PDB-4yk7: Crystal structure of S-hydroxynitrile lyase from Manihot esculent...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yk7

タイトル

Crystal structure of S-hydroxynitrile lyase from Manihot esculenta (His103Leu)

要素

(S)-hydroxynitrile lyase

キーワード

LYASE (リアーゼ) / S-hydroxynitrile lyase / hydrolase fold / His103Leu variant

機能・相同性

機能・相同性情報

(S)-hydroxynitrile lyase / aliphatic (S)-hydroxynitrile lyase activity / aromatic (S)-hydroxynitrile lyase activity / jasmonic acid metabolic process / methyl salicylate esterase activity / methyl jasmonate esterase activity / salicylic acid metabolic process / methyl indole-3-acetate esterase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Manihot esculenta (キャッサバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Dadashipour, M. / Nakano, S. / Asano, Y.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of S-hydroxynitrile lyase from Manihot esculenta (His103Leu)
著者: Dadashipour, M. / Nakano, S. / Asano, Y.

履歴

登録	2015年3月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月5日	Group: Data collection / Derived calculations カテゴリ: diffrn_source / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yk7.cif.gz	207.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yk7.ent.gz	166.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yk7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/4yk7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/4yk7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3rks-d 1eb9-1 1dwo-1 1dwp-1 1e8d-1 1e89-1 4mtl-1 1dwq-1 3q37-d 1j31-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: (S)-hydroxynitrile lyase

B: (S)-hydroxynitrile lyase

C: (S)-hydroxynitrile lyase

D: (S)-hydroxynitrile lyase

118 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: (S)-hydroxynitrile lyase

B: (S)-hydroxynitrile lyase

ソフトウェアが定義した集合体
58.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: (S)-hydroxynitrile lyase

D: (S)-hydroxynitrile lyase

ソフトウェアが定義した集合体
58.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.469, 88.098, 135.213
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 1 - 258 / Label seq-ID: 1 - 258

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	(S)-hydroxynitrile lyase / (S)-hydroxynitrile lyase / (S)-acetone-cyanohydrin lyase / Oxynitrilase 分子量: 29383.691 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Manihot esculenta (キャッサバ) / 遺伝子: HNL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52705, (S)-hydroxynitrile lyase
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.1M DL-Maleic acid

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→45.6 Å / Num. obs: 32186 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.1 % / R_merge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 34.6
反射シェル	解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 14.1 % / R_merge(I) obs: 0.382 / Mean I/σ(I) obs: 12.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

解像度: 2.6→45.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.869 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.84 / SU B: 11.329 / SU ML: 0.247 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.364 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26226	1631	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23995	-	-	-
obs	0.24107	30495	99.28 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.999 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.36 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	5.47 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.6→45.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8288	0	0	60	8348

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	8488
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	8140
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.01	1.952	11512
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.781	3	18760
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.306	5	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.911	24.583	384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.393	15	1488
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.98	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	9472
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	1936
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	16628	0.09
1	2	B	16628	0.09
2	1	A	17061	0.07
2	2	C	17061	0.07
3	1	A	16650	0.09
3	2	D	16650	0.09
4	1	B	16578	0.1
4	2	C	16578	0.1
5	1	B	17119	0.07
5	2	D	17119	0.07
6	1	C	16525	0.1
6	2	D	16525	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.603→2.67 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.309	99	-
R_work	0.271	2014	-
obs	-	-	90.49 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)