176-0.0273-0.0231-0.4519-0.1524-0.02840.11460.04050.26830.05570.45850.1715-0.04260.11560.03050.540735.3147-20.731317.99
20.7549-0.0510.05460.58170.04711.4854-0.0984-0.356-0.28260.24850.08720.0142-0.22740.0770.01120.60540.2385-0.02360.31950.1980.222230.396-9.14750.0382
32.6361-1.2976-0.32191.14290.1110.1195-0.0359-0.3507-0.21110.0268-0.0666-0.0738-0.0950.06840.10260.45290.1436-0.0970.29170.0360.3228-19.36187.941628.4295
42.9758-1.0764-0.25881.52250.09050.1972-0.2808-0.7412-0.60410.19560.24680.1847-0.0641-0.03830.0340.3890.2919-0.01390.46950.20080.2837-28.22440.625542.6288
51.4215-0.5486-0.0410.6821-0.29371.1109-0.15610.03430.17010.28790.02590.0905-0.2087-0.06640.13010.67990.0029-0.0260.00640.01540.439915.834528.23165.6455
61.4337-0.71310.43920.6976-0.5561.9521-0.01450.26520.23180.1681-0.0574-0.1258-0.35450.19520.07190.6627-0.1317-0.0570.14490.14350.426828.048530.1717-8.109
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A17 - 458
2X-RAY DIFFRACTION2B18 - 458
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 222
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 211
5X-RAY DIFFRACTION5E2 - 221
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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