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- PDB-5gkp: Crystal structure of the EndoG worm homologue CPS-6 H148A/F122A i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gkp
タイトルCrystal structure of the EndoG worm homologue CPS-6 H148A/F122A in complex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*T)-3')
  • Endonuclease G, mitochondrialENDOG
キーワードHYDROLASE/DNA / EndoG / mitochondria (ミトコンドリア) / endonuclease (エンドヌクレアーゼ) / non-specific nuclease / protein-DNA interactions / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / double-stranded DNA endonuclease activity / apoptotic DNA fragmentation / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / DNA catabolic process / RNA catabolic process / RNA endonuclease activity / DNA endonuclease activity / endonuclease activity / sequence-specific DNA binding ...加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / double-stranded DNA endonuclease activity / apoptotic DNA fragmentation / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / DNA catabolic process / RNA catabolic process / RNA endonuclease activity / DNA endonuclease activity / endonuclease activity / sequence-specific DNA binding / ミトコンドリア内膜 / protein homodimerization activity / ミトコンドリア / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
DNA/RNA non-specific endonuclease, active site / DNA/RNA non-specific endonucleases active site. / Non-specific endonuclease / Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease ...DNA/RNA non-specific endonuclease, active site / DNA/RNA non-specific endonucleases active site. / Non-specific endonuclease / Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / His-Me finger superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / Endonuclease G, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lin, J.L. / Yuan, H.S.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Academia Sinica and the National Science Council, Taiwan 台湾
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of endonuclease G in complex with DNA reveals how it nonspecifically degrades DNA as a homodimer.
著者: Lin, J.L. / Wu, C.C. / Yang, W.Z. / Yuan, H.S.
#1: ジャーナル: J.BIOL.CHEM. / 年: 2012
タイトル: StructuralInsightsintoApoptoticDNADegradationbyCED-3 ProteaseSuppressor-6(CPS-6)fromCaenorhabditiselegans
著者: Lin, J.L. / Yuan, H.S.
履歴
登録2016年7月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endonuclease G, mitochondrial
B: Endonuclease G, mitochondrial
C: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2716
ポリマ－62,2234
非ポリマー492
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.672, 72.562, 127.914
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Endonuclease G, mitochondrial / ENDOG / Endo G / Ced-3 protease suppressor 6


分子量: 28697.721 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 63-305 / 変異: H148A, F122A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: cps-6, C41D11.8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15
参照: UniProt: Q95NM6, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 2413.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.26 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, 30% PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月6日
詳細: Vertically Collimating Premirror, LN2-Cooled Fixed-Exit Double Crystal Si(111) Monochromator, Toroidal Focusing Mirror
放射モノクロメーター: LN2-Cooled Fixed-Exit Double Crystal Si(111) Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 25101 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.2 % / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル解像度: 2.27→2.35 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3S5B

3s5b


解像度: 2.3→19.783 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.5
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2525 2042 8.26 %
Rwork0.1735 --
obs0.1801 24707 92.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.783 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3800 194 2 175 4171
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0144104
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4265578
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8491547
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058600
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007688
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.27-2.31990.2411960.20741068X-RAY DIFFRACTION37
2.3199-2.37780.27991120.20531250X-RAY DIFFRACTION44
2.3778-2.4420.32341290.19041437X-RAY DIFFRACTION50
2.442-2.51370.29221350.18691498X-RAY DIFFRACTION52
2.5137-2.59470.27311350.18521516X-RAY DIFFRACTION53
2.5947-2.68720.27861390.19511538X-RAY DIFFRACTION53
2.6872-2.79450.31141350.1891503X-RAY DIFFRACTION53
2.7945-2.92130.26461370.18841522X-RAY DIFFRACTION53
2.9213-3.07480.2431360.19061521X-RAY DIFFRACTION53
3.0748-3.26660.27931390.19561532X-RAY DIFFRACTION53
3.2666-3.51750.25721380.1681538X-RAY DIFFRACTION53
3.5175-3.86910.26221390.16741551X-RAY DIFFRACTION54
3.8691-4.42350.21761400.14331556X-RAY DIFFRACTION54
4.4235-5.55270.20721470.1391612X-RAY DIFFRACTION56
5.5527-19.78360.23691850.18592023X-RAY DIFFRACTION70

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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